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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6swm | ||||||
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タイトル | selenol bound carbonic anhydrase I | ||||||
要素 | Carbonic anhydrase 1炭酸脱水酵素 | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / carbonic anhydrase (炭酸脱水酵素) / inhibitor (酵素阻害剤) / selenol (セレノール) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hydro-lyase activity / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / Reversible hydration of carbon dioxide / 炭酸脱水酵素 / carbonate dehydratase activity / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen ...hydro-lyase activity / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / Reversible hydration of carbon dioxide / 炭酸脱水酵素 / carbonate dehydratase activity / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / one-carbon metabolic process / extracellular exosome / zinc ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.77 Å | ||||||
データ登録者 | Angeli, A. / Ferraroni, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2019 タイトル: Selenols: a new class of carbonic anhydrase inhibitors. 著者: Angeli, A. / Tanini, D. / Nocentini, A. / Capperucci, A. / Ferraroni, M. / Gratteri, P. / Supuran, C.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6swm.cif.gz | 114.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6swm.ent.gz | 87.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6swm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sw/6swm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sw/6swm | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28906.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00915, 炭酸脱水酵素 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.33 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 28-31% PEG4000, 0.2 M Sodium acetate, 0.1 M Tris pH 8.5-9.0 PH範囲: 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER IMUS MICROFOCUS / 波長: 1.54184 Å |
検出器 | タイプ: Bruker PHOTON III / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.75→46.66 Å / Num. obs: 13857 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 4.2 % / CC1/2: 0.977 / Rrim(I) all: 0.25 / Net I/σ(I): 6.19 |
反射 シェル | 解像度: 2.75→2.91 Å / Num. unique obs: 2172 / CC1/2: 0.336 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3LXE 解像度: 2.77→46.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.881 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.828 / SU B: 30.111 / SU ML: 0.522 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.529 / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 112.98 Å2 / Biso mean: 46.333 Å2 / Biso min: 0.5 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.77→46.66 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.77→2.839 Å / Rfactor Rfree error: 0
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