[日本語] English
万見
- PDB-8cts: Room temperature crystal structure of a K+ selective NaK mutant (... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cts
タイトルRoom temperature crystal structure of a K+ selective NaK mutant (NaK2K)
要素Potassium channel proteinカリウムチャネル
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Potassium ion channel (カリウムチャネル) / room temperature (室温)
機能・相同性Two pore domain potassium channel / Potassium channel domain / イオンチャネル / potassium channel activity / 生体膜 / : / Potassium channel protein
機能・相同性情報
生物種Bacillus cereus m1550 (セレウス菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Lee, B. / White, K.I. / Socolich, M.A. / Klureza, M.A. / Henning, R. / Srajer, V. / Ranganathan, R. / Hekstra, D.
資金援助 米国, 9件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)RO1GM12345 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)RO1GM141697 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM118217 米国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)DP2OD028805 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-06CH11357 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-76SF00515 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM103393 米国
Kinship FoundationSSP-2018-3240 米国
New York Community Trust338034 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Direct visualization of electric field-stimulated ion conduction in a potassium channel
著者: Lee, B. / White, K.I. / Socolich, M.A. / Klureza, M.A. / Henning, R. / Srajer, V. / Ranganathan, R. / Hekstra, D.
履歴
登録2022年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Potassium channel protein
B: Potassium channel protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,29933
ポリマ－21,2812
非ポリマー3,01831
水70339
1
A: Potassium channel protein
ヘテロ分子

A: Potassium channel protein
ヘテロ分子

A: Potassium channel protein
ヘテロ分子

A: Potassium channel protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,75564
ポリマ－42,5624
非ポリマー5,19360
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area20820 Å2
ΔGint-456 kcal/mol
Surface area16080 Å2
手法PISA
2
B: Potassium channel protein
ヘテロ分子

B: Potassium channel protein
ヘテロ分子

B: Potassium channel protein
ヘテロ分子

B: Potassium channel protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,44068
ポリマ－42,5624
非ポリマー6,87864
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area23460 Å2
ΔGint-476 kcal/mol
Surface area16850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.816, 68.816, 90.365
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Space group name HallI4
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z
#3: y,-x,z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#7: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-210-

K

21A-211-

K

31A-212-

K

41A-213-

K

51A-214-

K

61A-215-

K

71B-211-

K

81B-212-

K

91B-213-

K

101B-214-

K

111B-215-

K

121A-323-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Potassium channel protein / カリウムチャネル


分子量: 10640.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus cereus m1550 (セレウス菌)
遺伝子: bcere0011_5790 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG13009 / 参照: UniProt: C2R3K4
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol


分子量: 118.174 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.07 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100mM KCl, 200mM potassium citrate tribasic monohydrate, 100mM MES (pH 6.0 or 6.5), 56%-68% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD)

-
データ収集

回折平均測定温度: 292 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 27244 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 12.5 % / Biso Wilson estimate: 13.28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 38.143
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 1.13 / Mean I/σ(I) obs: 0.856 / Num. unique obs: 1079 / CC1/2: 0.258 / % possible all: 77.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3OUF

3ouf


解像度: 1.6→34.41 Å / SU ML: 0.1548 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.45 / 位相誤差: 16.3166
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1542 1295 5.04 %
Rwork0.1408 24378 -
obs0.1414 25673 92.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 24.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→34.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1501 0 186 39 1726
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012087
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.20262878
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0645352
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0088329
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.3442725
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.660.3589510.34871079X-RAY DIFFRACTION36.92
1.66-1.740.21241530.21932870X-RAY DIFFRACTION98.28
1.74-1.830.18291560.16482906X-RAY DIFFRACTION99.97
1.83-1.950.17271570.13922886X-RAY DIFFRACTION99.19
1.95-2.10.14981500.1292906X-RAY DIFFRACTION100
2.1-2.310.12011580.1142922X-RAY DIFFRACTION99.81
2.31-2.640.14181600.11422913X-RAY DIFFRACTION99.87
2.64-3.330.12581610.12262921X-RAY DIFFRACTION99.87
3.33-34.410.1631490.15132975X-RAY DIFFRACTION99.87

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る