+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-17834 | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Dynactin pointed end bound to JIP3 | ||||||||||||
マップデータ | 3D map after focussed 3D refinement of pointed end | ||||||||||||
試料 |
| ||||||||||||
キーワード | Dynein (ダイニン) / AAA-Atpase / p150 / LIS1 / MOTOR PROTEIN (モータータンパク質) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 retrograde axonal transport of mitochondrion / ダイナクチン / anterograde axonal protein transport / Neutrophil degranulation / MAP-kinase scaffold activity / JUN kinase binding / coronary vasculature development / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / MHC class II antigen presentation ...retrograde axonal transport of mitochondrion / ダイナクチン / anterograde axonal protein transport / Neutrophil degranulation / MAP-kinase scaffold activity / JUN kinase binding / coronary vasculature development / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / MHC class II antigen presentation / COPI-mediated anterograde transport / aorta development / axon regeneration / ventricular septum development / dynein complex binding / axon development / regulation of JNK cascade / kinesin binding / stress fiber / axon cytoplasm / vesicle-mediated transport / sarcomere / mitotic spindle organization / positive regulation of JNK cascade / 動原体 / signaling receptor complex adaptor activity / cell body / 細胞皮質 / 成長円錐 / cytoplasmic vesicle / 核膜 / protein stabilization / 神経繊維 / ゴルジ体 / 中心体 / 樹状突起 / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / 核質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Sus scrofa (ブタ) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Singh K / Lau CK / Manigrasso G / Gassmann R / Carter AP | ||||||||||||
資金援助 | 英国, European Union, 3件
| ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2024 タイトル: Molecular mechanism of dynein-dynactin complex assembly by LIS1. 著者: Kashish Singh / Clinton K Lau / Giulia Manigrasso / José B Gama / Reto Gassmann / Andrew P Carter / 要旨: Cytoplasmic dynein is a microtubule motor vital for cellular organization and division. It functions as a ~4-megadalton complex containing its cofactor dynactin and a cargo-specific coiled-coil ...Cytoplasmic dynein is a microtubule motor vital for cellular organization and division. It functions as a ~4-megadalton complex containing its cofactor dynactin and a cargo-specific coiled-coil adaptor. However, how dynein and dynactin recognize diverse adaptors, how they interact with each other during complex formation, and the role of critical regulators such as lissencephaly-1 (LIS1) protein (LIS1) remain unclear. In this study, we determined the cryo-electron microscopy structure of dynein-dynactin on microtubules with LIS1 and the lysosomal adaptor JIP3. This structure reveals the molecular basis of interactions occurring during dynein activation. We show how JIP3 activates dynein despite its atypical architecture. Unexpectedly, LIS1 binds dynactin's p150 subunit, tethering it along the length of dynein. Our data suggest that LIS1 and p150 constrain dynein-dynactin to ensure efficient complex formation. | ||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_17834.map.gz | 335.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-17834-v30.xml emd-17834.xml | 28.2 KB 28.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_17834_fsc.xml | 16.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_17834.png | 69.6 KB | ||
マスクデータ | emd_17834_msk_1.map | 371.3 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-17834.cif.gz | 7.4 KB | ||
その他 | emd_17834_additional_1.map.gz emd_17834_additional_2.map.gz emd_17834_additional_3.map.gz emd_17834_additional_4.map.gz emd_17834_half_map_1.map.gz emd_17834_half_map_2.map.gz | 296.4 MB 336.3 MB 298.3 MB 298.3 MB 298.2 MB 298.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17834 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17834 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8pr4MC 8pqvC 8pqwC 8pqyC 8pqzC 8pr0C 8pr1C 8pr2C 8pr3C 8pr5C 8ptkC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_17834.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 371.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | 3D map after focussed 3D refinement of pointed end | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.059 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_17834_msk_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
ファイル | emd_17834_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: 3D map prior to focussed 3D refinement of pointed end
ファイル | emd_17834_additional_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | 3D map prior to focussed 3D refinement of pointed end | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: half map 1 of 3D map prior to focussed 3D refinement of pointed end
ファイル | emd_17834_additional_3.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | half map 1 of 3D map prior to focussed 3D refinement of pointed end | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: half map 2 of 3D map prior to focussed 3D refinement of pointed end
ファイル | emd_17834_additional_4.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | half map 2 of 3D map prior to focussed 3D refinement of pointed end | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_17834_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_17834_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Dynactin pointed end bound to JIP3
全体 | 名称: Dynactin pointed end bound to JIP3 |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Dynactin pointed end bound to JIP3
超分子 | 名称: Dynactin pointed end bound to JIP3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Arp11
分子 | 名称: Arp11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Sus scrofa (ブタ) |
分子量 | 理論値: 46.250785 KDa |
配列 | 文字列: MPLYEGLGSG GEKTAVVIDL GEAFTKCGFA GETGPRCIIP SVIKKAGMPK PIKVVQYNIN TEELYSYLKE FIHILYFRHL LVNPRDRRV VVIESVLCPS HFRETLTRVL FKYFEVPSVL LAPSHLMALL TLGINSAMVL DCGYRESLVL PIYEGIPVLN C WGALPLGG ...文字列: MPLYEGLGSG GEKTAVVIDL GEAFTKCGFA GETGPRCIIP SVIKKAGMPK PIKVVQYNIN TEELYSYLKE FIHILYFRHL LVNPRDRRV VVIESVLCPS HFRETLTRVL FKYFEVPSVL LAPSHLMALL TLGINSAMVL DCGYRESLVL PIYEGIPVLN C WGALPLGG KALHKELETQ LLEQCTVDTG AAKEQSLPSV MGSIPEGVLE DIKVRTCFVS DLTRGLKIQA AKFNIDGNTE RP SPPPNVD YPLDGEKILH VLGSIRDSVV EILFEQDNEE KSVATLILDS LMQCPIDTRK QLAENLVIIG GTSMLPGFLH RLL AEIRYL VEKPKYKKTL GTKTFRIHTP PAKANCVAWL GGAIFGALQD ILGSRSVSKE YYNQTGRIPD WCSLNNPPLE MVFD VGKSQ PPLMKRAFST EK UniProtKB: Actin-related protein 10 |
-分子 #2: Dynactin 6
分子 | 名称: Dynactin 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Sus scrofa (ブタ) |
分子量 | 理論値: 20.70391 KDa |
配列 | 文字列: MAEKTQKSVK IAPGAVVCVE SEIRGDVTIG PRTVIHPKAR IIAEAGPIVI GEGNLIEEQA LIINAHPDNI TPDAEDSEPK PMIIGTNNV FEVGCYSQAM KMGDNNVIES KAYVGRNVIL TSGCIIGACC NLNTFEVIPE NTVIYGADCL RRVQTERPQP Q TLQLDFLM ...文字列: MAEKTQKSVK IAPGAVVCVE SEIRGDVTIG PRTVIHPKAR IIAEAGPIVI GEGNLIEEQA LIINAHPDNI TPDAEDSEPK PMIIGTNNV FEVGCYSQAM KMGDNNVIES KAYVGRNVIL TSGCIIGACC NLNTFEVIPE NTVIYGADCL RRVQTERPQP Q TLQLDFLM KILPNYHHLK KTMKGSSTPV KN UniProtKB: Dynactin subunit 6 |
-分子 #3: Dynactin subunit 5
分子 | 名称: Dynactin subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Sus scrofa (ブタ) |
分子量 | 理論値: 20.150533 KDa |
配列 | 文字列: MELGELLYNK SEYIETASGN KVSRQSVLCG SQNIVLNGKT IVMNDCIIRG DLANVRVGRH CVVKSRSVIR PPFKKFSKGV AFFPLHIGD HVFIEEDCVV NAAQIGSYVH VGKNCVIGRR CVLKDCCKIL DNTVLPPETV VPPFTVFSGC PGLFSGELPE C TQELMIDV TKSYYQKFLP LTQV UniProtKB: Dynactin subunit 5 |
-分子 #4: Dynactin subunit 4
分子 | 名称: Dynactin subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Sus scrofa (ブタ) |
分子量 | 理論値: 52.920434 KDa |
配列 | 文字列: MASLLQSERV LYLVQGEKKV RAPLSQLYFC RYCSELRSLE CVSHEVDSHY CPSCLENMPS AEAKLKKNRC ANCFDCPGCM HTLSTRATS ISTQLPDDPA KTAVKKAYYL ACGFCRWTSR DVGMADKSVA SGGWQEPDHP HTQRMNKLIE YYQQLAQKEK V ERDRKKLA ...文字列: MASLLQSERV LYLVQGEKKV RAPLSQLYFC RYCSELRSLE CVSHEVDSHY CPSCLENMPS AEAKLKKNRC ANCFDCPGCM HTLSTRATS ISTQLPDDPA KTAVKKAYYL ACGFCRWTSR DVGMADKSVA SGGWQEPDHP HTQRMNKLIE YYQQLAQKEK V ERDRKKLA RRRNYMPLAF SQHTIHVVDK YGLGTRLQRP RAGTTITALA GLSLKEGEDQ KEIKIEPAQA VDEVEPLPED YY TRPVNLT EVTTLQQRLL QPDFQPICAS QLYPRHKHLL IKRSLRCRQC EHNLSKPEFN PTSIKFKIQL VAVNYIPEVR IMS IPNLRY MKESQVLLTL TNPVENLTHV TLLECEEGDP DDTNSTAKVS VPPTELVLAG KDAAAEYDEL AEPQDFPDDP DVVA FRKAN KVGVFIKVTP QREEGDVTVC FKLKHDFKNL AAPIRPVEEA DPGAEVSWLT QHVELSLGPL LP UniProtKB: Dynactin subunit 4 |
-分子 #5: C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 3
分子 | 名称: C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 65.975398 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: SNIEFLKMME IQMDEGGGVV VYQDDYCSGS VMSERVSGLA GSIYREFERL IHCYDEEVVK ELMPLVVNVL ENLDSVLSEN QEHEVELEL LREDNEQLLT QYEREKALRR QAEEKFIEFE DALEQEKKEL QIQVEHYEFQ TRQLELKAKN YADQISRLEE R ESEMKKEY ...文字列: SNIEFLKMME IQMDEGGGVV VYQDDYCSGS VMSERVSGLA GSIYREFERL IHCYDEEVVK ELMPLVVNVL ENLDSVLSEN QEHEVELEL LREDNEQLLT QYEREKALRR QAEEKFIEFE DALEQEKKEL QIQVEHYEFQ TRQLELKAKN YADQISRLEE R ESEMKKEY NALHQRHTEM IQTYVEHIER SKMQQVGGNS QTESSLPGRR KERPTSLNVF PLADGTVRAQ IGGKLVPAGD HW HLSDLGQ LQSSSSYQCP QDEMSESGQS SAAATPSTTG TKSNTPTSSV PSAAVTPLNE SLQPLGDYGV GSKNSKRARE KRD SRNMEV QVTQEMRNVS IGMGSSDEWS DVQDIIDSTP ELDMCPETRL DRTGSSPTQG IVNKAFGINT DSLYHELSTA GSEV IGDVD EGADLLGEFS VRDDFFGMGK EVGNLLLENS QLLETKNALN VVKNDLIAKV DQLSGEQEVL RGELEAAKQA KVKLE NRIK ELEEELKRVK SEAIIARREP KEEAEDVSSY LCTESDKIPM AQRRRFTRVE MARVLMERNQ YKERLMELQE AVRWTE MIR ASREGSGSGR WSHPQFEK UniProtKB: C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 3 |
-分子 #6: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: ATP |
---|---|
分子量 | 理論値: 507.181 Da |
Chemical component information | ChemComp-ATP: |
-分子 #7: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 3 / 式: ZN |
---|---|
分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.2 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 53.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
---|---|
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 98623 |
FSC曲線 (解像度の算出) |