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- PDB-7mi1: X-ray structure of yeast dynein motor domain in the presence of a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mi1
タイトルX-ray structure of yeast dynein motor domain in the presence of a pyrazolo-pyrimidinone-based compound (compound 20)
要素Chimera protein of Dynein and Endolysin
キーワードMOTOR PROTEIN (モータータンパク質) / AAA ATPase / ATPase inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


karyogamy / establishment of mitotic spindle localization / astral microtubule / nuclear migration along microtubule / minus-end-directed microtubule motor activity / cytoplasmic dynein complex / dynein light intermediate chain binding / spindle pole body / nuclear migration / dynein intermediate chain binding ...karyogamy / establishment of mitotic spindle localization / astral microtubule / nuclear migration along microtubule / minus-end-directed microtubule motor activity / cytoplasmic dynein complex / dynein light intermediate chain binding / spindle pole body / nuclear migration / dynein intermediate chain binding / cytoplasmic microtubule / mitotic sister chromatid segregation / establishment of mitotic spindle orientation / cytoplasmic microtubule organization / viral release from host cell by cytolysis / Neutrophil degranulation / peptidoglycan catabolic process / mitotic spindle organization / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / 細胞皮質 / host cell cytoplasm / defense response to bacterium / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
: / DYN1, AAA+ ATPase lid domain / Dynein heavy chain 3, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / P-loop containing dynein motor region / Dynein heavy chain, tail / Dynein heavy chain, N-terminal region 1 / Dynein heavy chain / Dynein heavy chain region D6 P-loop domain / Dynein heavy chain, linker ...: / DYN1, AAA+ ATPase lid domain / Dynein heavy chain 3, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / P-loop containing dynein motor region / Dynein heavy chain, tail / Dynein heavy chain, N-terminal region 1 / Dynein heavy chain / Dynein heavy chain region D6 P-loop domain / Dynein heavy chain, linker / Dynein heavy chain, AAA module D4 / Dynein heavy chain, coiled coil stalk / Dynein heavy chain, hydrolytic ATP-binding dynein motor region / Dynein heavy chain, ATP-binding dynein motor region / Dynein heavy chain AAA lid domain / Dynein heavy chain AAA lid domain superfamily / Dynein heavy chain, domain 2, N-terminal / Dynein heavy chain, linker, subdomain 3 / Dynein heavy chain, AAA1 domain, small subdomain / Dynein heavy chain region D6 P-loop domain / Dynein heavy chain, N-terminal region 2 / Hydrolytic ATP binding site of dynein motor region / Microtubule-binding stalk of dynein motor / P-loop containing dynein motor region D4 / ATP-binding dynein motor region / Dynein heavy chain AAA lid domain / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Endolysin / Dynein heavy chain, cytoplasmic
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Santarossa, C.C. / Ekiert, D.C. / Bhabha, G. / Kapoor, T.M.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM98579 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM130234-01 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R00GM112982 米国
Damon Runyon Cancer Research FoundationDFS-20-16 米国
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2021
タイトル: Targeting allostery in the Dynein motor domain with small molecule inhibitors.
著者: Cristina C Santarossa / Keith J Mickolajczyk / Jonathan B Steinman / Linas Urnavicius / Nan Chen / Yasuhiro Hirata / Yoshiyuki Fukase / Nicolas Coudray / Damian C Ekiert / Gira Bhabha / Tarun M Kapoor /
要旨: Cytoplasmic dyneins are AAA (ATPase associated with diverse cellular activities) motor proteins responsible for microtubule minus-end-directed intracellular transport. Dynein's unusually large size, ...Cytoplasmic dyneins are AAA (ATPase associated with diverse cellular activities) motor proteins responsible for microtubule minus-end-directed intracellular transport. Dynein's unusually large size, four distinct nucleotide-binding sites, and conformational dynamics pose challenges for the design of potent and selective chemical inhibitors. Here we use structural approaches to develop a model for the inhibition of a well-characterized S. cerevisiae dynein construct by pyrazolo-pyrimidinone-based compounds. These data, along with functional assays of dynein motility and mutagenesis studies, suggest that the compounds inhibit dynein by engaging the regulatory ATPase sites in the AAA3 and AAA4 domains, and not by interacting with dynein's main catalytic site in the AAA1 domain. A double Walker B mutation of the AAA3 and AAA4 sites substantially reduces enzyme activity, suggesting that targeting these regulatory domains is sufficient to inhibit dynein. Our findings reveal how chemical inhibitors can be designed to disrupt allosteric communication across dynein's AAA domains.
履歴
登録2021年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年11月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chimera protein of Dynein and Endolysin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)304,8901
ポリマ－304,8901
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.065, 157.917, 179.309
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Space group name HallP22ab(z,x,y)

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要素

#1: タンパク質 Chimera protein of Dynein and Endolysin /


分子量: 304889.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: DYN1, DHC1, YKR054C, e, T4Tp126 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): VY972 / 参照: UniProt: P36022, UniProt: D9IEF7

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.19 % / 解説: Flat and clear
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM Bis-Tris pH 6.9, 200 mM sodium acetate, 12% PEG 3350, and 10 mM TCEP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.92009 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月31日
放射モノクロメーター: horizontal bounce Si 111 double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92009 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.5→47.66 Å / Num. obs: 23226 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 183.01 Å2 / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 5.99
反射 シェル解像度: 4.5→4.77 Å / 冗長度: 6.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.13 / CC1/2: 0.484 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
Coot0.8.9.2モデル構築
XSCALE20180319データスケーリング
PDB_EXTRACTデータ抽出
XDS20180319データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4AI6

4ai6


解像度: 4.5→47.66 Å / SU ML: 0.9176 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.3123
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3197 1997 8.61 %Random
Rwork0.2757 21190 --
obs0.2795 23187 99.54 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 207.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.5→47.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21212 0 0 0 21212
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002721632
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.573829225
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03953313
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043697
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.39352821
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.5-4.620.43711340.36971424X-RAY DIFFRACTION95.47
4.62-4.740.33071390.33931474X-RAY DIFFRACTION100
4.74-4.880.36511410.36791500X-RAY DIFFRACTION100
4.88-5.040.38221410.34761490X-RAY DIFFRACTION100
5.04-5.220.37431420.34361516X-RAY DIFFRACTION100
5.22-5.430.37471410.33731491X-RAY DIFFRACTION100
5.43-5.670.36791420.33661511X-RAY DIFFRACTION100
5.67-5.970.36211430.34441515X-RAY DIFFRACTION100
5.97-6.340.39011420.35811509X-RAY DIFFRACTION100
6.34-6.830.3581440.32811520X-RAY DIFFRACTION100
6.83-7.520.34811450.29231536X-RAY DIFFRACTION100
7.52-8.60.31681430.24661531X-RAY DIFFRACTION100
8.6-10.810.23071480.18311555X-RAY DIFFRACTION99.82
10.82-47.660.28651520.22621618X-RAY DIFFRACTION98.33
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 45.6099861602 Å / Origin y: 52.0343880284 Å / Origin z: 29.0908856623 Å
111213212223313233
T1.49019985644 Å20.0535763362696 Å20.0825432394223 Å2-1.61029247889 Å20.172512408184 Å2--1.79177705312 Å2
L0.743167399298 °2-0.171533538266 °2-0.199200474746 °2-0.761019033694 °20.516708308953 °2--0.950102488402 °2
S0.0827105672919 Å °0.102989224065 Å °0.0707224066012 Å °-0.320943328927 Å °-0.0354869029444 Å °0.00193908771601 Å °-0.263059471329 Å °-0.229057331041 Å °-0.056745506107 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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