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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5vvv | ||||||
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タイトル | Structural Investigations of the Substrate Specificity of Human O-GlcNAcase | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / OGA / Human O-GlcNAcase (O-GlcNAcアーゼ) / a-crystalline B | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 microtubule polymerization or depolymerization / negative regulation of intracellular transport / glycoprotein metabolic process / hyalurononglucosaminidase activity / N-acetylglucosamine metabolic process / apoptotic process involved in morphogenesis / glycoprotein catabolic process / O-GlcNAcアーゼ / : / : ...microtubule polymerization or depolymerization / negative regulation of intracellular transport / glycoprotein metabolic process / hyalurononglucosaminidase activity / N-acetylglucosamine metabolic process / apoptotic process involved in morphogenesis / glycoprotein catabolic process / O-GlcNAcアーゼ / : / : / [protein]-3-O-(N-acetyl-D-glucosaminyl)-L-serine/L-threonine O-N-acetyl-alpha-D-glucosaminase activity / cardiac myofibril / regulation of programmed cell death / tubulin complex assembly / structural constituent of eye lens / protein O-linked glycosylation / protein deglycosylation / negative regulation of amyloid fibril formation / M band / lens development in camera-type eye / muscle organ development / actin filament bundle / HSF1-dependent transactivation / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / negative regulation of protein-containing complex assembly / stress-activated MAPK cascade / muscle contraction / synaptic membrane / beta-N-acetylglucosaminidase activity / response to hydrogen peroxide / cellular response to gamma radiation / negative regulation of cell growth / Z disc / unfolded protein binding / フォールディング / response to estradiol / amyloid-beta binding / response to heat / perikaryon / protein refolding / microtubule binding / 樹状突起スパイン / リソソーム / response to hypoxia / protein stabilization / 神経繊維 / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / structural molecule activity / 細胞膜 / protein homodimerization activity / protein-containing complex / ミトコンドリア / extracellular exosome / 核質 / 生体膜 / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Li, B. / Jiang, J. / Li, H. / Hu, C.-W. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017 タイトル: Structural insights into the substrate binding adaptability and specificity of human O-GlcNAcase. 著者: Li, B. / Li, H. / Hu, C.W. / Jiang, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5vvv.cif.gz | 188.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5vvv.ent.gz | 146.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5vvv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vv/5vvv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vv/5vvv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 0 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 59 - 694 / Label seq-ID: 1 - 494
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 57822.582 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 60-400, 553-704 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MGEA5, HEXC, KIAA0679, MEA5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O60502, O-GlcNAcアーゼ, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1516.716 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02511*PLUS #3: 糖 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.4 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 詳細: 0.024 M ammonium citrate tribasic (pH 7.0), 0.015 M MES monohydrate, 0.096 M potassium thiocyanate, 0.25 M Sodium acetate trihydrate, 0.037 M imidazole, 0.002 M zinc sulfate heptahydrate, 9.6 ...詳細: 0.024 M ammonium citrate tribasic (pH 7.0), 0.015 M MES monohydrate, 0.096 M potassium thiocyanate, 0.25 M Sodium acetate trihydrate, 0.037 M imidazole, 0.002 M zinc sulfate heptahydrate, 9.6 % w/v polyethylene glycol 3,350, 2.4 % w/v polyethylene glycol monomethyl ether 2,000, and 4% w/v polyethylene glycol monomethyl ether 550 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.978 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 31917 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.6 % / Rpim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 1.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 5.5 % / Num. unique obs: 1705 / CC1/2: 0.58 / Rpim(I) all: 0.341 / % possible all: 98.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5UN8 解像度: 2.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 16.196 / SU ML: 0.306 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.984 / ESU R Free: 0.352
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 74.527 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.8→50 Å
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拘束条件 |
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