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万見
- PDB-7yyl: nucleotide-free DCCP:DCCP-R complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yyl
タイトルnucleotide-free DCCP:DCCP-R complex
要素
  • Dehydratase family protein
  • Putative CoA-substrate-specific enzyme activase
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / double cubane cluster / ATP (アデノシン三リン酸) / 4Fe4S cluster / electron transfer (電子移動反応)
機能・相同性
機能・相同性情報


hydro-lyase activity / iron-sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / CoA enzyme activase / FldB/FldC dehydratase alpha/beta subunit / 2-hydroxyglutaryl-CoA dehydratase, D-component / ATPase, BadF/BadG/BcrA/BcrD type / BadF/BadG/BcrA/BcrD ATPase family / ATPase, nucleotide binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Double cubane cluster / 鉄・硫黄クラスター / Putative CoA-substrate-specific enzyme activase / Dehydratase family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Carboxydothermus hydrogenoformans Z-2901 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Jeoung, J.-H. / Dobbek, H.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)EXC 2008 390540038 ドイツ
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Structural basis for coupled ATP-driven electron transfer in the double-cubane cluster protein.
著者: Jeoung, J.H. / Nicklisch, S. / Dobbek, H.
履歴
登録2022年2月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Dehydratase family protein
D: Dehydratase family protein
E: Putative CoA-substrate-specific enzyme activase
F: Putative CoA-substrate-specific enzyme activase
A: Dehydratase family protein
B: Dehydratase family protein
G: Putative CoA-substrate-specific enzyme activase
H: Putative CoA-substrate-specific enzyme activase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)301,13217
ポリマ－297,1998
非ポリマー3,9339
水0
1
C: Dehydratase family protein
D: Dehydratase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,3754
ポリマ－95,9042
非ポリマー1,4712
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3790 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area32800 Å2
手法PISA
2
E: Putative CoA-substrate-specific enzyme activase
F: Putative CoA-substrate-specific enzyme activase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,2395
ポリマ－52,6952
非ポリマー5443
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2970 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area23680 Å2
手法PISA
3
A: Dehydratase family protein
B: Dehydratase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,3754
ポリマ－95,9042
非ポリマー1,4712
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3780 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area32900 Å2
手法PISA
4
G: Putative CoA-substrate-specific enzyme activase
H: Putative CoA-substrate-specific enzyme activase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1434
ポリマ－52,6952
非ポリマー4482
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2850 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area23840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.672, 83.332, 124.376
Angle α, β, γ (deg.)99.720, 95.620, 94.020
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Dehydratase family protein


分子量: 47952.188 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Carboxydothermus hydrogenoformans Z-2901 (バクテリア)
株: ATCC BAA-161 / DSM 6008 / Z-2901 / 遺伝子: CHY_0487 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3AET9
#2: タンパク質
Putative CoA-substrate-specific enzyme activase


分子量: 26347.562 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Carboxydothermus hydrogenoformans Z-2901 (バクテリア)
株: ATCC BAA-161 / DSM 6008 / Z-2901 / 遺伝子: CHY_0488 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3AET8
#3: 化合物
ChemComp-BJ8 / Double cubane cluster


分子量: 735.345 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe8S9 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.8 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris-HCl pH 8.0 and 10% (w/v) PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.25→46.93 Å / Num. obs: 45216 / % possible obs: 90.03 % / 冗長度: 1.95 % / CC1/2: 0.979 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル解像度: 3.25→3.37 Å / Num. unique obs: 4476 / CC1/2: 0.451

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6ENO.pdb

6eno


解像度: 3.25→46.93 Å / SU ML: 0.6 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 33.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3027 2098 4.64 %
Rwork0.246 43081 -
obs0.2486 45179 89.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 149.91 Å2 / Biso mean: 59.7829 Å2 / Biso min: 17.22 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.25→46.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20790 0 99 0 20889
Biso mean--49.18 --
残基数----2649
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.25-3.330.42551350.33832767290287
3.33-3.410.40491460.30843038318494
3.41-3.510.36041460.30122977312394
3.51-3.610.36311460.30293005315193
3.61-3.730.37951440.28582949309393
3.73-3.860.34871430.27592947309092
3.86-4.010.31871450.25872978312392
4.01-4.20.29081400.23392876301691
4.2-4.420.2831370.22752798293588
4.42-4.690.28361290.22372662279183
4.69-5.060.27861300.21432666279684
5.06-5.560.29791480.23623025317394
5.56-6.370.30251450.24312978312393
6.37-8.010.23811390.22162852299189
8.02-46.930.21911250.19632563268880

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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