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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1v4i | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Octaprenyl Pyrophosphate Synthase from Hyperthermophilic Thermotoga maritima F132A mutant | ||||||
要素 | octoprenyl-diphosphate synthase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / trans-type prenyltransferase / thermophilic (好熱菌) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Guo, R.T. / Kuo, C.J. / Chou, C.C. / Ko, T.P. / Shr, H.L. / Liang, P.H. / Wang, A.H.-J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004 タイトル: Crystal Structure of Octaprenyl Pyrophosphate Synthase from Hyperthermophilic Thermotoga maritima and Mechanism of Product Chain Length Determination 著者: Guo, R.T. / Kuo, C.J. / Chou, C.C. / Ko, T.P. / Shr, H.L. / Liang, P.H. / Wang, A.H.-J. #1: ジャーナル: To be Published タイトル: Preliminary X-ray diffraction analysis of octaprenyl pyrophosphate synthase crystals from Thermotoga maritima and Escherichia coli 著者: Guo, R.T. / Ko, T.P. / Chou, C.C. / Shr, H.L. / Chu, H.M. / Tsai, Y.H. / Liang, P.H. / Wang, A.H.-J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1v4i.cif.gz | 76.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1v4i.ent.gz | 57.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1v4i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/1v4i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/1v4i | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
| x 8||||||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33824.242 Da / 分子数: 1 / 変異: F132A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ) プラスミド: PET32XA-LIC / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9X1M1, EC: 2.5.1.11 | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.35 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Na+Hepes, lithium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 15196 / Num. obs: 14500 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.57 % / Biso Wilson estimate: 49.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 40.02 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.456 / Mean I/σ(I) obs: 2.55 / Num. unique all: 1220 / % possible all: 81.7 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / Num. measured all: 124260 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 81.7 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1V4E 解像度: 2.4→50 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 49.6 Å2 | ||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.32 Å / Luzzati sigma a obs: 0.33 Å | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / Rfactor Rfree: 0.2828 / Rfactor Rwork: 0.2713 | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 0.9 |