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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8pr5 | ||||||||||||
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タイトル | Structure of the autoinhibited dynactin p150glued projection | ||||||||||||
要素 | Dynactin subunit 1ダイナクチン | ||||||||||||
キーワード | MOTOR PROTEIN (モータータンパク質) / Dynactin (ダイナクチン) / p150 / LIS1 | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / positive regulation of neuromuscular junction development / centriolar subdistal appendage / centriole-centriole cohesion / ventral spinal cord development ...Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / positive regulation of neuromuscular junction development / centriolar subdistal appendage / centriole-centriole cohesion / ventral spinal cord development / microtubule anchoring at centrosome / melanosome transport / retromer complex / nuclear membrane disassembly / microtubule plus-end / positive regulation of microtubule nucleation / dynein complex / non-motile cilium assembly / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / MHC class II antigen presentation / retrograde transport, endosome to Golgi / nuclear migration / COPI-mediated anterograde transport / microtubule associated complex / motor behavior / neuromuscular process / neuromuscular junction development / 細胞結合 / cell leading edge / establishment of mitotic spindle orientation / regulation of mitotic spindle organization / 中心小体 / neuron projection maintenance / ciliary basal body / 紡錘体 / 動原体 / 紡錘体 / neuron cellular homeostasis / 核膜 / 細胞皮質 / microtubule binding / 神経繊維 / 細胞分裂 / 中心体 / neuronal cell body / protein kinase binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Sus scrofa (ブタ) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.6 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Singh, K. / Lau, C.K. / Manigrasso, G. / Gassmann, R. / Carter, A.P. | ||||||||||||
資金援助 | 英国, European Union, 3件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2024 タイトル: Molecular mechanism of dynein-dynactin complex assembly by LIS1. 著者: Kashish Singh / Clinton K Lau / Giulia Manigrasso / José B Gama / Reto Gassmann / Andrew P Carter / 要旨: Cytoplasmic dynein is a microtubule motor vital for cellular organization and division. It functions as a ~4-megadalton complex containing its cofactor dynactin and a cargo-specific coiled-coil ...Cytoplasmic dynein is a microtubule motor vital for cellular organization and division. It functions as a ~4-megadalton complex containing its cofactor dynactin and a cargo-specific coiled-coil adaptor. However, how dynein and dynactin recognize diverse adaptors, how they interact with each other during complex formation, and the role of critical regulators such as lissencephaly-1 (LIS1) protein (LIS1) remain unclear. In this study, we determined the cryo-electron microscopy structure of dynein-dynactin on microtubules with LIS1 and the lysosomal adaptor JIP3. This structure reveals the molecular basis of interactions occurring during dynein activation. We show how JIP3 activates dynein despite its atypical architecture. Unexpectedly, LIS1 binds dynactin's p150 subunit, tethering it along the length of dynein. Our data suggest that LIS1 and p150 constrain dynein-dynactin to ensure efficient complex formation. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8pr5.cif.gz | 242 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8pr5.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8pr5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/8pr5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/8pr5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2855M 8pqvC 8pqwC 8pqyC 8pqzC 8pr0C 8pr1C 8pr2C 8pr3C 8pr4C 8ptkC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 95444.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287B8J2 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: dynactin p150 projection / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Sus scrofa (ブタ) |
緩衝液 | pH: 6.5 詳細: 50mM KCl, 25mM KH2PO4-K2HPO4, 5mM DDT, 1mM MgCl2, 0.1 mM ATP |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: NITROGEN |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 7000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 2000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 51 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: RELION / カテゴリ: 最終オイラー角割当 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
3次元再構成 | 解像度: 8.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 12870 / 対称性のタイプ: POINT |