PDB-3kxd: Crystal structure of the mthk rck in complex with cadmium

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3kxd

タイトル

Crystal structure of the mthk rck in complex with cadmium

要素

Calcium-gated potassium channel mthK

キーワード

TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / RCK / MTHK /

CADMIUM (カドミウム) /

POTASSIUM CHANNEL (カリウムチャネル) / ALTERNATIVE INITIATION /

ION TRANSPORT /

IONIC CHANNEL (イオンチャネル) /

MEMBRANE (生体膜) / METAL-BINDING /

POTASSIUM (カリウム) / POTASSIUM TRANSPORT /

TRANSMEMBRANE (膜貫通型タンパク質) / TRANSPORT /

Cell membrane (細胞膜)

機能・相同性

機能・相同性情報

monoatomic cation transmembrane transporter activity / potassium ion transport / identical protein binding /

metal ion binding /

細胞膜
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanothermobacter thermautotrophicus str. Delta H (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Dvir, H. / Choe, S.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structure of the MthK RCK in complex with cadmium.
著者: Dvir, H. / Valera, E. / Choe, S.

履歴

登録	2009年12月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年4月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3kxd.cif.gz	101.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3kxd.ent.gz	77.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3kxd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kx/3kxd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kx/3kxd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2aejS 2aef S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2aej-d 4l75-2 2aef-d 3rbx-1 4l75-3 2aem-1 4l73-d 3rbx-3 4l76-1 4l76-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (11) #223 - 2018年7月ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Calcium-gated potassium channel mthK

B: Calcium-gated potassium channel mthK

ヘテロ分子

50.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.022, 38.293, 96.634
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.10, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B
1	3	A
2	3	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ARG	ARG	PHE	PHE	A	A	116 - 232	1 - 117
2	1	ARG	ARG	PHE	PHE	B	B	116 - 232	1 - 117
1	2	VAL	VAL	ALA	ALA	A	A	233 - 257	118 - 142
2	2	VAL	VAL	ALA	ALA	B	B	233 - 257	118 - 142
1	3	SER	SER	ILE	ILE	A	A	260 - 334	145 - 219
2	3	SER	SER	ILE	ILE	B	B	260 - 334	145 - 219

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Calcium-gated potassium channel mthK / MTHK 分子量: 24841.270 Da / 分子数: 2 / 断片: RCK DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus str. Delta H (古細菌) 遺伝子: mthK, MTH_1520 / プラスミド: PQE70 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: O27564
#2: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.85 %
結晶化	温度: 318 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.7 詳細: 1M NH4-FORMATE, 10% PEG 4000, 0.1M NA ACETATE, PH 4.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 318K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.9537
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月5日 / 詳細: FLAT MIRROR, RH COATED
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→57.83 Å / Num. obs: 21805 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 10.8

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
REFMAC	精密化
MOSFLM	データ削減
SCALA	データスケーリング
REFMAC	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 2AEJ

2aej

解像度: 2.2→57.83 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.906 / SU B: 13.329 / SU ML: 0.157 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.298 / ESU R Free: 0.234 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25364	1108	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1844	-	-	-
obs	0.1878	20697	99.31 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.557 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.1 Å²	0 Å²	-1.02 Å²
2-	-	0.41 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→57.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3378	0	4	112	3494

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.022	3421
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.877	1.976	4630
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.619	5	441
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.503	23.725	153
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.503	15	601
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.556	15	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.14	0.2	545
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	2560
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	670
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.235	0.2	747
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.21	0.2	2471
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	1616
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.095	0.2	1908
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.201	0.2	152
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.295	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.239	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.313	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.319	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.962	1.5	2192
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.335	1.5	905
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.696	2	3539
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.88	3	1229
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.715	4.5	1091
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	468	MEDIUM POSITIONAL	0.27	0.5
1	427	LOOSE POSITIONAL	0.69	5
1	468	MEDIUM THERMAL	1.26	2
1	427	LOOSE THERMAL	1.9	10
2	100	MEDIUM POSITIONAL	0.11	0.5
2	92	LOOSE POSITIONAL	0.51	5
2	100	MEDIUM THERMAL	0.71	2
2	92	LOOSE THERMAL	1.35	10
3	300	MEDIUM POSITIONAL	0.18	0.5
3	250	LOOSE POSITIONAL	0.53	5
3	300	MEDIUM THERMAL	0.8	2
3	250	LOOSE THERMAL	1	10

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.238	91	-
R_work	0.191	1525	-
obs	-	-	98.6 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5766	-0.3707	-1.1658	3.7598	-1.1536	4.6579	0.1336	-0.0783	0.0698	0.0601	0.1278	0.2445	-0.345	-0.1143	-0.2614	0.2049	0.0187	0.0678	0.0366	0.0199	0.1069	20.205	2.182	7.997
2	8.3252	0.1786	0.3299	0.3331	-0.7064	9.9367	-0.0299	-0.6207	0.0558	0.2445	-0.1666	-0.037	-0.6999	-0.0265	0.1965	0.3482	0.0194	0.0477	0.4611	0.1632	0.2801	5.034	-7.614	26.704
3	8.5898	0.4709	-3.2318	4.4516	3.7859	13.1902	0.1684	-1.7746	0.1773	0.2067	0.3934	-0.2365	-0.245	2.1252	-0.5619	0.466	-0.0884	0.0382	0.9006	-0.0533	0.2419	27.754	-4.379	36.538
4	14.4632	-1.0169	-1.9916	2.7725	1.1391	4.2753	-0.1963	0.2497	-1.1259	0.0003	-0.2061	0.3738	0.2891	-0.3057	0.4023	0.271	-0.0294	0.0557	0.2992	-0.0312	0.3548	-7.383	-10.736	16.609
5	2.881	-0.947	-0.5279	3.5172	-1.0453	4.636	0.0988	-0.1826	-0.1433	0.2098	0.0593	0.2992	0.4042	-0.2217	-0.1581	0.3297	-0.0404	0.0562	0.2334	0.0395	0.1285	16.765	-6.693	22.365
6	11.9728	-1.7212	-0.0338	3.9984	-0.2009	10.3169	0.0591	-2.1398	-0.6329	0.2865	0.0638	0.2118	0.5354	-0.7162	-0.1228	0.4807	-0.143	0.0521	1.0122	0.2518	0.3906	7.788	-13.983	42.976

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	116 - 232
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	233 - 257
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	258 - 339
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	116 - 232
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	233 - 259
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	260 - 334

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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