+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2g98 | ||||||
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Title | human gamma-D-crystallin | ||||||
Components | Gamma crystallin D | ||||||
Keywords | STRUCTURAL PROTEIN / Crystalline | ||||||
Function / homology | Function and homology information lens fiber cell differentiation / structural constituent of eye lens / lens development in camera-type eye / visual perception / cellular response to reactive oxygen species / nucleus / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Kmoch, S. / Brynda, J. / Awsav, B. / Bezouska, K. / Novak, P. / Rezacova, P. | ||||||
Citation | Journal: Hum.Mol.Genet. / Year: 2000 Title: Link between a novel human gamma-D-crystallin allele and a unique cataract phenotype explained by protein crystallography. Authors: Kmoch, S. / Brynda, J. / Awsav, B. / Bezouska, K. / Novak, P. / Rezacova, P. / Ondrova, L. / Filipec, M. / Sedlacek, J. / Elleder, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2g98.cif.gz | 85.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2g98.ent.gz | 64.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2g98.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g9/2g98 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g9/2g98 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1elpS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / Refine code: 4
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-Components
#1: Protein | Mass: 20564.852 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Homo sapiens (human) / References: UniProt: P07320 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.87 Å3/Da / Density % sol: 57.12 % |
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Crystal grow | Details: Several crystals, ~0.15 x 0.15 x 0.5 mm from the lens tissue extract were transferred to PBS buffer with 25% (v/v) glycerol and flash cooled in 100 K nitrogen stream for measurements. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID14-3 |
Detector | Date: Jun 16, 1999 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→29.62 Å / Num. obs: 21417 / % possible obs: 99.6 % / Rmerge(I) obs: 0.062 |
Reflection shell | Highest resolution: 2.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.23 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: pdb entry 1ELP Resolution: 2.2→27.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 11.803 / SU ML: 0.152 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.242 / ESU R Free: 0.213 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 50.492 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→27.9 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Number: 2236 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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