PDB-4mbz: Structure of B-Lymphotropic Polyomavirus VP1 in complex with 3'-s...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4mbz

タイトル

Structure of B-Lymphotropic Polyomavirus VP1 in complex with 3'-sialyllactosamine

要素

Major Capsid Protein VP1

キーワード

VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / jelly roll /

Polyomavirus (ポリオーマウイルス科) / viral capsid (structural) protein / DNA encapsidation /

receptor binding (受容体) / Sialylated oligosaccharides

機能・相同性

機能・相同性情報

T=7 icosahedral viral capsid / endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能

生物種

B-lymphotropic polyomavirus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Khan, Z.M. / Neu, U. / Stehle, T.

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2013
タイトル: Structures of B-Lymphotropic Polyomavirus VP1 in Complex with Oligosaccharide Ligands.
著者: Neu, U. / Khan, Z.M. / Schuch, B. / Palma, A.S. / Liu, Y. / Pawlita, M. / Feizi, T. / Stehle, T.

履歴

登録	2013年8月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年1月22日	Group: Source and taxonomy
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.2	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4mbz.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4mbz.ent.gz	930.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4mbz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mb/4mbz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mb/4mbz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4mbxC 4mbyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4pot-2 4mby-2 3bwq-d 4por-1 4pos-1 4poq-1 1cn3-d 4mbx-2 4mby-1 4por-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (4) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (5) #70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#47 - 2003年11月
シミアンウイルス40 (Simian Virus 40)
類似性 (4)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)
#200 - 2016年8月
正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses)
類似性 (5)
#70 - 2005年10月
人工設計タンパク質 (Designer Proteins)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Major Capsid Protein VP1

B: Major Capsid Protein VP1

C: Major Capsid Protein VP1

D: Major Capsid Protein VP1

E: Major Capsid Protein VP1

F: Major Capsid Protein VP1

G: Major Capsid Protein VP1

H: Major Capsid Protein VP1

I: Major Capsid Protein VP1

J: Major Capsid Protein VP1

ヘテロ分子

308 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Major Capsid Protein VP1

B: Major Capsid Protein VP1

C: Major Capsid Protein VP1

D: Major Capsid Protein VP1

E: Major Capsid Protein VP1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
154 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

F: Major Capsid Protein VP1

G: Major Capsid Protein VP1

H: Major Capsid Protein VP1

I: Major Capsid Protein VP1

J: Major Capsid Protein VP1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
153 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	150.160, 97.240, 234.220
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.21, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	H-734- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(0.458008, -0.842586, 0.283333), (0.841235, 0.307804, -0.4445), (0.287319, 0.441934, 0.849789)	0.64752, -0.77236, -0.44001
3	given	(-0.420352, -0.520314, 0.743356), (0.515233, -0.811233, -0.276471), (0.746886, 0.266787, 0.609087)	1.80245, -0.09405, -1.11699
4	given	(-0.422152, 0.519125, 0.743167), (-0.520033, -0.810173, 0.270529), (0.742532, -0.272267, 0.611978)	1.89887, 0.70604, -1.03236
5	given	(0.455367, 0.8434, 0.285162), (-0.844004, 0.306998, 0.439784), (0.283369, -0.440941, 0.85163)	0.69948, 1.1757, -0.39425
6	given	(-0.976026, -0.215882, -0.027703), (-0.217606, 0.970493, 0.103882), (0.00446, 0.10742, -0.994204)	64.63855, 0.58054, 115.29227
7	given	(-0.262017, -0.885543, -0.383615), (-0.892355, 0.070946, 0.445723), (-0.367491, 0.459108, -0.808808)	62.46306, 2.71581, 116.4434
8	given	(0.531414, -0.33182, -0.77942), (-0.332619, -0.927929, 0.168262), (-0.779079, 0.169833, -0.603484)	60.02583, 1.07214, 117.81561
9	given	(0.301001, 0.676659, -0.671961), (0.685762, -0.643238, -0.340552), (-0.662669, -0.358299, -0.657641)	60.71618, -2.16964, 117.42177
10	given	(-0.627953, 0.750147, -0.207254), (0.757858, 0.528852, -0.382055), (-0.176991, -0.396982, -0.9006)	63.52234, -2.42995, 115.84044

-
タンパク質 , 1種, 10分子 ABCDEFGHIJ

#1: タンパク質	Major Capsid Protein VP1 / 分子量: 30125.059 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) B-lymphotropic polyomavirus (ウイルス) 遺伝子: VP1 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P04010*PLUS

-
糖 , 2種, 7分子

#2: 多糖

N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖 / 分子量: 471.411 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2/a3-b2	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / 3'-sialyl-N-acetyllactosamine

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖, Oligosaccharide

オリゴ糖
クラス: 基質類似体

/ 分子量: 674.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 3'-sialyl-N-acetyllactosamine

記述子	タイプ	プログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5_2NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5NCC/3=O]/1-2-3/a4-b1_b3-c2	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 5種, 2953分子

#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 化合物	ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル / 2-プロパノール分子量: 60.095 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O / コメント: alkaloid*YM
#8: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 2900 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.41 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 詳細: 12% (v/v) Isopropanol, 0.2 M calcium chloride, 0.1 M sodium acetate, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月13日
放射	モノクロメーター: DCCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→50 Å / Num. all: 336648 / Num. obs: 333435 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / B_iso Wilson estimate: 27.3 Å² / Net I/σ(I): 14.6
反射シェル	解像度: 1.75→1.8 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 24809 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
RemDAq		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.8.0025	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: LPyV Native structure

解像度: 1.75→48.75 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 4.533 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.097 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19485	16696	5 %	RANDOM
R_work	0.16473	-	-	-
all	0.16625	336647	-	-
obs	0.16625	316738	99.04 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.229 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.21 Å²	0 Å²	-0.12 Å²
2-	-	0.45 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→48.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20872	0	390	2900	24162

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.02	22254
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.299	1.988	30411
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.818	5	2903
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.621	25.426	892
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.977	15	3625
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.656	15	72
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	3501
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	16756
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.314	2.757	11173
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.035	3.851	13995
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.43	3.522	11079
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.583	11.118	37349
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.279	1110	-
R_work	0.247	23156	-
obs	-	-	97.99 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7884	3.5115	4.4975	4.4582	5.704	23.5332	0.0635	-0.0615	0.1135	-0.019	-0.0704	0.1904	-0.2148	-1.0217	0.0069	0.1972	0.0616	-0.0809	0.2552	0.0319	0.1583	43.2775	25.8619	53.3415
2	18.1678	0.7018	21.8904	0.5447	-1.1132	34.6705	-0.3905	0.6421	0.0895	-0.1537	0.0755	-0.0851	-0.2214	0.2756	0.315	0.1613	0.0443	0.0043	0.1692	0.0468	0.2039	34.1942	29.6092	73.4716
3	1.2077	-0.0372	0.418	0.1897	0.0949	0.6359	-0.0501	-0.0707	0.1264	0.0571	-0.0114	0.024	-0.1069	-0.0234	0.0615	0.0556	-0.0047	-0.0025	0.0763	-0.011	0.026	40.6201	23.3314	96.3263
4	0.932	0.9073	1.2587	4.6104	-0.0217	2.1907	-0.0229	-0.1684	0.171	0.2464	-0.0293	0.4707	-0.1359	-0.2578	0.0522	0.0433	0.0239	0.0467	0.1548	-0.0415	0.1165	26.5036	17.0463	109.9912
5	0.7658	-0.1297	0.3198	0.3572	-0.2006	1.1441	-0.005	0.0148	0.0311	0.0025	-0.017	0.0595	-0.0138	-0.069	0.0219	0.0164	-0.0022	-0.0056	0.0578	-0.0124	0.0182	34.8457	19.7792	90.7307
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47	1.5152	-0.0046	0.847	1.3779	-0.4996	1.3424	-0.1236	0.1575	0.033	-0.3085	0.045	-0.2292	-0.2577	0.2178	0.0786	0.2656	-0.0169	0.0444	0.1909	-0.0021	0.0537	39.5274	4.0229	8.7424
48	7.7626	-5.72	-0.0334	18.4263	-8.0789	8.5697	-0.1658	0.4234	0.1971	-0.607	-0.4427	-2.0263	0.7133	1.112	0.6085	0.3069	-0.0225	0.0126	0.4717	-0.02	0.4368	65.5918	-0.2872	30.9386
49	0.4648	-0.022	0.1151	0.7196	0.0471	0.5853	-0.0321	0.0868	-0.0065	-0.1423	-0.0108	-0.0719	-0.0451	0.0781	0.0429	0.1855	0.0055	-0.0054	0.1536	0.0022	0.0139	35.4407	-0.4628	15.1626
50	8.1626	-3.9689	6.3535	4.0342	-4.9734	7.2245	0.125	0.2104	-0.2996	-0.0621	-0.1421	-0.1777	0.1512	0.3056	0.0171	0.1314	-0.0212	-0.0235	0.1716	-0.0061	0.0766	53.7217	0.1246	32.7272

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	26 - 38
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	39 - 47
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	48 - 163
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	164 - 195
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	196 - 302
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	26 - 37
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	39 - 95
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	96 - 146
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	147 - 295
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	296 - 301
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	26 - 37
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	38 - 95
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	96 - 146
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	147 - 248
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	249 - 300
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	27 - 38
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	39 - 100
18	X-RAY DIFFRACTION	18	D	101 - 108
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	109 - 268
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	269 - 300
21	X-RAY DIFFRACTION	21	E	26 - 38
22	X-RAY DIFFRACTION	22	E	39 - 74
23	X-RAY DIFFRACTION	23	E	75 - 156
24	X-RAY DIFFRACTION	24	E	157 - 294
25	X-RAY DIFFRACTION	25	E	295 - 302
26	X-RAY DIFFRACTION	26	F	26 - 38
27	X-RAY DIFFRACTION	27	F	39 - 74
28	X-RAY DIFFRACTION	28	F	75 - 119
29	X-RAY DIFFRACTION	29	F	120 - 269
30	X-RAY DIFFRACTION	30	F	270 - 299
31	X-RAY DIFFRACTION	31	G	26 - 37
32	X-RAY DIFFRACTION	32	G	38 - 74
33	X-RAY DIFFRACTION	33	G	75 - 97
34	X-RAY DIFFRACTION	34	G	98 - 109
35	X-RAY DIFFRACTION	35	G	110 - 298
36	X-RAY DIFFRACTION	36	H	26 - 37
37	X-RAY DIFFRACTION	37	H	38 - 77
38	X-RAY DIFFRACTION	38	H	78 - 111
39	X-RAY DIFFRACTION	39	H	112 - 181
40	X-RAY DIFFRACTION	40	H	182 - 298
41	X-RAY DIFFRACTION	41	I	26 - 38
42	X-RAY DIFFRACTION	42	I	39 - 74
43	X-RAY DIFFRACTION	43	I	75 - 109
44	X-RAY DIFFRACTION	44	I	110 - 248
45	X-RAY DIFFRACTION	45	I	249 - 300
46	X-RAY DIFFRACTION	46	J	26 - 37
47	X-RAY DIFFRACTION	47	J	38 - 95
48	X-RAY DIFFRACTION	48	J	96 - 106
49	X-RAY DIFFRACTION	49	J	107 - 286
50	X-RAY DIFFRACTION	50	J	287 - 301

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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