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万見
- PDB-8tob: Acinetobacter GP16 Type IV pilus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tob
タイトルAcinetobacter GP16 Type IV pilus
要素(Fimbrial protein) x 2
キーワードCELL ADHESION (細胞接着) / T4P / Competence
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / 性繊毛 / 細胞接着 / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Bacterial general secretion pathway protein G-type pilin / Fimbrial protein pilin / Pilin (bacterial filament) / Prokaryotic N-terminal methylation site. / Prokaryotic N-terminal methylation motif / Prokaryotic N-terminal methylation site / Pilin-like
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Acinetobacter genomosp. 16BJ (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.14 Å
データ登録者Meng, R. / Xing, Z. / Zhang, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1R01GM141659 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural basis of Acinetobacter type IV pili targeting by an RNA virus.
著者: Ran Meng / Zhongliang Xing / Jeng-Yih Chang / Zihao Yu / Jirapat Thongchol / Wen Xiao / Yuhang Wang / Karthik Chamakura / Zhiqi Zeng / Fengbin Wang / Ry Young / Lanying Zeng / Junjie Zhang /
要旨: Acinetobacters pose a significant threat to human health, especially those with weakened immune systems. Type IV pili of acinetobacters play crucial roles in virulence and antibiotic resistance. ...Acinetobacters pose a significant threat to human health, especially those with weakened immune systems. Type IV pili of acinetobacters play crucial roles in virulence and antibiotic resistance. Single-stranded RNA bacteriophages target the bacterial retractile pili, including type IV. Our study delves into the interaction between Acinetobacter phage AP205 and type IV pili. Using cryo-electron microscopy, we solve structures of the AP205 virion with an asymmetric dimer of maturation proteins, the native Acinetobacter type IV pili bearing a distinct post-translational pilin cleavage, and the pili-bound AP205 showing its maturation proteins adapted to pilin modifications, allowing each phage to bind to one or two pili. Leveraging these results, we develop a 20-kilodalton AP205-derived protein scaffold targeting type IV pili in situ, with potential for research and diagnostics.
履歴
登録2023年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
GA: Fimbrial protein
HA: Fimbrial protein
IA: Fimbrial protein
JA: Fimbrial protein
KA: Fimbrial protein
LA: Fimbrial protein
MA: Fimbrial protein
NA: Fimbrial protein
OA: Fimbrial protein
PA: Fimbrial protein
QA: Fimbrial protein
RA: Fimbrial protein
SA: Fimbrial protein
TA: Fimbrial protein
UA: Fimbrial protein
VA: Fimbrial protein
AA: Fimbrial protein
BA: Fimbrial protein
CA: Fimbrial protein
DA: Fimbrial protein
EA: Fimbrial protein
FA: Fimbrial protein
GB: Fimbrial protein
HB: Fimbrial protein
IB: Fimbrial protein
JB: Fimbrial protein
KB: Fimbrial protein
LB: Fimbrial protein
MB: Fimbrial protein
NB: Fimbrial protein
OB: Fimbrial protein
PB: Fimbrial protein
QB: Fimbrial protein
RB: Fimbrial protein
SB: Fimbrial protein
TB: Fimbrial protein
UB: Fimbrial protein
VB: Fimbrial protein
AB: Fimbrial protein
BB: Fimbrial protein
CB: Fimbrial protein
DB: Fimbrial protein
EB: Fimbrial protein
FB: Fimbrial protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)318,35244
ポリマ－318,35244
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 ...
Fimbrial protein


分子量: 7470.747 Da / 分子数: 22 / 断片: residues 9-78 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter genomosp. 16BJ (バクテリア)
参照: UniProt: N9RQW9
#2: タンパク質 ...
Fimbrial protein


分子量: 6999.778 Da / 分子数: 22 / 断片: residues 79-147 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter genomosp. 16BJ (バクテリア)
参照: UniProt: N9RQW9
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Acinetobacter genomosp.16 Tyoe IV pilus / タイプ: COMPLEX / 詳細: Filamentous Type IV pilus / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量値: 11 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Acinetobacter genomosp. 16BJ (バクテリア)
緩衝液pH: 8 / 詳細: 20mM Tris-HCl, 200mM NaCl, pH 8.0
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTris (hydroxymethyl) aminomethane (THAM) hydrochlorideTris-HClトリスヒドロキシメチルアミノメタン1
2200 mMSodium Chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
試料濃度: 1.35 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: vitreous Typy IV pilus
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: EMS Lacey Carbon
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: 3uL sample applied to a QuantiFoil R2/1 grid

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 135000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 200 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
らせん対称回転角度/サブユニット: 92 ° / 軸方向距離/サブユニット: 10 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 3.14 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 900000 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築プロトコル: BACKBONE TRACE
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00222528
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.42830712
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.9923146
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0383916
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0033784

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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