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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8pr3 | ||||||||||||
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タイトル | Cytoplasmic dynein-1 heavy chain bound to JIP3-RH1 | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | MOTOR PROTEIN (モータータンパク質) / Dynein (ダイニン) / AAA-Atpase / JIP3 | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 transport along microtubule / dynein light chain binding / dynein heavy chain binding / positive regulation of intracellular transport / regulation of metaphase plate congression / anterograde axonal protein transport / establishment of spindle localization / positive regulation of spindle assembly / MAP-kinase scaffold activity / P-body assembly ...transport along microtubule / dynein light chain binding / dynein heavy chain binding / positive regulation of intracellular transport / regulation of metaphase plate congression / anterograde axonal protein transport / establishment of spindle localization / positive regulation of spindle assembly / MAP-kinase scaffold activity / P-body assembly / dynein complex / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / minus-end-directed microtubule motor activity / cytoplasmic dynein complex / retrograde axonal transport / JUN kinase binding / dynein light intermediate chain binding / nuclear migration / centrosome localization / axon regeneration / microtubule motor activity / dynein intermediate chain binding / axon development / microtubule-based movement / regulation of JNK cascade / kinesin binding / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / cytoplasmic microtubule / COPI-mediated anterograde transport / cytoplasmic microtubule organization / stress granule assembly / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / regulation of mitotic spindle organization / axon cytoplasm / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / vesicle-mediated transport / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / MHC class II antigen presentation / AURKA Activation by TPX2 / mitotic spindle organization / cellular response to nerve growth factor stimulus / filopodium / RHO GTPases Activate Formins / positive regulation of JNK cascade / 動原体 / microtubule cytoskeleton organization / Aggrephagy / HCMV Early Events / Separation of Sister Chromatids / azurophil granule lumen / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / signaling receptor complex adaptor activity / late endosome / cell body / positive regulation of cold-induced thermogenesis / 細胞皮質 / 成長円錐 / cytoplasmic vesicle / vesicle / 微小管 / protein stabilization / 神経繊維 / 細胞分裂 / ゴルジ体 / 中心体 / 樹状突起 / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / ATP hydrolysis activity / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Singh, K. / Lau, C.K. / Manigrasso, G. / Gassmann, R. / Carter, A.P. | ||||||||||||
資金援助 | 英国, European Union, 3件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2024 タイトル: Molecular mechanism of dynein-dynactin complex assembly by LIS1. 著者: Kashish Singh / Clinton K Lau / Giulia Manigrasso / José B Gama / Reto Gassmann / Andrew P Carter / 要旨: Cytoplasmic dynein is a microtubule motor vital for cellular organization and division. It functions as a ~4-megadalton complex containing its cofactor dynactin and a cargo-specific coiled-coil ...Cytoplasmic dynein is a microtubule motor vital for cellular organization and division. It functions as a ~4-megadalton complex containing its cofactor dynactin and a cargo-specific coiled-coil adaptor. However, how dynein and dynactin recognize diverse adaptors, how they interact with each other during complex formation, and the role of critical regulators such as lissencephaly-1 (LIS1) protein (LIS1) remain unclear. In this study, we determined the cryo-electron microscopy structure of dynein-dynactin on microtubules with LIS1 and the lysosomal adaptor JIP3. This structure reveals the molecular basis of interactions occurring during dynein activation. We show how JIP3 activates dynein despite its atypical architecture. Unexpectedly, LIS1 binds dynactin's p150 subunit, tethering it along the length of dynein. Our data suggest that LIS1 and p150 constrain dynein-dynactin to ensure efficient complex formation. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8pr3.cif.gz | 586.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8pr3.ent.gz | 374.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8pr3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/8pr3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/8pr3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 17833MC 8pqvC 8pqwC 8pqyC 8pqzC 8pr0C 8pr1C 8pr2C 8pr4C 8pr5C 8ptkC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 65975.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK8IP3, JIP3, KIAA1066 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9UPT6 #2: タンパク質 | 分子量: 533055.125 Da / 分子数: 2 / Mutation: R1567E, K1610E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: DYNC1H1, DHC1, DNCH1, DNCL, DNECL, DYHC, KIAA0325 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q14204 #3: タンパク質 | 分子量: 68442.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DYNC1I2, DNCI2, DNCIC2 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q13409 #4: タンパク質 | 分子量: 54173.156 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DYNC1LI2, DNCLI2, LIC2 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: O43237 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Cytoplasmic dynein-A heavy chain bound to dynactin p150 and IC-LC tower タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
緩衝液 | pH: 7.2 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 4000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 53 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20_4459: / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 37297 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 7Z8G Accession code: 7Z8G / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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