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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3krf | |||||||||
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タイトル | Mint heterotetrameric geranyl pyrophosphate synthase in complex with magnesium, IPP, and DMASPP (I) | |||||||||
要素 | (Geranyl diphosphate synthase ...) x 2 | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / prenyltransferase (プレニル基転移酵素) / Isoprene biosynthesis / isoprenyl pyrophosphate synthase | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 geranyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mentha x piperita (ペパーミント) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Chang, T.-H. / Hsieh, F.-L. / Ko, T.-P. / Wang, A.H.-J. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Plant Cell / 年: 2010 タイトル: Structure of a heterotetrameric geranyl pyrophosphate synthase from mint (Mentha piperita) reveals intersubunit regulation 著者: Chang, T.-H. / Hsieh, F.-L. / Ko, T.-P. / Teng, K.-H. / Liang, P.-H. / Wang, A.H.-J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3krf.cif.gz | 235.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3krf.ent.gz | 186.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3krf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kr/3krf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kr/3krf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | Gel filtration chromatography demonstrate that the biological assembly should be a hetero-tetramer, composed of two hetero-dimers (one is A chain and B chain, the other is C chain and D chain). |
-要素
-Geranyl diphosphate synthase ... , 2種, 4分子 ADBC
#1: タンパク質 | 分子量: 31947.004 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 84-377 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mentha x piperita (ペパーミント) 遺伝子: GPPS Large Subunit / プラスミド: pET32 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q9SBR3, ジメチルアリルtransトランスフェラーゼ #2: タンパク質 | 分子量: 29755.963 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 49-313 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mentha x piperita (ペパーミント) 遺伝子: GPPS Small subunit / プラスミド: pET37 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q9SBR4, ジメチルアリルtransトランスフェラーゼ |
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-非ポリマー , 6種, 770分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 化合物 | ChemComp-EDO / | #6: 化合物 | ChemComp-IPE / | #7: 化合物 | ChemComp-DST / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.24 % / Mosaicity: 0.616 ° |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 100mM Bis-Tris, 200mM ammonium acetate, 20% PEG 3350, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月28日 |
放射 | モノクロメーター: Horizontally Focusing Single Crystal Monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→30 Å / Num. all: 72950 / Num. obs: 55653 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Χ2: 1.015 / Net I/σ(I): 24.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.551 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 5479 / Χ2: 0.909 / % possible all: 100 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→30 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | Bsol: 54.215 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 132.85 Å2 / Biso mean: 51.464 Å2 / Biso min: 20.95 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å /
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Xplor file |
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