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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6hwz | ||||||
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タイトル | Selenols: a new class of Carbonic Anhydrase inhibitors | ||||||
要素 | Carbonic anhydrase 1炭酸脱水酵素 | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hydro-lyase activity / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / Reversible hydration of carbon dioxide / 炭酸脱水酵素 / carbonate dehydratase activity / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen ...hydro-lyase activity / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / Reversible hydration of carbon dioxide / 炭酸脱水酵素 / carbonate dehydratase activity / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / one-carbon metabolic process / extracellular exosome / zinc ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.64 Å | ||||||
データ登録者 | Angeli, A. / Ferraroni, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chem. Commun. (Camb.) / 年: 2019 タイトル: Selenols: a new class of carbonic anhydrase inhibitors. 著者: Angeli, A. / Tanini, D. / Nocentini, A. / Capperucci, A. / Ferraroni, M. / Gratteri, P. / Supuran, C.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6hwz.cif.gz | 112.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6hwz.ent.gz | 87.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6hwz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hw/6hwz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hw/6hwz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28906.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00915, 炭酸脱水酵素 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.18 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 9 詳細: 28-31% PEG4000, 0.2 M Sodium acetate, 0.1 M Tris pH 8.5-9.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.827 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.827 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.64→28.59 Å / Num. obs: 66390 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 15.12 % / Net I/σ(I): 10 |
反射 シェル | 解像度: 1.64→1.73 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.64→28.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 5.292 / SU ML: 0.154 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.116
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.962 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.64→28.59 Å
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拘束条件 |
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