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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2f7m | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Unliganded Human FPPS | ||||||
要素 | Farnesyl Diphosphate Synthase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / ISOPRENE BIOSYNTHESIS / CHOLESTEROL BIOSYNTHESIS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 geranyl diphosphate biosynthetic process / ジメチルアリルtransトランスフェラーゼ / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase / Cholesterol biosynthesis / farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / geranyltranstransferase activity / cholesterol biosynthetic process / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / RNA binding ...geranyl diphosphate biosynthetic process / ジメチルアリルtransトランスフェラーゼ / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase / Cholesterol biosynthesis / farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / geranyltranstransferase activity / cholesterol biosynthetic process / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / RNA binding / 核質 / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Rondeau, J.-M. / Bitsch, F. / Bourgier, E. / Geiser, M. / Hemmig, R. / Kroemer, M. / Lehmann, S. / Ramage, P. / Rieffel, S. / Strauss, A. ...Rondeau, J.-M. / Bitsch, F. / Bourgier, E. / Geiser, M. / Hemmig, R. / Kroemer, M. / Lehmann, S. / Ramage, P. / Rieffel, S. / Strauss, A. / Green, J.R. / Jahnke, W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2006 タイトル: Structural basis for the exceptional in vivo efficacy of bisphosphonate drugs. 著者: Rondeau, J.M. / Bitsch, F. / Bourgier, E. / Geiser, M. / Hemmig, R. / Kroemer, M. / Lehmann, S. / Ramage, P. / Rieffel, S. / Strauss, A. / Green, J.R. / Jahnke, W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2f7m.cif.gz | 83.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2f7m.ent.gz | 62 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2f7m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/2f7m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/2f7m | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS A HOMODIMER |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40183.855 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 6-353 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Includes: Dimethylallyltranstransferase; Geranyltranstransferase 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FDPS, FPS, KIAA1293 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 TUNER(DE3) 参照: UniProt: P14324, ジメチルアリルtransトランスフェラーゼ, (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase |
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#2: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.22 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.7 詳細: 1.2M sodium potassium phosphate, 25% glycerol, pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 96 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.97933 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月15日 |
放射 | モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→41.7 Å / Num. all: 21904 / Num. obs: 21795 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.3 % / Biso Wilson estimate: 49.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 23.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.37 Å / 冗長度: 14.4 % / Rmerge(I) obs: 0.325 / Mean I/σ(I) obs: 8.17 / Num. unique all: 1851 / Num. unique obs: 1795 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1FPS 解像度: 2.3→41.69 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 2643815.75 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 56.656 Å2 / ksol: 0.388 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 64 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→41.69 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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