+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8ctt | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Title | Crystal structure of a K+ selective NaK mutant (NaK2K) at 100K | ||||||||||||||||||||||||||||||
Components | Potassium channel protein | ||||||||||||||||||||||||||||||
Keywords | MEMBRANE PROTEIN / Potassium ion channel / anomalous | ||||||||||||||||||||||||||||||
Function / homology | Two pore domain potassium channel / Potassium channel domain / Ion channel / potassium channel activity / membrane / : / Potassium channel protein Function and homology information | ||||||||||||||||||||||||||||||
Biological species | Bacillus cereus m1550 (bacteria) | ||||||||||||||||||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.05 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
Authors | Lee, B. / White, K.I. / Socolich, M.A. / Klureza, M.A. / Henning, R. / Srajer, V. / Ranganathan, R. / Hekstra, D. | ||||||||||||||||||||||||||||||
Funding support | United States, 9items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Direct visualization of electric field-stimulated ion conduction in a potassium channel Authors: Lee, B. / White, K.I. / Socolich, M.A. / Klureza, M.A. / Henning, R. / Srajer, V. / Ranganathan, R. / Hekstra, D. | ||||||||||||||||||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8ctt.cif.gz | 172.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8ctt.ent.gz | 119.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8ctt.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ct/8ctt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ct/8ctt | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 8ctnC 8ctsC 8ctuC 8ctvC 8ctwC 8ctxC 8cu1C 8cu2C 8cu3C 8cu4C 3oufS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 10640.477 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus cereus m1550 (bacteria) / Gene: bcere0011_5790 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): SG13009 / References: UniProt: C2R3K4 #2: Chemical | ChemComp-MPD / ( #3: Chemical | ChemComp-K / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.38 Å3/Da / Density % sol: 48.41 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 100mM KCl, 200mM potassium citrate tribasic monohydrate, 100mM MES (pH 6.0 or 6.5), 56%-68% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-BM / Wavelength: 1.45865 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jul 3, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.45865 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.05→50 Å / Num. obs: 21211 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 43.1 % / Biso Wilson estimate: 20.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 111 |
Reflection shell | Resolution: 2.05→2.09 Å / Redundancy: 32.4 % / Mean I/σ(I) obs: 8.706 / Num. unique obs: 630 / CC1/2: 0.981 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3OUF Resolution: 2.05→33.88 Å / SU ML: 0.1792 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.45 / Phase error: 20.047 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 28.39 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.05→33.88 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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