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- PDB-6y9x: Structure of the native full-length HIV-1 capsid protein in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y9x
タイトルStructure of the native full-length HIV-1 capsid protein in complex with Cyclophilin A from helical assembly (-13,7)
要素
  • Gag-Pol polyprotein
  • Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / HIV (ヒト免疫不全ウイルス) / capsid (カプシド) / hexamer (オリゴマー) / helical assembly / curvature (曲率)
機能・相同性
機能・相同性情報


host cellular component / Synthesis And Processing Of GAG, GAGPOL Polyproteins / host cell nuclear membrane / negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / negative regulation of viral life cycle / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / lipid droplet organization / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication ...host cellular component / Synthesis And Processing Of GAG, GAGPOL Polyproteins / host cell nuclear membrane / negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / negative regulation of viral life cycle / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / lipid droplet organization / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / leukocyte chemotaxis / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / endothelial cell activation / virion binding / Basigin interactions / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / cyclosporin A binding / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / Uncoating of the HIV Virion / 2-LTR circle formation / viral budding via host ESCRT complex / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / Calcineurin activates NFAT / viral release from host cell / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of viral genome replication / protein peptidyl-prolyl isomerization / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein dephosphorylation / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / activation of protein kinase B activity / 好中球 / negative regulation of protein phosphorylation / プロリルイソメラーゼ / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / positive regulation of protein secretion / Assembly Of The HIV Virion / negative regulation of protein kinase activity / HIV-1 retropepsin / : / retroviral ribonuclease H / Budding and maturation of HIV virion / exoribonuclease H / : / exoribonuclease H activity / neuron differentiation / 凝固・線溶系 / 血小板 / host multivesicular body / DNA integration / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA / viral penetration into host nucleus / establishment of integrated proviral latency / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / RNA-directed DNA polymerase activity / unfolded protein binding / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / integrin binding / フォールディング / Platelet degranulation / cellular response to oxidative stress / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / viral nucleocapsid / secretory granule lumen / DNA recombination / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / positive regulation of MAPK cascade / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNAポリメラーゼ / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / positive regulation of protein phosphorylation / symbiont entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host gene expression / focal adhesion / apoptotic process / lipid binding / host cell nucleus / Neutrophil degranulation / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / protein-containing complex / タンパク質分解 / DNA binding / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Gag protein p6 / Gag protein p6 / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / gag protein p24 N-terminal domain ...Gag protein p6 / Gag protein p6 / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / gag protein p24 N-terminal domain / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / リボヌクレアーゼH / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Ribonuclease H domain / RNase H type-1 domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / ジンクフィンガー / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Gag polyprotein / Gag-Pol polyprotein / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Ni, T. / Gerard, S. / Zhao, G. / Ning, J. / Zhang, P.
資金援助 英国, 米国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust206422/Z/17/Z 英国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P50AI150481 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2020
タイトル: Intrinsic curvature of the HIV-1 CA hexamer underlies capsid topology and interaction with cyclophilin A.
著者: Tao Ni / Samuel Gerard / Gongpu Zhao / Kyle Dent / Jiying Ning / Jing Zhou / Jiong Shi / Jordan Anderson-Daniels / Wen Li / Sooin Jang / Alan N Engelman / Christopher Aiken / Peijun Zhang /
要旨: The mature retrovirus capsid consists of a variably curved lattice of capsid protein (CA) hexamers and pentamers. High-resolution structures of the curved assembly, or in complex with host factors, ...The mature retrovirus capsid consists of a variably curved lattice of capsid protein (CA) hexamers and pentamers. High-resolution structures of the curved assembly, or in complex with host factors, have not been available. By devising cryo-EM methodologies for exceedingly flexible and pleomorphic assemblies, we have determined cryo-EM structures of apo-CA hexamers and in complex with cyclophilin A (CypA) at near-atomic resolutions. The CA hexamers are intrinsically curved, flexible and asymmetric, revealing the capsomere and not the previously touted dimer or trimer interfaces as the key contributor to capsid curvature. CypA recognizes specific geometries of the curved lattice, simultaneously interacting with three CA protomers from adjacent hexamers via two noncanonical interfaces, thus stabilizing the capsid. By determining multiple structures from various helical symmetries, we further revealed the essential plasticity of the CA molecule, which allows formation of continuously curved conical capsids and the mechanism of capsid pattern sensing by CypA.
履歴
登録2020年3月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22021年2月10日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-10740
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10740
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gag-Pol polyprotein
B: Gag-Pol polyprotein
C: Gag-Pol polyprotein
D: Gag-Pol polyprotein
G: Gag-Pol polyprotein
H: Gag-Pol polyprotein
J: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A
N: Gag-Pol polyprotein
Y: Gag-Pol polyprotein
d: Gag-Pol polyprotein
e: Gag-Pol polyprotein
j: Gag-Pol polyprotein
k: Gag-Pol polyprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)312,27813
ポリマ－312,27813
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area20840 Å2
ΔGint-120 kcal/mol
Surface area124460 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質
Gag-Pol polyprotein / Pr160Gag-Pol


分子量: 24531.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0C6F2, UniProt: P04591*PLUS, HIV-1 retropepsin, 逆転写酵素, DNAポリメラーゼ, retroviral ribonuclease H, exoribonuclease H, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; ...参照: UniProt: P0C6F2, UniProt: P04591*PLUS, HIV-1 retropepsin, 逆転写酵素, DNAポリメラーゼ, retroviral ribonuclease H, exoribonuclease H, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A / PPIase A / Cyclophilin A / Cyclosporin A-binding protein / Rotamase A


分子量: 17905.307 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPIA, CYPA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62937, プロリルイソメラーゼ

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: HELICAL ARRAY / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1In vitro assembled HIV-1 capsid in tubular assemblyCOMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2HIV-1 capsidCOMPLEX#11RECOMBINANT
3Cyclophilin APeptidylprolyl isomerase ACOMPLEX#21RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)11676
23Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Escherichia coli (大腸菌)562
23Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 8
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Purified capsid protein were assembled in the presence of Cyclophilin A.
試料支持グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 6500

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: dev_3699: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM画像取得
4RELION2.0; 3.0CTF補正
7Cootモデルフィッティング
8UCSF Chimeraモデルフィッティング
10RELION2.0; 3.0初期オイラー角割当
11RELION2.0; 3.0最終オイラー角割当
12RELION分類
13RELION2.0; 3.0３次元再構成
14PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 136330 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient
原子モデル構築
IDPDB-IDPDB chain-ID 3D fitting-ID
14XFX

4xfx

A1
21AK4

1ak4

1
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.01218824
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.06425567
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d20.4857127
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.1082848
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0063345

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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