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- PDB-2ogu: Crystal structure of the isolated MthK RCK domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ogu
タイトルCrystal structure of the isolated MthK RCK domain
要素Calcium-gated potassium channel mthK
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / K Channel (カリウムチャネル) / RCK / KTN
機能・相同性
機能・相同性情報


monoatomic cation transmembrane transporter activity / potassium ion transport / identical protein binding / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Voltage-gated potassium channel / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain / Regulator of K+ conductance, N-terminal / TrkA-N domain / RCK N-terminal domain profile. / Regulator of K+ conductance, C-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain superfamily / TrkA-C domain / RCK C-terminal domain profile. / Potassium channel domain ...Voltage-gated potassium channel / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain / Regulator of K+ conductance, N-terminal / TrkA-N domain / RCK N-terminal domain profile. / Regulator of K+ conductance, C-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain superfamily / TrkA-C domain / RCK C-terminal domain profile. / Potassium channel domain / イオンチャネル / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Alpha-Beta Plaits / NAD(P)-binding domain superfamily / Up-down Bundle / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Calcium-gated potassium channel MthK
類似検索 - 構成要素
生物種Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.23 Å
データ登録者Kuo, M.M.C. / Baker, K.A. / Wong, L. / Choe, S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: Dynamic oligomeric conversions of the cytoplasmic RCK domains mediate MthK potassium channel activity.
著者: Kuo, M.M. / Baker, K.A. / Wong, L. / Choe, S.
履歴
登録2007年1月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium-gated potassium channel mthK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6491
ポリマ－25,6491
非ポリマー00
水0
1
A: Calcium-gated potassium channel mthK

A: Calcium-gated potassium channel mthK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2982
ポリマ－51,2982
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_556-x,-x+y,-z+11
Buried area6930 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area20310 Å2
手法PISA
2
A: Calcium-gated potassium channel mthK
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,8956
ポリマ－153,8956
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation5_556x-y,-y,-z+11
crystal symmetry operation6_556-x,-x+y,-z+11
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)165.89, 165.89, 82.22
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
詳細Dimer is generated by -y, x-y, z

-
要素

#1: タンパク質 Calcium-gated potassium channel mthK


分子量: 25649.166 Da / 分子数: 1 / 断片: RCK domain: Residues 107-336 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
株: Delta H / 遺伝子: mthK / プラスミド: pHis9-RCK / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O27564

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.01 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Sodium cacodylate pH 6.5, 1.3-1.5M Lithium sulfate, 2% Benzamidine-HCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL1-5 / 波長: 0.97944 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97944 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→30 Å / Num. all: 7325 / Num. obs: 6717 / % possible obs: 91.7 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 21.5
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.293 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. unique all: 434 / % possible all: 59.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
ADSCQUANTUMデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1LMQ

1lmq


解像度: 3.23→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 83.129 / SU ML: 0.569 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.516 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29937 300 4.5 %RANDOM
Rwork0.23182 ---
obs0.23467 6416 95.32 %-
all-6717 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 122.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.81 Å2-3.4 Å20 Å2
2---6.81 Å20 Å2
3---10.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.23→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1719 0 0 0 1719
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0221735
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3551.9782343
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1955220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.86323.65982
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg24.2415316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0871519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2271
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021304
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2650.2920
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3140.21183
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1560.280
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2720.292
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1760.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5281.51121
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.94521772
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.8623670
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.564.5571
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.23→3.32 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.421 22 -
Rwork0.365 468 -
obs--95.7 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 8.3074 Å / Origin y: -28.6298 Å / Origin z: 32.7596 Å
111213212223313233
T-0.1246 Å20.1569 Å20.3206 Å2-0.0167 Å20.3252 Å2--0.0719 Å2
L2.8225 °2-2.183 °22.2644 °2-3.9071 °2-0.2764 °2--2.7971 °2
S-0.03 Å °0.951 Å °0.4244 Å °-0.1806 Å °-0.5576 Å °0.8343 Å °0.652 Å °0.9625 Å °0.5876 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA117 - 23114 - 128
2X-RAY DIFFRACTION1AA232 - 260129 - 157
3X-RAY DIFFRACTION1AA261 - 336158 - 233

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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