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- EMDB-17768: CryoEM structure of Nal1 protein, allele IR64, from Oryza sativa ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17768
タイトルCryoEM structure of Nal1 protein, allele IR64, from Oryza sativa indica cultivar
マップデータ
試料
  • 複合体: Nal1
    • タンパク質・ペプチド: Protein NARROW LEAF 1
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードSerine protease (セリンプロテアーゼ) / PLANT PROTEIN (植物)
機能・相同性stem vascular tissue pattern formation / internode patterning / regulation of leaf development / leaf vascular tissue pattern formation / Peptidase S1, PA clan / 核質 / 細胞質 / Protein NARROW LEAF 1
機能・相同性情報
生物種Oryza sativa Japonica Group (イネ) / Oryza sativa Indica Group (イネ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.63 Å
データ登録者Huang LY / Rety S / Xi XG
資金援助 中国, フランス, 2件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, China)32071291, 32201042, 32071225, 31870788 中国
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)IRP "Helicase-mediated Gquadruplex DNA unwinding and genome stability" フランス
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2024
タイトル: The catalytic triad of rice NARROW LEAF1 involves H234.
著者: Ling-Yun Huang / Na-Nv Liu / Wei-Fei Chen / Xia Ai / Hai-Hong Li / Ze-Lin Zhang / Xi-Miao Hou / Philippe Fossé / Olivier Mauffret / Dong-Sheng Lei / Stephane Rety / Xu-Guang Xi /
要旨: NARROW LEAF1 (NAL1) exerts a multifaceted influence on leaf morphology and crop yield. Recent crystal study proposed that histidine 233 (H233) is part of the catalytic triad. Here we report that ...NARROW LEAF1 (NAL1) exerts a multifaceted influence on leaf morphology and crop yield. Recent crystal study proposed that histidine 233 (H233) is part of the catalytic triad. Here we report that unlike suggested previously, H234 instead of H233 is a component of the catalytic triad alongside residues D291 and S385 in NAL1. Remarkably, residue 233 unexpectedly plays a pivotal role in regulating NAL1's proteolytic activity. These findings establish a strong foundation for utilizing NAL1 in breeding programs aimed at improving crop yield.
履歴
登録2023年6月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年4月17日-
マップ公開2024年4月17日-
更新2024年4月24日-
現状2024年4月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17768.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17768.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.171
最小 - 最大-1.818517 - 3.3567443
平均 (標準偏差)0.0011039417 (±0.07396374)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 314.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_17768_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_17768_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Nal1

全体名称: Nal1
要素
  • 複合体: Nal1
    • タンパク質・ペプチド: Protein NARROW LEAF 1
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Nal1

超分子名称: Nal1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Oryza sativa Japonica Group (イネ)

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分子 #1: Protein NARROW LEAF 1

分子名称: Protein NARROW LEAF 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryza sativa Indica Group (イネ)
分子量理論値: 63.822469 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
配列文字列: FHMKPSDDKA QLSGLAQSEE SSLDVDHQSF PCSPSIQPVA SGCTHTENSA AYFLWPTSNL QHCAAEGRAN YFGNLQKGLL PRHPGRLPK GQQANSLLDL MTIRAFHSKI LRRFSLGTAV GFRIRKGDLT DIPAILVFVA RKVHKKWLNP AQCLPAILEG P GGVWCDVD ...文字列:
FHMKPSDDKA QLSGLAQSEE SSLDVDHQSF PCSPSIQPVA SGCTHTENSA AYFLWPTSNL QHCAAEGRAN YFGNLQKGLL PRHPGRLPK GQQANSLLDL MTIRAFHSKI LRRFSLGTAV GFRIRKGDLT DIPAILVFVA RKVHKKWLNP AQCLPAILEG P GGVWCDVD VVEFSYYGAP AQTPKEQMFS ELVDKLCGSD ECIGSGSQVA SHETFGTLGA IVKRRTGNKQ VGFLTNRHVA VD LDYPNQK MFHPLPPNLG PGVYLGAVER ATSFITDDVW YGIYAGTNPE TFVRADGAFI PFADDFDIST VTTVVRGVGD IGD VKVIDL QCPLNSLIGR QVCKVGRSSG HTTGTVMAYA LEYNDEKGIC FFTDILVVGE NRQTFDLEGD SGSLIILTSQ DGEK PRPIG IIWGGTANRG RLKLTSDHGP ENWTSGVDLG RLLDRLELDI IITNESLQDA VQQQRFALVA AVTSAVGESS GAPVA IPEE KVEEIFEPLG IQIQQLPRHD VAASGTEGEE ASNTVVNVEE HQFISNFVGM SPVRDDQDAP RSITNLNNPS EEELAM SLH LGDREPKRLR SDSGSSLDLE KLE

UniProtKB: Protein NARROW LEAF 1

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分子 #2: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 6 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン三リン酸

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分子 #3: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 6 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20mM Tris-HCl 100mM NaCl
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 282 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 50.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
ソフトウェア名称: SerialEM (ver. 3.8.4)
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 実像数: 700 / 平均電子線量: 49.02 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 216590
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

8pme

初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
最終 再構成使用したクラス数: 1
想定した対称性 - 点群: D3 (2回x3回 2面回転対称)
アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.63 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / 使用した粒子像数: 203380
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

8pme


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
ソフトウェア名称: PHENIX (ver. 1.21rc1_4903)
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8pn2:
CryoEM structure of Nal1 protein, allele IR64, from Oryza sativa indica cultivar

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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