+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-17825 | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cytoplasmic dynein-1 motor domain in post-powerstroke state | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
| ||||||||||||
キーワード | Dynein (ダイニン) / AAA-Atpase / MOTOR PROTEIN (モータータンパク質) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of intracellular transport / regulation of metaphase plate congression / establishment of spindle localization / positive regulation of spindle assembly / P-body assembly / dynein complex / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / minus-end-directed microtubule motor activity / cytoplasmic dynein complex / retrograde axonal transport ...positive regulation of intracellular transport / regulation of metaphase plate congression / establishment of spindle localization / positive regulation of spindle assembly / P-body assembly / dynein complex / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / minus-end-directed microtubule motor activity / cytoplasmic dynein complex / retrograde axonal transport / dynein light intermediate chain binding / nuclear migration / dynein intermediate chain binding / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / cytoplasmic microtubule / COPI-mediated anterograde transport / cytoplasmic microtubule organization / stress granule assembly / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / regulation of mitotic spindle organization / axon cytoplasm / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / MHC class II antigen presentation / AURKA Activation by TPX2 / mitotic spindle organization / filopodium / RHO GTPases Activate Formins / Aggrephagy / HCMV Early Events / Separation of Sister Chromatids / azurophil granule lumen / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / positive regulation of cold-induced thermogenesis / 細胞皮質 / 微小管 / 細胞分裂 / 中心体 / Neutrophil degranulation / ATP hydrolysis activity / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / 生体膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Singh K / Lau CK / Manigrasso G / Gassmann R / Carter AP | ||||||||||||
資金援助 | 英国, European Union, 3件
| ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2024 タイトル: Molecular mechanism of dynein-dynactin complex assembly by LIS1. 著者: Kashish Singh / Clinton K Lau / Giulia Manigrasso / José B Gama / Reto Gassmann / Andrew P Carter / 要旨: Cytoplasmic dynein is a microtubule motor vital for cellular organization and division. It functions as a ~4-megadalton complex containing its cofactor dynactin and a cargo-specific coiled-coil ...Cytoplasmic dynein is a microtubule motor vital for cellular organization and division. It functions as a ~4-megadalton complex containing its cofactor dynactin and a cargo-specific coiled-coil adaptor. However, how dynein and dynactin recognize diverse adaptors, how they interact with each other during complex formation, and the role of critical regulators such as lissencephaly-1 (LIS1) protein (LIS1) remain unclear. In this study, we determined the cryo-electron microscopy structure of dynein-dynactin on microtubules with LIS1 and the lysosomal adaptor JIP3. This structure reveals the molecular basis of interactions occurring during dynein activation. We show how JIP3 activates dynein despite its atypical architecture. Unexpectedly, LIS1 binds dynactin's p150 subunit, tethering it along the length of dynein. Our data suggest that LIS1 and p150 constrain dynein-dynactin to ensure efficient complex formation. | ||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_17825.map.gz | 78.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-17825-v30.xml emd-17825.xml | 21.3 KB 21.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_17825_fsc.xml | 12.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_17825.png | 92.6 KB | ||
マスクデータ | emd_17825_msk_1.map | 83.7 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-17825.cif.gz | 8.5 KB | ||
その他 | emd_17825_additional_1.map.gz emd_17825_half_map_1.map.gz emd_17825_half_map_2.map.gz | 75.4 MB 75.4 MB 75.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17825 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17825 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8pqvMC 8pqwC 8pqyC 8pqzC 8pr0C 8pr1C 8pr2C 8pr3C 8pr4C 8pr5C 8ptkC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_17825.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.059 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_17825_msk_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
ファイル | emd_17825_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_17825_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_17825_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Cytoplasmic dynein-1
全体 | 名称: Cytoplasmic dynein-1ダイニン |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Cytoplasmic dynein-1
超分子 | 名称: Cytoplasmic dynein-1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Cytoplasmic dynein 1 heavy chain 1
分子 | 名称: Cytoplasmic dynein 1 heavy chain 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 533.055125 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MSEPGGGGGE DGSAGLEVSA VQNVADVSVL QKHLRKLVPL LLEDGGEAPA ALEAALEEKS ALEQMRKFLS DPQVHTVLVE RSTLKEDVG DEGEEEKEFI SYNINIDIHY GVKSNSLAFI KRTPVIDADK PVSSQLRVLT LSEDSPYETL HSFISNAVAP F FKSYIRES ...文字列: MSEPGGGGGE DGSAGLEVSA VQNVADVSVL QKHLRKLVPL LLEDGGEAPA ALEAALEEKS ALEQMRKFLS DPQVHTVLVE RSTLKEDVG DEGEEEKEFI SYNINIDIHY GVKSNSLAFI KRTPVIDADK PVSSQLRVLT LSEDSPYETL HSFISNAVAP F FKSYIRES GKADRDGDKM APSVEKKIAE LEMGLLHLQQ NIEIPEISLP IHPMITNVAK QCYERGEKPK VTDFGDKVED PT FLNQLQS GVNRWIREIQ KVTKLDRDPA SGTALQEISF WLNLERALYR IQEKRESPEV LLTLDILKHG KRFHATVSFD TDT GLKQAL ETVNDYNPLM KDFPLNDLLS ATELDKIRQA LVAIFTHLRK IRNTKYPIQR ALRLVEAISR DLSSQLLKVL GTRK LMHVA YEEFEKVMVA CFEVFQTWDD EYEKLQVLLR DIVKRKREEN LKMVWRINPA HRKLQARLDQ MRKFRRQHEQ LRAVI VRVL RPQVTAVAQQ NQGEVPEPQD MKVAEVLFDA ADANAIEEVN LAYENVKEVD GLDVSKEGTE AWEAAMKRYD ERIDRV ETR ITARLRDQLG TAKNANEMFR IFSRFNALFV RPHIRGAIRE YQTQLIQRVK DDIESLHDKF KVQYPQSQAC KMSHVRD LP PVSGSIIWAK QIDRQLTAYM KRVEDVLGKG WENHVEGQKL KQDGDSFRMK LNTQEIFDDW ARKVQQRNLG VSGRIFTI E STRVRGRTGN VLKLKVNFLP EIITLSKEVR NLKWLGFRVP LAIVNKAHQA NQLYPFAISL IESVRTYERT CEKVEERNT ISLLVAGLKK EVQALIAEGI ALVWESYKLD PYVQRLAETV FNFQEKVDDL LIIEEKIDLE VRSLETCMYD HKTFSEILNR VQKAVDDLN LHSYSNLPIW VNKLDMEIER ILGVRLQAGL RAWTQVLLGQ AEDKAEVDMD TDAPQVSHKP GGEPKIKNVV H ELRITNQV IYLNPPIEEC RYKLYQEMFA WKMVVLSLPR IQSQRYQVGV HYELTEEEKF YRNALTRMPD GPVALEESYS AV MGIVSEV EQYVKVWLQY QCLWDMQAEN IYNRLGEDLN KWQALLVQIR KARGTFDNAE TKKEFGPVVI DYGKVQSKVN LKY DSWHKE VLSKFGQMLG SNMTEFHSQI SKSRQELEQH SVDTASTSDA VTFITYVQSL KRKIKQFEKQ VELYRNGQRL LEKQ RFQFP PSWLYIDNIE GEWGAFNDIM RRKDSAIQQQ VANLQMKIVQ EDRAVESRTT DLLTDWEKTK PVTGNLRPEE ALQAL TIYE GKFGRLKDDR EKCAKAKEAL ELTDTGLLSG SEERVQVALE ELQDLKGVWS ELSKVWEQID QMKEQPWVSV QPRKLR QNL DALLNQLKSF PARLRQYASY EFVQRLLKGY MKINMLVIEL KSEALKDRHW KQLMKRLHVN WVVSELTLGQ IWDVDLQ KN EAIVKDVLLV AQGEMALEEF LKQIREVWNT YELDLVNYQN KCRLIRGWDD LFNKVKEHIN SVSAMKLSPY YKVFEEDA L SWEDKLNRIM ALFDVWIDVQ RRWVYLEGIF TGSADIKHLL PVETQEFQSI STEFLALMKK VSKSPLVMDV LNIQGVQRS LERLADLLGE IQKALGEYLE RERSSFPRFY FVGDEDLLEI IGNSKNVAKL QKHFKKMFAG VSSIILNEDN SVVLGISSRE GEEVMFKTP VSITEHPKIN EWLTLVEKEM RVTLAKLLAE SVTEVEIFGK ATSIDPNTYI TWIDKYQAQL VVLSAQIAWS E NVETALSS MGGGGDAAPL HSVLSNVEVT LNVLADSVLM EQPPLRRRKL EHLITELVHQ RDVTRSLIKS KIDNAKSFEW LS QMRFYFD PKQTDVLQQL SIQMANAKFN YGFEYLGVQD KLVQTPLTDR CYLTMTQALE ARLGGSPFGP AGTGKTESVK ALG HQLGRF VLVFNCDETF DFQAMGRIFV GLCQVGAWGC FDEFNRLEER MLSAVSQQVQ CIQEALREHS NPNYDKTSAP ITCE LLNKQ VKVSPDMAIF ITMNPGYAGR SNLPDNLKKL FRSLAMTKPD RQLIAQVMLY SQGFRTAEVL ANKIVPFFKL CDEQL SSQS HYDFGLRALK SVLVSAGNVK RERIQKIKRE KEERGEAVDE GEIAENLPEQ EILIQSVCET MVPKLVAEDI PLLFSL LSD VFPGVQYHRG EMTALREELK KVCQEMYLTY GDGEEVGGMW VEKVLQLYQI TQINHGLMMV GPSGSGKSMA WRVLLKA LE RLEGVEGVAH IIDPKAISKD HLYGTLDPNT REWTDGLFTH VLRKIIDSVR GELQKRQWIV FDGDVDPEWV ENLNSVLD D NKLLTLPNGE RLSLPPNVRI MFEVQDLKYA TLATVSRCGM VWFSEDVLST DMIFNNFLAR LRSIPLDEGE DEAQRRRKG KEDEGEEAAS PMLQIQRDAA TIMQPYFTSN GLVTKALEHA FQLEHIMDLT RLRCLGSLFS MLHQACRNVA QYNANHPDFP MQIEQLERY IQRYLVYAIL WSLSGDSRLK MRAELGEYIR RITTVPLPTA PNIPIIDYEV SISGEWSPWQ AKVPQIEVET H KVAAPDVV VPTLDTVRHE ALLYTWLAEH KPLVLCGPPG SGKTMTLFSA LRALPDMEVV GLNFSSATTP ELLLKTFDHY CE YRRTPNG VVLAPVQLGK WLVLFCDEIN LPDMDKYGTQ RVISFIRQMV EHGGFYRTSD QTWVKLERIQ FVGACNPPTD PGR KPLSHR FLRHVPVVYV DYPGPASLTQ IYGTFNRAML RLIPSLRTYA EPLTAAMVEF YTMSQERFTQ DTQPHYIYSP REMT RWVRG IFEALRPLET LPVEGLIRIW AHEALRLFQD RLVEDEERRW TDENIDTVAL KHFPNIDREK AMSRPILYSN WLSKD YIPV DQEELRDYVK ARLKVFYEEE LDVPLVLFNE VLDHVLRIDR IFRQPQGHLL LIGVSGAGKT TLSRFVAWMN GLSVYQ IKV HRKYTGEDFD EDLRTVLRRS GCKNEKIAFI MDESNVLDSG FLERMNTLLA NGEVPGLFEG DEYATLMTQC KEGAQKE GL MLDSHEELYK WFTSQVIRNL HVVFTMNPSS EGLKDRAATS PALFNRCVLN WFGDWSTEAL YQVGKEFTSK MDLEKPNY I VPDYMPVVYD KLPQPPSHRE AIVNSCVFVH QTLHQANARL AKRGGRTMAI TPRHYLDFIN HYANLFHEKR SELEEQQMH LNVGLRKIKE TVDQVEELRR DLRIKSQELE VKNAAANDKL KKMVKDQQEA EKKKVMSQEI QEQLHKQQEV IADKQMSVKE DLDKVEPAV IEAQNAVKSI KKQHLVEVRS MANPPAAVKL ALESICLLLG ESTTDWKQIR SIIMRENFIP TIVNFSAEEI S DAIREKMK KNYMSNPSYN YEIVNRASLA CGPMVKWAIA QLNYADMLKR VEPLRNELQK LEDDAKDNQQ KANEVEQMIR DL EASIARY KEEYAVLISE AQAIKADLAA VEAKVNRSTA LLKSLSAERE RWEKTSETFK NQMSTIAGDC LLSAAFIAYA GYF DQQMRQ NLFTTWSHHL QQANIQFRTD IARTEYLSNA DERLRWQASS LPADDLCTEN AIMLKRFNRY PLIIDPSGQA TEFI MNEYK DRKITRTSFL DDAFRKNLES ALRFGNPLLV QDVESYDPVL NPVLNREVRR TGGRVLITLG DQDIDLSPSF VIFLS TRDP TVEFPPDLCS RVTFVNFTVT RSSLQSQCLN EVLKAERPDV DEKRSDLLKL QGEFQLRLRQ LEKSLLQALN EVKGRI LDD DTIITTLENL KREAAEVTRK VEETDIVMQE VETVSQQYLP LSTACSSIYF TMESLKQIHF LYQYSLQFFL DIYHNVL YE NPNLKGVTDH TQRLSIITKD LFQVAFNRVA RGMLHQDHIT FAMLLARIKL KGTVGEPTYD AEFQHFLRGN EIVLSAGS T PRIQGLTVEQ AEAVVRLSCL PAFKDLIAKV QADEQFGIWL DSSSPEQTVP YLWSEETPAT PIGQAIHRLL LIQAFRPDR LLAMAHMFVS TNLGESFMSI MEQPLDLTHI VGTEVKPNTP VLMCSVPGYD ASGHVEDLAA EQNTQITSIA IGSAEGFNQA DKAINTAVK SGRWVMLKNV HLAPGWLMQL EKKLHSLQPH ACFRLFLTME INPKVPVNLL RAGRIFVFEP PPGVKANMLR T FSSIPVSR ICKSPNERAR LYFLLAWFHA IIQERLRYAP LGWSKKYEFG ESDLRSACDT VDTWLDDTAK GRQNISPDKI PW SALKTLM AQSIYGGRVD NEFDQRLLNT FLERLFTTRS FDSEFKLACK VDGHKDIQMP DGIRREEFVQ WVELLPDTQT PSW LGLPNN AERVLLTTQG VDMISKMLKM QMLEDEDDLA YAETEKKTRT DSTSDGRPAW MRTLHTTASN WLHLIPQTLS HLKR TVENI KDPLFRFFER EVKMGAKLLQ DVRQDLADVV QVCEGKKKQT NYLRTLINEL VKGILPRSWS HYTVPAGMTV IQWVS DFSE RIKQLQNISL AAASGGAKEL KNIHVCLGGL FVPEAYITAT RQYVAQANSW SLEELCLEVN VTTSQGATLD ACSFGV TGL KLQGATCNNN KLSLSNAIST ALPLTQLRWV KQTNTEKKAS VVTLPVYLNF TRADLIFTVD FEIATKEDPR SFYERGV AV LCTE UniProtKB: Cytoplasmic dynein 1 heavy chain 1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.2 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 53.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |