PDB-6s5n: Non-square conformations of KtrA E125Q mutant rings with bound ATP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6s5n

タイトル

Non-square conformations of KtrA E125Q mutant rings with bound ATP

要素

Ktr system potassium uptake protein A

キーワード

TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / RCK domain / potassium homeostasis /

cation channel (イオンチャネル) / non-square conformation octameric ring /

atp (アデノシン三リン酸)

機能・相同性

機能・相同性情報

monoatomic cation transmembrane transporter activity / potassium ion transport / identical protein binding /

細胞膜
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 4.09 Å

データ登録者

Teixeira-Duarte, C.M. / Fonseca, F. / Morais-Cabral, J.H.

資金援助

ポルトガル, 2件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Activation of a nucleotide-dependent RCK domain requires binding of a cation cofactor to a conserved site.
著者: Teixeira-Duarte, C.M. / Fonseca, F. / Morais Cabral, J.H.

履歴

登録	2019年7月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年1月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6s5n.cif.gz	662.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6s5n.ent.gz	558.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6s5n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/6s5n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/6s5n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6s2jC 6s5bC 6s5cC 6s5dC 6s5eC 6s5gC 6s5oC 6s7rC 4j90S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6s7r-2 6s5o-1 4ofo-d 3ita-d 3thw-d 4n7r-d 1fe8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Ktr system potassium uptake protein A

B: Ktr system potassium uptake protein A

C: Ktr system potassium uptake protein A

D: Ktr system potassium uptake protein A

E: Ktr system potassium uptake protein A

F: Ktr system potassium uptake protein A

G: Ktr system potassium uptake protein A

H: Ktr system potassium uptake protein A

ヘテロ分子

203 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Ktr system potassium uptake protein A

B: Ktr system potassium uptake protein A

ヘテロ分子

A: Ktr system potassium uptake protein A

B: Ktr system potassium uptake protein A

ヘテロ分子

G: Ktr system potassium uptake protein A

H: Ktr system potassium uptake protein A

ヘテロ分子

G: Ktr system potassium uptake protein A

H: Ktr system potassium uptake protein A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
203 kDa, 8 ポリマー
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2

C: Ktr system potassium uptake protein A

D: Ktr system potassium uptake protein A

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ヘテロ分子

C: Ktr system potassium uptake protein A

D: Ktr system potassium uptake protein A

E: Ktr system potassium uptake protein A

F: Ktr system potassium uptake protein A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
203 kDa, 8 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	109.111, 156.535, 286.348
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain G
2	1	chain H
3	1	chain A
4	1	chain B
5	1	chain C
6	1	chain D
7	1	chain E
8	1	chain F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN

Dom-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	ASN	ASN	chain G	G	G	6 - 140	6 - 140
2	ASN	ASN	chain H	H	H	6 - 140	6 - 140
3	MET	MET	chain A	A	A	6 - 222	6 - 222
4	MET	MET	chain B	B	B	6 - 222	6 - 222
5	MET	MET	chain C	C	C	6 - 222	6 - 222
6	MET	MET	chain D	D	D	6 - 222	6 - 222
7	MET	MET	chain E	E	E	6 - 222	6 - 222
8	MET	MET	chain F	F	F	6 - 222	6 - 222

#1: タンパク質	Ktr system potassium uptake protein A / K(+)-uptake protein KtrA 分子量: 24915.775 Da / 分子数: 8 / 変異: E125Q / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) 株: 168 / 遺伝子: ktrA, yuaA, BSU31090 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O32080
#2: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / アデノシン三リン酸分子量: 507.181 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.9 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 100mM MES pH 6.5, 6% PEG 4000, 20% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 4.09→48.24 Å / Num. obs: 19704 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.127 / R_pim(I) all: 0.053 / R_rim(I) all: 0.137 / Net I/σ(I): 9.5
反射シェル	解像度: 4.09→4.48 Å / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 1.135 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 4578 / CC_1/2: 0.835 / R_pim(I) all: 0.467 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4j90

4j90

解像度: 4.09→48.24 Å / SU ML: 0.89 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.04 / 位相誤差: 41.22

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3199	3789	10.22 %
R_work	0.2791	-	-
obs	0.2833	19704	99.31 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 335.88 Å² / B_iso min: 59.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 4.09→48.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12346	0	248	0	12594
B_iso mean	-	-	178.97	-	-
残基数	-	-	-	-	1571

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	12800
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.804	17350
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.032	2000
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2174
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.685	4768

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	G	7658	X-RAY DIFFRACTION	3.482	TORSIONAL
1	2	H	7658	X-RAY DIFFRACTION	3.482	TORSIONAL
1	3	A	7658	X-RAY DIFFRACTION	3.482	TORSIONAL
1	4	B	7658	X-RAY DIFFRACTION	3.482	TORSIONAL
1	5	C	7658	X-RAY DIFFRACTION	3.482	TORSIONAL
1	6	D	7658	X-RAY DIFFRACTION	3.482	TORSIONAL
1	7	E	7658	X-RAY DIFFRACTION	3.482	TORSIONAL
1	8	F	7658	X-RAY DIFFRACTION	3.482	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
4.09-4.1456	0.6194	113	0.4177	1150	89
4.1456-4.2001	0.4408	131	0.4086	1215	100
4.2001-4.2576	0.4267	143	0.355	1219	100
4.2576-4.3184	0.4167	146	0.358	1276	100
4.3184-4.3828	0.3347	135	0.3585	1225	100
4.3828-4.4513	0.3588	132	0.3557	1215	100
4.4513-4.5242	0.4119	138	0.3439	1292	99
4.5242-4.6021	0.3871	110	0.3377	1215	99
4.6021-4.6857	0.3593	142	0.3419	1210	99
4.6857-4.7758	0.3159	154	0.3233	1318	100
4.7758-4.8732	0.4022	130	0.3479	1189	100
4.8732-4.979	0.4229	129	0.3553	1269	100
4.979-5.0947	0.4058	174	0.3603	1166	100
5.0947-5.222	0.4551	146	0.3446	1249	100
5.222-5.363	0.4195	147	0.3289	1245	100
5.363-5.5206	0.4152	148	0.3167	1214	100
5.5206-5.6985	0.3909	188	0.3353	1206	100
5.6985-5.9019	0.4451	163	0.349	1215	100
5.9019-6.1377	0.3842	132	0.3306	1243	100
6.1377-6.4165	0.332	133	0.3232	1266	100
6.4165-6.7539	0.4338	144	0.3051	1240	100
6.7539-7.1758	0.3593	131	0.285	1238	100
7.1758-7.7277	0.3011	124	0.2693	1242	100
7.7277-8.5016	0.2713	134	0.2163	1255	100
8.5016-9.7231	0.1974	151	0.1833	1228	100
9.7231-12.217	0.1793	175	0.1879	1211	99
12.217-48.24	0.3378	96	0.2509	1273	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.608	-0.3942	1.6106	6.9014	2.4252	2.0118	0.5021	-0.0657	-0.6155	0.0431	0.537	-0.6713	0.5056	1.2664	-0.4219	1.5521	-0.532	-1.0774	1.6535	-0.0033	0.1609	19.6917	1.4328	-29.7795
2	3.8854	0.7594	-4.6824	2.0667	-0.8298	9.6138	-0.7441	-0.0644	-0.2018	1.1811	-1.065	-0.1619	0.6979	-0.3975	0.9526	1.7803	-0.8708	0.1704	0.8886	-1.2129	1.7201	22.0885	0.4578	-21.986
3	3.2737	-0.7972	-1.0534	5.476	2.2842	2.5456	-1.0402	-0.8984	-0.5905	0.8881	1.5839	-2.1743	-0.098	0.5066	-0.2685	2.0754	-0.0694	-0.7546	0.8392	0.1069	1.1713	21.0259	8.6544	-21.4148
4	1.8417	-1.8157	0.8227	5.0641	2.9316	4.6271	-0.288	0.3939	-0.2169	-0.5793	0.5949	-0.3644	0.2087	-0.1121	0.0492	2.5122	-0.0398	-0.0939	0.199	-0.2167	0.9551	11.6302	14.3149	-24.1098
5	2.2282	-1.6142	-0.1407	7.7417	0.4677	0.0415	0.5728	0.4118	-0.8961	1.0991	0.5508	0.035	-0.1891	-0.7565	-0.8353	2.3904	0.0331	-0.2528	2.24	-0.2419	0.4476	3.4046	13.7815	-28.5274
6	1.6125	-2.3681	-1.9389	4.8718	0.0548	7.8572	0.8709	-0.2924	-0.311	0.1767	-0.3406	0.6611	0.7345	-0.9726	-0.1853	2.8399	-0.912	-0.7191	2.9624	2.5691	-0.4783	-1.4225	-4.1573	-36.502
7	7.4627	0.9294	-1.059	1.9876	6.0607	2.029	0.3976	0.5519	1.4089	0.4729	-0.3082	0.8563	-1.2264	-0.5788	-0.221	2.5713	-0.1656	-0.4559	1.0133	0.1932	1.2474	-0.4206	-5.0609	-49.3506
8	6.7302	1.6157	-1.2845	9.6425	-1.7078	5.697	0.3434	-0.0435	-0.6595	-0.1846	-2.5588	-1.3001	0.3499	-0.491	1.1478	2.2898	-0.6405	-0.4804	1.4093	-0.0026	0.8618	3.0469	-14.9746	-60.1585
9	1.8482	-1.3973	2.9963	1.4523	-1.7127	5.5869	0.0379	0.2021	-0.2549	-0.7253	-0.4041	-0.0168	0.6774	-0.9113	0.0781	2.8992	-0.6861	-0.5306	2.2824	0.9396	1.6206	7.2117	-18.3524	-60.543
10	2.021	4.8046	-2.3986	9.9315	-1.6544	4.878	0.5151	-0.3929	0.8869	0.023	0.1726	0.3001	0.4727	-0.0698	-0.3898	2.1765	-1.2233	-0.2249	1.3935	0.3992	1.3904	-4.5752	-8.5112	-55.7409
11	2.8386	-1.7991	0.9616	2.5557	-0.9489	2.4917	0.3598	-0.933	0.6079	0.4146	0.3645	2.0875	0.7863	-1.9992	-0.5966	1.4902	-0.9782	0.1973	1.7691	0.0635	1.6447	-10.5526	-11.3737	-27.6339
12	1.9813	2.0412	-1.604	2.1976	-1.7064	3.48	0.6622	0.008	-0.0071	-0.2113	0.113	-0.2227	1.5218	0.651	-0.5857	1.5208	-0.4659	-0.0941	1.2556	0.5925	0.9151	12.5731	1.6134	-48.5219
13	1.9786	-2.8041	3.2564	6.1614	-5.637	5.248	-1.4143	-0.8308	-0.8866	0.6529	-0.6247	-1.2473	0.277	-0.522	1.3341	0.8492	0.0562	-0.2641	2.3785	-0.3277	1.6376	-48.9116	23.4756	-47.9324
14	1.245	-2.5719	-1.0234	7.0587	1.4825	0.9164	0.0602	-1.913	1.1266	1.2146	-0.0194	0.2043	0.157	-0.3945	-0.0866	1.8518	-0.2794	-0.1601	1.8687	-0.4641	1.7023	-53.9328	17.0979	-49.3108
15	0.3847	0.8624	-0.0396	3.1948	2.7684	7.3675	-1.3732	0.8438	-0.1147	-0.8348	-0.8374	0.4253	0.2231	-1.7072	1.3407	1.6715	-0.7343	0.1026	2.631	0.0912	1.8729	-59.7141	18.8558	-53.5217
16	7.5156	0.7118	0.0274	5.3996	2.2012	9.9064	-0.5354	0.4206	0.3818	-0.0533	0.3401	2.2561	0.6137	-0.6226	0.1196	0.8958	1.1303	-1.016	1.2769	-0.4019	1.8401	-55.1886	27.0893	-55.9562
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精密化 TLSグループ

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36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'F' and (resid 82 through 123 )	F	82 - 123
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'F' and (resid 124 through 157 )	F	124 - 157
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'F' and (resid 158 through 191 )	F	158 - 191
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'F' and (resid 192 through 203 )	F	192 - 203
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'F' and (resid 204 through 222 )	F	204 - 222
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'G' and (resid 6 through 27 )	G	6 - 27
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'G' and (resid 28 through 54 )	G	28 - 54
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'G' and (resid 55 through 106 )	G	55 - 106
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'G' and (resid 107 through 119 )	G	107 - 119
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'G' and (resid 120 through 140 )	G	120 - 140
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'H' and (resid 6 through 27 )	H	6 - 27
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'H' and (resid 28 through 66 )	H	28 - 66
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'H' and (resid 67 through 94 )	H	67 - 94
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'H' and (resid 95 through 123 )	H	95 - 123
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'H' and (resid 124 through 140 )	H	124 - 140

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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