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Yorodumi- PDB-3to3: Crystal Structure of Petrobactin Biosynthesis Protein AsbB from B... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3to3 | ||||||
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Title | Crystal Structure of Petrobactin Biosynthesis Protein AsbB from Bacillus anthracis str. Sterne | ||||||
Components | Petrobactin biosynthesis protein AsbB | ||||||
Keywords | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / alpha-beta structure / adenylation / cytosol | ||||||
Function / homology | Function and homology information Ligases; Forming carbon-nitrogen bonds; Acid-amino-acid ligases (peptide synthases) / siderophore biosynthetic process / ligase activity / catalytic activity / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bacillus anthracis (anthrax bacterium) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.382 Å | ||||||
Authors | Kim, Y. / Eschenfeldt, W. / Stols, L. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2012 Title: Functional and Structural Analysis of the Siderophore Synthetase AsbB through Reconstitution of the Petrobactin Biosynthetic Pathway from Bacillus anthracis. Authors: Nusca, T.D. / Kim, Y. / Maltseva, N. / Lee, J.Y. / Eschenfeldt, W. / Stols, L. / Schofield, M.M. / Scaglione, J.B. / Dixon, S.D. / Oves-Costales, D. / Challis, G.L. / Hanna, P.C. / Pfleger, ...Authors: Nusca, T.D. / Kim, Y. / Maltseva, N. / Lee, J.Y. / Eschenfeldt, W. / Stols, L. / Schofield, M.M. / Scaglione, J.B. / Dixon, S.D. / Oves-Costales, D. / Challis, G.L. / Hanna, P.C. / Pfleger, B.F. / Joachimiak, A. / Sherman, D.H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3to3.cif.gz | 520 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3to3.ent.gz | 442.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3to3.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/to/3to3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/to/3to3 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Details | as in the asymmetric unit |
-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 73499.703 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus anthracis (anthrax bacterium) / Strain: Sterne / Gene: asbB, BA_1982, GBAA_1982 / Plasmid: pMCSG28 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 magic / References: UniProt: Q81RQ8 |
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-Non-polymers , 5 types, 331 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-ATP / | #5: Chemical | ChemComp-MG / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.66 Å3/Da / Density % sol: 53.8 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 0.2 M L-Proline, 0.1 M HEPES pH 7.5, 10 % PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97931 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Feb 2, 2009 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97931 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.382→50 Å / Num. all: 62971 / Num. obs: 62971 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 50.83 Å2 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 10.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.44 Å / Redundancy: 6.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 3081 / Rsym value: 0.631 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.382→49.627 Å / SU ML: 0.66 / Isotropic thermal model: mixed / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Phase error: 23.31 / Stereochemistry target values: MLHL
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.98 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.108 Å2 / ksol: 0.301 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 59.8 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.382→49.627 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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