[日本語] English
万見
- PDB-3oab: Mint deletion mutant of heterotetrameric geranyl pyrophosphate sy... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3oab
タイトルMint deletion mutant of heterotetrameric geranyl pyrophosphate synthase in complex with ligands
要素(Geranyl diphosphate synthase ...) x 2
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / prenyltransferase (プレニル基転移酵素) / All alpha-helices fold / monoterpene biosynthesis / chroloplast
機能・相同性
機能・相同性情報


geranyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Polyprenyl synthases signature 1. / Polyprenyl synthases signature 2. / Polyprenyl synthetase, conserved site / Polyprenyl synthetase / Polyprenyl synthetase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DIMETHYLALLYL S-THIOLODIPHOSPHATE / 3-METHYLBUT-3-ENYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE / ピロリン酸塩 / Geranyl diphosphate synthase large subunit / Geranyl diphosphate synthase small subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Mentha x piperita (ペパーミント)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Hsieh, F.-L. / Chang, T.-H. / Ko, T.-P. / Wang, A.H.-J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Enhanced specificity of mint geranyl pyrophosphate synthase by modifying the R-loop interactions
著者: Hsieh, F.-L. / Chang, T.-H. / Ko, T.-P. / Wang, A.H.-J.
履歴
登録2010年8月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年2月26日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02019年10月16日Group: Data collection / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _entity.formula_weight
改定 2.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Geranyl diphosphate synthase large subunit
B: Geranyl diphosphate synthase small subunit
C: Geranyl diphosphate synthase small subunit
D: Geranyl diphosphate synthase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,42713
ポリマ－121,3204
非ポリマー1,1089
水11,458636
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Geranyl diphosphate synthase large subunit
B: Geranyl diphosphate synthase small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,1496
ポリマ－60,6602
非ポリマー4894
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3620 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area22110 Å2
手法PISA
3
C: Geranyl diphosphate synthase small subunit
D: Geranyl diphosphate synthase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,2797
ポリマ－60,6602
非ポリマー6195
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3530 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area21430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.274, 109.258, 182.727
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
Geranyl diphosphate synthase ... , 2種, 4分子 ADBC

#1: タンパク質 Geranyl diphosphate synthase large subunit / Geranyl pyrophosphate synthase large subunit / Gpp synthase large subunit


分子量: 31947.004 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 84-377 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mentha x piperita (ペパーミント)
プラスミド: pET32 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9SBR3, ジメチルアリルtransトランスフェラーゼ
#2: タンパク質 Geranyl diphosphate synthase small subunit / Gpp synthase small subunit


分子量: 28712.795 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 49-313 / Mutation: DELETION / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mentha x piperita (ペパーミント)
プラスミド: pET37 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9SBR4, ジメチルアリルtransトランスフェラーゼ

-
非ポリマー , 6種, 645分子

#3: 化合物 ChemComp-PPV / PYROPHOSPHATE / ピロりん酸 / ピロリン酸塩


分子量: 177.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4O7P2
#4: 化合物 ChemComp-DST / DIMETHYLALLYL S-THIOLODIPHOSPHATE / DMASPP / DMAPP / DMADP / Dimethylallyl pyrophosphate / dimethylallyl diphosphate / isoprenyl pyrophosphate / りん酸3-メチル-2-ブテニルチオホスホニル / ジメチルアリル二リン酸


分子量: 262.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O6P2S
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-IPE / 3-METHYLBUT-3-ENYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE / ISOPENTENYL PYROPHOSPHATE / イソペンテニル二りん酸 / イソペンテニル二リン酸


分子量: 246.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O7P2
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 636 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.69 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 100mM Bis-Tris, 200mM ammonium acetate, 20% PEG 3350, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月1日
放射モノクロメーター: Horizontally Focusing Single Crystal Monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 50303 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.436 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 4383 / % possible all: 95.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3KRF

3krf


解像度: 2.3→24.96 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2773 3757 4.6 %RANDOM
Rwork0.2085 ---
all-46691 --
obs-42934 92.1 %-
溶媒の処理Bsol: 31.0722 Å2
原子変位パラメータBiso max: 128.32 Å2 / Biso mean: 41.2865 Å2 / Biso min: 7.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--23.405 Å20 Å20 Å2
2--15.175 Å20 Å2
3---8.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→24.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8064 0 59 636 8759
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5441.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.2572
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.5952
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.352.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.38 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 191 -
Rwork0.331 --
obs-3757 92.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param
X-RAY DIFFRACTION4ligand.param

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る