+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6c56 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of mutant human geranylgeranyl pyrophosphate synthase (Y246D) in its Apo form | ||||||
要素 | Geranylgeranyl pyrophosphate synthase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / ISOPRENOID PATHWAY (メバロン酸経路) / ISOPENTENYL TRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 isoprenoid metabolic process / geranylgeranyl diphosphate biosynthetic process / geranylgeranyl diphosphate synthase / farnesyltranstransferase activity / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / geranyl diphosphate biosynthetic process / ジメチルアリルtransトランスフェラーゼ / farnesyl diphosphate biosynthetic process / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase / geranyltranstransferase activity ...isoprenoid metabolic process / geranylgeranyl diphosphate biosynthetic process / geranylgeranyl diphosphate synthase / farnesyltranstransferase activity / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / geranyl diphosphate biosynthetic process / ジメチルアリルtransトランスフェラーゼ / farnesyl diphosphate biosynthetic process / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase / geranyltranstransferase activity / prenyltransferase activity / dimethylallyltranstransferase activity / Cholesterol biosynthesis / isoprenoid biosynthetic process / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / Z disc / perinuclear region of cytoplasm / 核質 / identical protein binding / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Park, J. / Ta, V. / Tsantrizos, Y.S. / Berghuis, A.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018 タイトル: Unraveling the Prenylation-Cancer Paradox in Multiple Myeloma with Novel Geranylgeranyl Pyrophosphate Synthase (GGPPS) Inhibitors. 著者: Lacbay, C.M. / Waller, D.D. / Park, J. / Gomez Palou, M. / Vincent, F. / Huang, X.F. / Ta, V. / Berghuis, A.M. / Sebag, M. / Tsantrizos, Y.S. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6c56.cif.gz | 238 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6c56.ent.gz | 192.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6c56.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/6c56 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/6c56 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37426.488 Da / 分子数: 2 / 変異: Y246D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GGPS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O95749, 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; -, ジメチルアリルtransトランスフェラーゼ, geranylgeranyl diphosphate ...参照: UniProt: O95749, 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; -, ジメチルアリルtransトランスフェラーゼ, geranylgeranyl diphosphate synthase, (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase #2: 化合物 | ChemComp-VT0 / {[( | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.68 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.26 M ammonium phosphate, 35% glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97949 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→54.39 Å / Num. obs: 24791 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rpim(I) all: 0.014 / Net I/σ(I): 36.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.88 Å / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 1.129 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1791 / Rpim(I) all: 0.397 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2Q80 解像度: 2.8→54.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 27.312 / SU ML: 0.247 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.452 / ESU R Free: 0.293 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 100.055 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.8→54.39 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|