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タイトルStructural basis of Acinetobacter type IV pili targeting by an RNA virus.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 15, Issue 1, Page 2746, Year 2024
掲載日2024年3月29日
著者Ran Meng / Zhongliang Xing / Jeng-Yih Chang / Zihao Yu / Jirapat Thongchol / Wen Xiao / Yuhang Wang / Karthik Chamakura / Zhiqi Zeng / Fengbin Wang / Ry Young / Lanying Zeng / Junjie Zhang /
PubMed 要旨Acinetobacters pose a significant threat to human health, especially those with weakened immune systems. Type IV pili of acinetobacters play crucial roles in virulence and antibiotic resistance. ...Acinetobacters pose a significant threat to human health, especially those with weakened immune systems. Type IV pili of acinetobacters play crucial roles in virulence and antibiotic resistance. Single-stranded RNA bacteriophages target the bacterial retractile pili, including type IV. Our study delves into the interaction between Acinetobacter phage AP205 and type IV pili. Using cryo-electron microscopy, we solve structures of the AP205 virion with an asymmetric dimer of maturation proteins, the native Acinetobacter type IV pili bearing a distinct post-translational pilin cleavage, and the pili-bound AP205 showing its maturation proteins adapted to pilin modifications, allowing each phage to bind to one or two pili. Leveraging these results, we develop a 20-kilodalton AP205-derived protein scaffold targeting type IV pili in situ, with potential for research and diagnostics.
リンクNat Commun / PubMed:38553443 / PubMed Central
手法EM (らせん対称) / EM (単粒子)
解像度3.0 - 8.55 Å
構造データ

41442

8tob

EMDB-41442, PDB-8tob:
Acinetobacter GP16 Type IV pilus
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.14 Å

41443

8toc

EMDB-41443, PDB-8toc:
Acinetobacter phage AP205
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.11 Å

EMDB-41447: AP205 binding to one Acinetobacter GP16 type iv pilus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

41634

8tv9

EMDB-41634, PDB-8tv9:
Inner Mat-T4P complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.15 Å

41635

8tva

EMDB-41635, PDB-8tva:
Outer Mat-T4P complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.55 Å

EMDB-41646: AP205 phage Acinetobacter gp16 T4P complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

41657

8tw2

EMDB-41657, PDB-8tw2:
Acinetobacter phage AP205 T=4 VLP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.39 Å

41666

8twc

EMDB-41666, PDB-8twc:
Acinetobacter phage AP205 T=3 VLP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

由来
  • acinetobacter genomosp. 16bj (バクテリア)
  • bacteria abnormis (昆虫)
  • acinetobacter phage ap205 (ファージ)
キーワードCELL ADHESION (細胞接着) / T4P / Competence / VIRUS/RNA / Acinetobacter (アシネトバクター) / SsRNA phage virus / VIRUS (ウイルス) / VIRUS-RNA complex / VIRUS LIKE PARTICLE (ウイルス様粒子) / VLP

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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