+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6eno | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Double cubane cluster oxidoreductase | ||||||
Components | Dehydratase family protein | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / double cubane cluster / iron-sulfur protein / acetylene reduction | ||||||
Function / homology | : / FldB/FldC dehydratase alpha/beta subunit / 2-hydroxyglutaryl-CoA dehydratase, D-component / hydro-lyase activity / Double cubane cluster / CITRIC ACID / Dehydratase family protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Carboxydothermus hydrogenoformans (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.635 Å | ||||||
Authors | Jeoung, J.H. / Dobbek, H. | ||||||
Funding support | Germany, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / Year: 2018 Title: ATP-dependent substrate reduction at an [Fe8S9] double-cubane cluster. Authors: Jeoung, J.H. / Dobbek, H. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6eno.cif.gz | 270.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6eno.ent.gz | 221.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6eno.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/en/6eno ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/en/6eno | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Similar structure data |
---|
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||||||||
Unit cell |
| |||||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 47762.891 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: N-TERMINAL Gly-Ala residues are from cloning artifact. Source: (gene. exp.) Carboxydothermus hydrogenoformans (strain ATCC BAA-161 / DSM 6008 / Z-2901) (bacteria) Gene: CHY_0487 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q3AET9 | ||
---|---|---|---|
#2: Chemical | ChemComp-BJ8 / | ||
#3: Chemical | ChemComp-CIT / | ||
#4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.13 Å3/Da / Density % sol: 42.22 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: PEG 8000, Na-citrate, Na-dithinite |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 0.9184 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 27, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9184 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.63→42.9 Å / Num. obs: 51968 / % possible obs: 98.8 % / Redundancy: 7 % / Net I/σ(I): 13.9 |
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.635→34.456 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / Phase error: 21.21
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.635→34.456 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|