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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-41447 | |||||||||
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タイトル | AP205 binding to one Acinetobacter GP16 type iv pilus | |||||||||
マップデータ | main map | |||||||||
試料 |
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キーワード | Acinetobacter (アシネトバクター) / SsRNA phage virus / T4P / VIRUS (ウイルス) | |||||||||
生物種 | Acinetobacter phage AP205 (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Xing Z / Meng R / Zhang J | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Structural basis of Acinetobacter type IV pili targeting by an RNA virus. 著者: Ran Meng / Zhongliang Xing / Jeng-Yih Chang / Zihao Yu / Jirapat Thongchol / Wen Xiao / Yuhang Wang / Karthik Chamakura / Zhiqi Zeng / Fengbin Wang / Ry Young / Lanying Zeng / Junjie Zhang / 要旨: Acinetobacters pose a significant threat to human health, especially those with weakened immune systems. Type IV pili of acinetobacters play crucial roles in virulence and antibiotic resistance. ...Acinetobacters pose a significant threat to human health, especially those with weakened immune systems. Type IV pili of acinetobacters play crucial roles in virulence and antibiotic resistance. Single-stranded RNA bacteriophages target the bacterial retractile pili, including type IV. Our study delves into the interaction between Acinetobacter phage AP205 and type IV pili. Using cryo-electron microscopy, we solve structures of the AP205 virion with an asymmetric dimer of maturation proteins, the native Acinetobacter type IV pili bearing a distinct post-translational pilin cleavage, and the pili-bound AP205 showing its maturation proteins adapted to pilin modifications, allowing each phage to bind to one or two pili. Leveraging these results, we develop a 20-kilodalton AP205-derived protein scaffold targeting type IV pili in situ, with potential for research and diagnostics. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_41447.map.gz | 651.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-41447-v30.xml emd-41447.xml | 15.7 KB 15.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_41447_fsc.xml | 23.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_41447.png | 72.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-41447.cif.gz | 4.4 KB | ||
その他 | emd_41447_half_map_1.map.gz emd_41447_half_map_2.map.gz | 1.2 GB 1.2 GB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41447 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41447 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_41447.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.3 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | main map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: half map a
ファイル | emd_41447_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map a | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map b
ファイル | emd_41447_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map b | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Acinetobacter phage AP205
全体 | 名称: Acinetobacter phage AP205 (ファージ) |
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要素 |
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-超分子 #1: Acinetobacter phage AP205
超分子 | 名称: Acinetobacter phage AP205 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 / NCBI-ID: 154784 / 生物種: Acinetobacter phage AP205 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Acinetobacter genomosp. 16BJ (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 4.54 MDa |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: Coat Capsid / 直径: 290.0 Å / T番号(三角分割数): 3 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 構成要素:
詳細: 20mM Tris-HCl, 150mM NaCl, pH 8.0 | |||||||||
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 詳細: 3uL sample applied to a 300-mesh 2/1 copper grid. | |||||||||
詳細 | AP205 virion particle |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |
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