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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4gr7 | ||||||
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タイトル | The human W42R Gamma D-Crystallin Mutant Structure at 1.7A Resolution | ||||||
要素 | Gamma-crystallin D | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / Cataract (白内障) / Greek key motif / Lens fiber cell | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 lens fiber cell differentiation / structural constituent of eye lens / lens development in camera-type eye / 視覚 / cellular response to reactive oxygen species / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Ji, F. / Jung, J. / Koharudin, L.M.I. / Gronenborn, A.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013 タイトル: The human W42R gamma D-crystallin mutant structure provides a link between congenital and age-related cataracts. 著者: Ji, F. / Jung, J. / Koharudin, L.M. / Gronenborn, A.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4gr7.cif.gz | 90.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4gr7.ent.gz | 70.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4gr7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/4gr7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/4gr7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1hk0S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | 2 molecules per asu |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20605.951 Da / 分子数: 2 / 変異: W43R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRYGD, CRYG4 / プラスミド: pET14b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosseta2 E. coli BL21(DE3) / 参照: UniProt: P07320 #2: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.06 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.18 M Li2SO4, 0.1 M Tris-HCl, 22% (w/v) PEG 4000, 15% (v/v) glycerol , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月4日 |
放射 | モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→30.5 Å / Num. all: 36152 / % possible obs: 92.1 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 2 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.74 Å / Rmerge(I) obs: 0.574 / % possible all: 84 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1HK0 解像度: 1.7→30.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 2.695 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.211 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→30.5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
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