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万見
- PDB-3krp: Mint heterotetrameric geranyl pyrophosphate synthase in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3krp
タイトルMint heterotetrameric geranyl pyrophosphate synthase in complex with magnesium and GPP
要素(Geranyl diphosphate synthase ...) x 2
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / prenyltransferase (プレニル基転移酵素) / Isoprene biosynthesis / isoprenyl pyrophosphate synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


geranyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Polyprenyl synthases signature 1. / Polyprenyl synthases signature 2. / Polyprenyl synthetase, conserved site / Polyprenyl synthetase / Polyprenyl synthetase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
GERANYL DIPHOSPHATE / ピロリン酸塩 / Geranyl diphosphate synthase large subunit / Geranyl diphosphate synthase small subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Mentha x piperita (ペパーミント)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.42 Å
データ登録者Chang, T.-H. / Hsieh, F.-L. / Ko, T.-P. / Wang, A.H.-J.
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2010
タイトル: Structure of a heterotetrameric geranyl pyrophosphate synthase from mint (Mentha piperita) reveals intersubunit regulation
著者: Chang, T.-H. / Hsieh, F.-L. / Ko, T.-P. / Teng, K.-H. / Liang, P.-H. / Wang, A.H.-J.
履歴
登録2009年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年2月12日Group: Database references
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Geranyl diphosphate synthase large subunit
B: Geranyl diphosphate synthase small subunit
C: Geranyl diphosphate synthase small subunit
D: Geranyl diphosphate synthase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,05711
ポリマ－123,4064
非ポリマー6517
水14,700816
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Geranyl diphosphate synthase large subunit
B: Geranyl diphosphate synthase small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,9305
ポリマ－61,7032
非ポリマー2273
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3860 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area22440 Å2
手法PISA
3
C: Geranyl diphosphate synthase small subunit
D: Geranyl diphosphate synthase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,1286
ポリマ－61,7032
非ポリマー4254
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3930 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area21990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.260, 109.022, 182.156
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Gel filtration chromatography demonstrate that the biological assembly should be a hetero-tetramer, composed of two hetero-dimers (one is A chain and B chain, the other is C chain and D chain).

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要素

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Geranyl diphosphate synthase ... , 2種, 4分子 ADBC

#1: タンパク質 Geranyl diphosphate synthase large subunit / GPPS Large Subunit / Geranyl pyrophosphate synthase large subunit / Gpp synthase large subunit


分子量: 31947.004 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 84-377 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mentha x piperita (ペパーミント)
遺伝子: GPPS Large Subunit / プラスミド: pET32 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9SBR3, ジメチルアリルtransトランスフェラーゼ
#2: タンパク質 Geranyl diphosphate synthase small subunit / GPPS Small Subunit / Gpp synthase small subunit


分子量: 29755.963 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 49-313 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mentha x piperita (ペパーミント)
遺伝子: GPPS Small subunit / プラスミド: pET37 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9SBR4, ジメチルアリルtransトランスフェラーゼ

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非ポリマー , 5種, 823分子

#3: 化合物 ChemComp-PPV / PYROPHOSPHATE / ピロりん酸 / ピロリン酸塩


分子量: 177.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4O7P2
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-GPP / GERANYL DIPHOSPHATE / ピロりん酸ネリル / ゲラニル二リン酸


分子量: 314.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H20O7P2
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 816 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.6 % / Mosaicity: 0.622 °
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 100mM Bis-Tris, 200mM ammonium acetate, 20% PEG 3350, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13C1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月29日
放射モノクロメーター: Horizontally Focusing Single Crystal Monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→30 Å / Num. all: 56022 / Num. obs: 51803 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Χ2: 1.006 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.543 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 5105 / Χ2: 0.934 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2J1O

2j1o


解像度: 2.42→30 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.284 1790 4.3 %RANDOM
Rwork0.223 ---
all0.263 38608 --
obs0.253 35539 85.9 %-
溶媒の処理Bsol: 57.065 Å2
原子変位パラメータBiso max: 146.17 Å2 / Biso mean: 54.754 Å2 / Biso min: 18.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--40.316 Å20 Å20 Å2
2--22.418 Å20 Å2
3---17.898 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.42→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8158 0 36 816 9010
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.3721.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.7662
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.3822
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.7142.5
LS精密化 シェル解像度: 2.42→2.53 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.4 146
Rwork0.415 -
obs-3069
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3ligand.param
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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