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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4wup | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human carbonic anhydrase isozyme I with 4-[(2-Hydroxyethyl)thio]benzenesulfonamide | ||||||
要素 | Carbonic anhydrase 1炭酸脱水酵素 | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / drug design (医薬品設計) / benzenesulfonamide / metal-binding / lyase-lyase inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hydro-lyase activity / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / Reversible hydration of carbon dioxide / 炭酸脱水酵素 / carbonate dehydratase activity / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen ...hydro-lyase activity / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / Reversible hydration of carbon dioxide / 炭酸脱水酵素 / carbonate dehydratase activity / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / one-carbon metabolic process / extracellular exosome / zinc ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Smirnov, A. / Manakova, E. / Grazulis, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biophys.Chem. / 年: 2015 タイトル: Intrinsic thermodynamics of 4-substituted-2,3,5,6-tetrafluorobenzenesulfonamide binding to carbonic anhydrases by isothermal titration calorimetry. 著者: Zubriene, A. / Smirnoviene, J. / Smirnov, A. / Morkunaite, V. / Michailoviene, V. / Jachno, J. / Juozapaitiene, V. / Norvaisas, P. / Manakova, E. / Grazulis, S. / Matulis, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4wup.cif.gz | 124.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4wup.ent.gz | 95.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4wup.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wu/4wup ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wu/4wup | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | biological unit is the same as asym. |
-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 28835.105 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 3-261 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA1 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P00915, 炭酸脱水酵素 |
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-非ポリマー , 5種, 376分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-ACT / | #5: 化合物 | ChemComp-PEG / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.6 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Crystallization buffer: 0.1M TrisHCl (pH 8.5), 0.2M ammonium acetate and 24% of PEG4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.826606 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年1月8日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.826606 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.75→71.284 Å / Num. all: 55864 / Num. obs: 55864 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 23.016 Å2 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.091 / Rsym value: 0.085 / Net I/av σ(I): 4.004 / Net I/σ(I): 16.6 / Num. measured all: 733336 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1CAB 1cab 解像度: 1.75→60.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / WRfactor Rfree: 0.249 / WRfactor Rwork: 0.196 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.836 / SU R Cruickshank DPI: 0.126 / SU Rfree: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 82 Å2 / Biso mean: 24.864 Å2 / Biso min: 10.58 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→60.36 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
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