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万見
- PDB-8rc4: Structure of Integrator-PP2A complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rc4
タイトルStructure of Integrator-PP2A complex
要素
  • (Integrator complex subunit ...積分器) x 13
  • (Serine/threonine-protein phosphatase 2A ...) x 2
  • DSS1
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Integrator complex (積分器) / Post-termination complex / RNA Polymerase II (RNAポリメラーゼII) / Pol II / RNAPII
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of fertilization / U2 snRNA 3'-end processing / snRNA processing / integrator complex / snRNA 3'-end processing / meiotic spindle elongation / Integration of energy metabolism / PP2A-mediated dephosphorylation of key metabolic factors / regulation of microtubule binding / MASTL Facilitates Mitotic Progression ...regulation of fertilization / U2 snRNA 3'-end processing / snRNA processing / integrator complex / snRNA 3'-end processing / meiotic spindle elongation / Integration of energy metabolism / PP2A-mediated dephosphorylation of key metabolic factors / regulation of microtubule binding / MASTL Facilitates Mitotic Progression / mitotic sister chromatid separation / regulation of meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation / protein phosphatase type 2A complex / meiotic sister chromatid cohesion, centromeric / flagellated sperm motility / peptidyl-serine dephosphorylation / protein localization to nuclear envelope / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / peptidyl-threonine dephosphorylation / : / positive regulation of microtubule binding / negative regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / Regulation of glycolysis by fructose 2,6-bisphosphate metabolism / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / female meiotic nuclear division / protein antigen binding / protein phosphatase regulator activity / ceramide metabolic process / GABA receptor binding / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / APC truncation mutants have impaired AXIN binding / AXIN missense mutants destabilize the destruction complex / Truncations of AMER1 destabilize the destruction complex / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / ERKs are inactivated / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Beta-catenin phosphorylation cascade / Signaling by GSK3beta mutants / CTNNB1 S33 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S37 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S45 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 T41 mutants aren't phosphorylated / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / regulation of Wnt signaling pathway / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / regulation of growth / centrosome localization / inner cell mass cell proliferation / negative regulation of glycolytic process through fructose-6-phosphate / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / myosin phosphatase activity / protein serine/threonine phosphatase activity / CTLA4 inhibitory signaling / Platelet sensitization by LDL / negative regulation of MAPK cascade / protein-serine/threonine phosphatase / regulation of cell differentiation / T cell homeostasis / ERK/MAPK targets / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / phosphoprotein phosphatase activity / regulation of DNA replication / mesoderm development / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / chromosome, centromeric region / DARPP-32 events / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / lateral plasma membrane / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / regulation of cell adhesion / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / RNA endonuclease activity / 着床 / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / regulation of mitotic cell cycle / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / protein dephosphorylation / mitotic spindle organization / RNA splicing / meiotic cell cycle / DNA damage checkpoint signaling / response to organic substance / protein tyrosine phosphatase activity / chromosome segregation / RHO GTPases Activate Formins / cellular response to ionizing radiation / response to lead ion / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / regulation of protein phosphorylation / Spry regulation of FGF signaling / RAF activation / PKR-mediated signaling
類似検索 - 分子機能
Integrator complex subunit 10 / Integrator complex subunit 15 / Integrator complex subunit 15 / Integrator subunit 10 / Cell cycle regulator Mat89Bb / Integrator complex subunit 14 / Integrator complex subunit 14, beta-barrel domain / Integrator complex subunit 14, C-terminal / Cell cycle and development regulator Mat89Bb / Integrator complex subunit 14, beta-barrel domain ...Integrator complex subunit 10 / Integrator complex subunit 15 / Integrator complex subunit 15 / Integrator subunit 10 / Cell cycle regulator Mat89Bb / Integrator complex subunit 14 / Integrator complex subunit 14, beta-barrel domain / Integrator complex subunit 14, C-terminal / Cell cycle and development regulator Mat89Bb / Integrator complex subunit 14, beta-barrel domain / Integrator complex subunit 14, alpha-helical domain / Domain of unknown function DUF3677 / Integrator complex subunit 2, metazoa / Integrator complex subunit 2 / Integrator complex subunit 5, C-terminal / Integrator complex subunit 5, N-terminal / Integrator complex subunit 7 / Integrator complex subunit 8 / Integrator complex subunit 1 / Integrator complex subunit 5 / Protein of unknown function (DUF3677) / Integrator complex subunit 2 / Integrator complex subunit 5 N-terminus / Integrator complex subunit 5 C-terminus / INTS6/SAGE1/DDX26B/CT45, C-terminal / INTS6/SAGE1/DDX26B/CT45 C-terminus / : / : / Integrator IntS9, C-terminal domain / Integrator IntS11, C-terminal domain / Integrator complex subunit 9 / Integrator complex subunit 11, MBL-fold / Sister chromatid cohesion protein PDS5 protein / Metallo-beta-lactamase superfamily domain / : / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Zn-dependent metallo-hydrolase, RNA specificity domain / Zn-dependent metallo-hydrolase RNA specificity domain / HEATリピート / HEATリピート / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / HEAT repeat profile. / HEAT, type 2 / von Willebrand factor type A domain / HEAT repeats / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / VWFA domain profile. / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Armadillo-like helical / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform / Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform / Integrator complex subunit 11 / Integrator complex subunit 5 / Integrator complex subunit 8 / Integrator complex subunit 1 / Integrator complex subunit 4 / Integrator complex subunit 15 / Integrator complex subunit 14 ...: / Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform / Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform / Integrator complex subunit 11 / Integrator complex subunit 5 / Integrator complex subunit 8 / Integrator complex subunit 1 / Integrator complex subunit 4 / Integrator complex subunit 15 / Integrator complex subunit 14 / Integrator complex subunit 2 / Integrator complex subunit 9 / Integrator complex subunit 7 / Integrator complex subunit 13 / Integrator complex subunit 10 / Integrator complex subunit 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Fianu, I. / Ochmann, M. / Walshe, J.L. / Cramer, P.
資金援助 ドイツ, European Union, 3件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SFB860 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SFB1565 ドイツ
European Research Council (ERC)EXC 2067/1-390729940European Union
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: Structural basis of Integrator-dependent RNA polymerase II termination.
著者: Isaac Fianu / Moritz Ochmann / James L Walshe / Olexandr Dybkov / Joseph Neos Cruz / Henning Urlaub / Patrick Cramer /
要旨: The Integrator complex can terminate RNA polymerase II (Pol II) in the promoter-proximal region of genes. Previous work has shed light on how Integrator binds to the paused elongation complex ...The Integrator complex can terminate RNA polymerase II (Pol II) in the promoter-proximal region of genes. Previous work has shed light on how Integrator binds to the paused elongation complex consisting of Pol II, the DRB sensitivity-inducing factor (DSIF) and the negative elongation factor (NELF) and how it cleaves the nascent RNA transcript, but has not explained how Integrator removes Pol II from the DNA template. Here we present three cryo-electron microscopy structures of the complete Integrator-PP2A complex in different functional states. The structure of the pre-termination complex reveals a previously unresolved, scorpion-tail-shaped INTS10-INTS13-INTS14-INTS15 module that may use its 'sting' to open the DSIF DNA clamp and facilitate termination. The structure of the post-termination complex shows that the previously unresolved subunit INTS3 and associated sensor of single-stranded DNA complex (SOSS) factors prevent Pol II rebinding to Integrator after termination. The structure of the free Integrator-PP2A complex in an inactive closed conformation reveals that INTS6 blocks the PP2A phosphatase active site. These results lead to a model for how Integrator terminates Pol II transcription in three steps that involve major rearrangements.
履歴
登録2023年12月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
p: Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform
q: Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform
r: DSS1
a: Integrator complex subunit 1
b: Integrator complex subunit 2
d: Integrator complex subunit 4
e: Integrator complex subunit 5
f: Integrator complex subunit 6
g: Integrator complex subunit 7
h: Integrator complex subunit 8
i: Integrator complex subunit 9
k: Integrator complex subunit 11
m: Integrator complex subunit 13
j: Integrator complex subunit 10
n: Integrator complex subunit 14
o: Integrator complex subunit 15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,435,16520
ポリマ－1,434,92416
非ポリマー2414
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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Serine/threonine-protein phosphatase 2A ... , 2種, 2分子 pq

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform


分子量: 65579.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPP2R1A / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P30153
#2: タンパク質 Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform


分子量: 35836.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPP2CA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P67775

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 r

#3: タンパク質・ペプチド DSS1


分子量: 3753.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

-
Integrator complex subunit ... , 13種, 13分子 abdefghikmjno

#4: タンパク質 Integrator complex subunit 1 / 積分器


分子量: 244776.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8N201
#5: タンパク質 Integrator complex subunit 2 / 積分器 / Int2


分子量: 134451.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS2, KIAA1287 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9H0H0
#6: タンパク質 Integrator complex subunit 4 / 積分器 / Int4


分子量: 108306.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS4, MSTP093 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q96HW7
#7: タンパク質 Integrator complex subunit 5 /


分子量: 108316.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q6P9B9
#8: タンパク質 Integrator complex subunit 6 / 積分器


分子量: 101166.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS6 / 発現宿主: Trichoplusia (蝶・蛾) / 参照: UniProt: Q9UL03
#9: タンパク質 Integrator complex subunit 7 / 積分器


分子量: 107153.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS7 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9NVH2
#10: タンパク質 Integrator complex subunit 8 / 積分器 / Int8 / Protein kaonashi-1


分子量: 113219.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS8, C8orf52 / 発現宿主: Trichoplusia (蝶・蛾) / 参照: UniProt: Q75QN2
#11: タンパク質 Integrator complex subunit 9 / 積分器 / Int9 / Protein related to CPSF subunits of 74 kDa / RC-74


分子量: 73891.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS9, RC74 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9NV88
#12: タンパク質 Integrator complex subunit 11 / 積分器


分子量: 67956.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS11 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q5TA45
#13: タンパク質 Integrator complex subunit 13 / 積分器 / Cell cycle regulator Mat89Bb homolog / Germ cell tumor 1 / Protein asunder homolog / Sarcoma antigen NY-SAR-95


分子量: 80345.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS13, ASUN, C12orf11, GCT1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9NVM9
#14: タンパク質 Integrator complex subunit 10 / 積分器 / Int10


分子量: 82339.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS10, C8orf35 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9NVR2
#15: タンパク質 Integrator complex subunit 14 / 積分器 / von Willebrand factor A domain-containing protein 9


分子量: 57526.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS14, C15orf44, VWA9 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q96SY0
#16: タンパク質 Integrator complex subunit 15 / 積分器


分子量: 50303.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS15 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q96N11

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非ポリマー , 2種, 4分子

#17: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#18: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1Integrator-PP2A complexCOMPLEXIntegrator, PP2A#1-#160MULTIPLE SOURCES
2Integrator-PP2A complexCOMPLEX#1-#2, #4-#161RECOMBINANT
3DSS1COMPLEX#31NATURAL
分子量値: 1.5 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Homo sapiens (ヒト)9606
33Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 40.49 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 2335349 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築PDB-ID: 8RBX

8rbx


Accession code: 8RBX / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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