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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6wcy | ||||||
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タイトル | N160D Deamidation Mutant of Human gammaD-Crystallin | ||||||
要素 | Gamma-crystallin D | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / deamidation (脱アミド) / lens / cataract (白内障) / protein modification (翻訳後修飾) / aging (老化) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 lens fiber cell differentiation / structural constituent of eye lens / lens development in camera-type eye / 視覚 / cellular response to reactive oxygen species / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.204 Å | ||||||
データ登録者 | Whitley, M.J. / Rathi, N. / Ambarian, M. / Gronenborn, A.M. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2021 タイトル: Assessing the Structures and Interactions of gamma D-Crystallin Deamidation Variants. 著者: Guseman, A.J. / Whitley, M.J. / Gonzalez, J.J. / Rathi, N. / Ambarian, M. / Gronenborn, A.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6wcy.cif.gz | 247.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6wcy.ent.gz | 180.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6wcy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/6wcy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/6wcy | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20635.955 Da / 分子数: 2 / 変異: N161D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRYGD, CRYG4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P07320 #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.41 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M succinic acid (pH 7.0), 15% w/v PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.204→34.59 Å / Num. obs: 85435 / % possible obs: 90.94 % / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 17.25 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rpim(I) all: 0.015 / Rrim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 22.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.204→1.247 Å / Rmerge(I) obs: 1.185 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 4861 / CC1/2: 0.45 / % possible all: 52.45 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1HK0 解像度: 1.204→34.59 Å / SU ML: 0.122 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.5691
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.77 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.204→34.59 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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