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- EMDB-37151: Cyanophage A-1(L) baseplate-initiators -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37151
タイトルCyanophage A-1(L) baseplate-initiators
マップデータ
試料
  • ウイルス: unclassified Caudoviricetes (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: hub
    • タンパク質・ペプチド: central spike
    • タンパク質・ペプチド: tmp
    • タンパク質・ペプチド: baseplate gp16
    • タンパク質・ペプチド: tube initiator
    • タンパク質・ペプチド: sheath initiator
    • タンパク質・ペプチド: wedge protein gp31
    • タンパク質・ペプチド: wedge protein gp32
キーワードbaseplate (三脚) / virus (ウイルス) / viral protein (ウイルスタンパク質)
生物種unclassified Caudoviricetes (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.44 Å
データ登録者Yu RC / Li Q / Zhou CZ
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)U19A2020 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structure of the intact tail machine of Anabaena myophage A-1(L).
著者: Rong-Cheng Yu / Feng Yang / Hong-Yan Zhang / Pu Hou / Kang Du / Jie Zhu / Ning Cui / Xudong Xu / Yuxing Chen / Qiong Li / Cong-Zhao Zhou /
要旨: The Myoviridae cyanophage A-1(L) specifically infects the model cyanobacteria Anabaena sp. PCC 7120. Following our recent report on the capsid structure of A-1(L), here we present the high-resolution ...The Myoviridae cyanophage A-1(L) specifically infects the model cyanobacteria Anabaena sp. PCC 7120. Following our recent report on the capsid structure of A-1(L), here we present the high-resolution cryo-EM structure of its intact tail machine including the neck, tail and attached fibers. Besides the dodecameric portal, the neck contains a canonical hexamer connected to a unique pentadecamer that anchors five extended bead-chain-like neck fibers. The 1045-Å-long contractile tail is composed of a helical bundle of tape measure proteins surrounded by a layer of tube proteins and a layer of sheath proteins, ended with a five-component baseplate. The six long and six short tail fibers are folded back pairwise, each with one end anchoring to the baseplate and the distal end pointing to the capsid. Structural analysis combined with biochemical assays further enable us to identify the dual hydrolytic activities of the baseplate hub, in addition to two host receptor binding domains in the tail fibers. Moreover, the structure of the intact A-1(L) also helps us to reannotate its genome. These findings will facilitate the application of A-1(L) as a chassis cyanophage in synthetic biology.
履歴
登録2023年8月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年4月10日-
マップ公開2024年4月10日-
更新2024年4月10日-
現状2024年4月10日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_37151.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37151.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.01
最小 - 最大-0.014255267 - 0.032564063
平均 (標準偏差)0.0003209453 (±0.0020603822)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 479.36002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_37151_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_37151_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : unclassified Caudoviricetes

全体名称: unclassified Caudoviricetes (ウイルス)
要素
  • ウイルス: unclassified Caudoviricetes (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: hub
    • タンパク質・ペプチド: central spike
    • タンパク質・ペプチド: tmp
    • タンパク質・ペプチド: baseplate gp16
    • タンパク質・ペプチド: tube initiator
    • タンパク質・ペプチド: sheath initiator
    • タンパク質・ペプチド: wedge protein gp31
    • タンパク質・ペプチド: wedge protein gp32

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超分子 #1: unclassified Caudoviricetes

超分子名称: unclassified Caudoviricetes / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 2788787 / 生物種: unclassified Caudoviricetes / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)

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分子 #1: hub

分子名称: hub / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: unclassified Caudoviricetes (ウイルス)
分子量理論値: 98.390594 KDa
配列文字列: MQDPIIKILI GNDTFLLGQE IIDLDFQIGE GKKQNNINFT IFDKDGFFAD KYISTSYAQG GIDLPIDFLE NPDDAKDTNS ASTATEVDS VGNGTVSRSG VFTPKIRAFL DTIASKETAP GTALNIEGYR SVSGSSTLFD ESEMVAGGFP RSQGSKNIGR Y QFTVIDYN ...文字列:
MQDPIIKILI GNDTFLLGQE IIDLDFQIGE GKKQNNINFT IFDKDGFFAD KYISTSYAQG GIDLPIDFLE NPDDAKDTNS ASTATEVDS VGNGTVSRSG VFTPKIRAFL DTIASKETAP GTALNIEGYR SVSGSSTLFD ESEMVAGGFP RSQGSKNIGR Y QFTVIDYN HARSKYPNIN NYSPQNQDLL AYFKLQHRNV LPYLLRDDLD NAIDKASYEW ASFPGIGKPQ GQFNQVQSGT TI ASLKSYY ETRLAYYRSL EAGSDFQASA PKDTTNNQYA GKEYKTIRTL SNSTTASFYG YNDGFDSSDL TANGERFNPE GIT AAHESL PFGTLVKVTW AVNNKSVVVR INDRGAFVRL GRQIDLSYGA AKALSSPGND AIAAGLLTVK LEVVELRTPI GENL KESAK NQIAENLEKI KKNQKELATP EISAKGTQIT LEVSIDRSAI AVFSFLHTGT KHNAIISDTT TFTGQSVNWV LNRRV KNTR YTGVTLKGLA ATITRQYGLD LDMSEEGEMI ENISQVSQTD WQFLEKMTAI QGFGMRTVGK VLQIYKITVN AKKLNY TIS VVDNVKSLIV TDQAQTDATG SSQKIEHYGG RMTTVVDADS GSLIKVDKDN KREAGSAART FTTGVDVPQP QIQKQYS NP RPEGASVKEF QLQLELHTSQ SDLENLTPDT ALYIENTLPF IVGKSWFIES VRHSFSEGIF TSQVSAYIPV APKAIATD S GEQNSVVFDN SQSASQGVGK LPVYEILSYR SGRTVKKITS LQQSYEHWRG TGGYTAYKQL SGFSSPVSYM KGRPNQLVY DFILQQNGNQ SCPVPSPASG RVVATGGSNG MVKIDTGGGE VRLLHMSNIR VKPGQNVIRG TILGTQASVG GTSTGTHLHI EANQFILES YVQSLVTGNW

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分子 #2: central spike

分子名称: central spike / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: unclassified Caudoviricetes (ウイルス)
分子量理論値: 29.607072 KDa
配列文字列: MIVDEFSSVY ECLLYCYKMV KRSEQLNGRR VFPILSVVTN NNDPEGRRRV KIADPLFGNL IESNWIRPIR VSQNQDNPLP QINQMVIVW FVDGDSEKGY YLPIINDANP SREKDDPVND SAVRIEGNNT IRIDKNDSET VGGNQTVAIA GEQNINVDGN L IENIGGDI ...文字列:
MIVDEFSSVY ECLLYCYKMV KRSEQLNGRR VFPILSVVTN NNDPEGRRRV KIADPLFGNL IESNWIRPIR VSQNQDNPLP QINQMVIVW FVDGDSEKGY YLPIINDANP SREKDDPVND SAVRIEGNNT IRIDKNDSET VGGNQTVAIA GEQNINVDGN L IENIGGDI DQNVTGKIEV RSESTILIDA DGTIIIKNDS GAFISLGGNG EVLIQDSQGR KIRLGGAFNS TWDLNGLPMA FI NATSVTI AGKQIATVGA VDTRGDTIVN KGW

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分子 #3: tmp

分子名称: tmp / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: unclassified Caudoviricetes (ウイルス)
分子量理論値: 73.969227 KDa
配列文字列: MANRQHVISV DLRLLTGNFD SSLNYIQGRL NGVFGVVSDN ATNSFFGNGG FLSSYLWNQA FNAIQMAGIA AFRAIGNEVK RAISYQDNL ISMATSYKGL LNLTTKEAFG LARESNIIFQ QRNVGLPTFG NFGTQLRAQY GDDFLSAFYD QNNMKGSLER T ADMIGRTT ...文字列:
MANRQHVISV DLRLLTGNFD SSLNYIQGRL NGVFGVVSDN ATNSFFGNGG FLSSYLWNQA FNAIQMAGIA AFRAIGNEVK RAISYQDNL ISMATSYKGL LNLTTKEAFG LARESNIIFQ QRNVGLPTFG NFGTQLRAQY GDDFLSAFYD QNNMKGSLER T ADMIGRTT VLLGSISGVT NYQRTSFLSN FLSDDFKKLQ RLEVFRNSPQ LQRAFNSQVD SIGGEQGFNA LTRKDRLLLL EN IAAIAVD DDIIKAYKDS LGGVLSRLGQ ELFGDIGIFS FTRDLIFGLP NTSILNSITF FMKEVFAPDG VFGLIKPALQ GIV DTVLIG TKFILDRTSF IFMGLNALAR VLQPIAPLIY ATSSALTVLA AVGLANTIKS AVQGYLISSG AAMLGGRMGM AAMF GMGGD LVGLKTLGTL GLGKLIAPLG FLTMGLDKLA DVGWLAISGG FAKAALGIKT FGMSLWAIVA NPAFLTIAGI VGAIA LAGY TLWKYWEPIG DFLQGFWIGF KAGLPILDQI ESVLQSIGQA LSPITEGFKN MASAMQPVLD GFTKFFNLQQ EKGGEN YVK QGVNFGDAAS GVTRTILSNP LINPFSGFFG LFGNPAQNKA DGDPQSVMSA INDERRKMPS GASLVIANSS ENVFTRS QT QQLASAGRGS TVINNTFNIS GADPQAIAKQ IADIINSQWQ GTLTDYA

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分子 #4: baseplate gp16

分子名称: baseplate gp16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: unclassified Caudoviricetes (ウイルス)
分子量理論値: 17.151273 KDa
配列文字列:
MTTQEFLSKN KTIESELLDL LIKPNTDDSI LTRNKQAIAD RDLFDIEWEP GQSLNKLATE YLGDSFAWQI IADANGIDPT KEIDIGAGL KVPDQKALEN SIKKFIVNSP TGKQLISDAK QSILNLIGVG DSNTEFSKTL KDCIGKVVNF SFDNTQ

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分子 #5: tube initiator

分子名称: tube initiator / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: unclassified Caudoviricetes (ウイルス)
分子量理論値: 31.966795 KDa
配列文字列: MSKFLKNRAV VNGLPVIKNP GKYQHCYLIE YEDSTNVKQT PTENKNKQQQ GFPVYLFMMN PENITYNLPI NYQEIAIPFT AKNQLNYSN GGNIVMTMSN LILDTMDEKR SLQPLIDRLI ALREPTVKKG LKSHPKILAF KWGSNTFAPC VLTNISFDVT R WIDGYPTK ...文字列:
MSKFLKNRAV VNGLPVIKNP GKYQHCYLIE YEDSTNVKQT PTENKNKQQQ GFPVYLFMMN PENITYNLPI NYQEIAIPFT AKNQLNYSN GGNIVMTMSN LILDTMDEKR SLQPLIDRLI ALREPTVKKG LKSHPKILAF KWGSNTFAPC VLTNISFDVT R WIDGYPTK ARVNMSLKEI QKPSSDSKAL EEAKKKVKVE TVQNGNLKKT LSEKQLIDGV KRVTEYLKKN ISFQPRTIQN IL SDPKSVI KIDKDTGQVS LFNGNGEFAA LVGTYNGDIF SPSRQ

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分子 #6: sheath initiator

分子名称: sheath initiator / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: unclassified Caudoviricetes (ウイルス)
分子量理論値: 12.997665 KDa
配列文字列:
MYVYPPRIIN GTLYKSTDLA EYTRGKILQT LSIVRGELVA DPFFGVPLRL FSNINDYQSD VSKIQIILEE EITEAQFIVT GDLKNNGIV SLTVYWAYLG TENIENFEID TSNIF

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分子 #7: wedge protein gp31

分子名称: wedge protein gp31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: unclassified Caudoviricetes (ウイルス)
分子量理論値: 42.385879 KDa
配列文字列: MTTDLNAPQL VVDDYEQLII DSLVHTNVVS NGEFTDLDAS GFMRPFAGTM AYAGSELLYK ANLASIAAAK SFFKNVLGVP EDTGTKATT TLQFGLSASL STDFIVPINF QVSDLSGTLR FYTIGNLVIP AGATFGTIEA IAEDIGEKYN VSANFIDQYS T PLTYLQYV ...文字列:
MTTDLNAPQL VVDDYEQLII DSLVHTNVVS NGEFTDLDAS GFMRPFAGTM AYAGSELLYK ANLASIAAAK SFFKNVLGVP EDTGTKATT TLQFGLSASL STDFIVPINF QVSDLSGTLR FYTIGNLVIP AGATFGTIEA IAEDIGEKYN VSANFIDQYS T PLTYLQYV TNIRPATNGR SGETIDNLIE RCAQIIRIRN PVSALDFEQL AELTMGEGSR CKAIGLLGIN KIVTDPQPGV VH LFLLDVN GNPADPVTIS TVGATLQPRI MLGTRLLISP MEVLNIELEL IALSDSSKTF QQLADDILEA LKVFFNPANL TPG EPVLIE EVKFAIRSVG GLSISYLQMN DNAINIPMPN QWTIPRFSYI GFELTDSEGT VYRDNVVTVT NPEE

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分子 #8: wedge protein gp32

分子名称: wedge protein gp32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: unclassified Caudoviricetes (ウイルス)
分子量理論値: 22.423377 KDa
配列文字列: MSKDAFTAWN VDRRPIYSRM PKEQVGTSYH DYIATDWLTA YWDKIFIECY DKLEDLPRQF DPLQCDEEYL DFLAPLCGWT APYWSGDYP PESKRVLLAN SYSLIWRDKG SLTVLSFVLN ALFINHRIFV PGSFILGQSQ VSEDTLGAAG WEFEILLPRD Y AENGYEFR ...文字列:
MSKDAFTAWN VDRRPIYSRM PKEQVGTSYH DYIATDWLTA YWDKIFIECY DKLEDLPRQF DPLQCDEEYL DFLAPLCGWT APYWSGDYP PESKRVLLAN SYSLIWRDKG SLTVLSFVLN ALFINHRIFV PGSFILGQSQ VSEDTLGAAG WEFEILLPRD Y AENGYEFR LTLKIASLFS PLWCKYRVRY DNL

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 300 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.44 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 41062

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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