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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7yzq | ||||||
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タイトル | MgADP-AlF4-bound DCCP:DCCP-R complex | ||||||
要素 |
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キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / double cubane cluster / ATP (アデノシン三リン酸) / 4Fe4S cluster / electron transfer (電子移動反応) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hydro-lyase activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / nucleotide binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Carboxydothermus hydrogenoformans Z-2901 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å | ||||||
データ登録者 | Jeoung, J.-H. / Dobbek, H. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022 タイトル: Structural basis for coupled ATP-driven electron transfer in the double-cubane cluster protein. 著者: Jeoung, J.H. / Nicklisch, S. / Dobbek, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7yzq.cif.gz | 1.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7yzq.ent.gz | 887.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7yzq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yz/7yzq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yz/7yzq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7yylC 7yzmC 6enoS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 8分子 CDABEFGH
#1: タンパク質 | 分子量: 47952.188 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Carboxydothermus hydrogenoformans Z-2901 (バクテリア) 株: ATCC BAA-161 / DSM 6008 / Z-2901 / 遺伝子: CHY_0487 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3AET9 #2: タンパク質 | 分子量: 26347.562 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Carboxydothermus hydrogenoformans Z-2901 (バクテリア) 株: ATCC BAA-161 / DSM 6008 / Z-2901 / 遺伝子: CHY_0488 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3AET8 |
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-非ポリマー , 12種, 2967分子
#3: 化合物 | ChemComp-BJ8 / #4: 化合物 | ChemComp-PG4 / | #5: 化合物 | ChemComp-GOL / | #6: 化合物 | ChemComp-TAM / #7: 化合物 | ChemComp-BU3 / ( #8: 化合物 | ChemComp-ADP / #9: 化合物 | ChemComp-MG / #10: 化合物 | ChemComp-ALF / #11: 化合物 | #12: 化合物 | ChemComp-SO4 / #13: 化合物 | #14: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.51 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: ammonium sulfate, Tris-HCl pH 8.0, PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91841 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.96→46.16 Å / Num. obs: 202797 / % possible obs: 96.12 % / 冗長度: 3.51 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 7.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.96→2.03 Å / Num. unique obs: 19327 / CC1/2: 0.697 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6eno 解像度: 1.96→46.16 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 23.39 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 149.93 Å2 / Biso mean: 29.8558 Å2 / Biso min: 7.19 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.96→46.16 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15
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