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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1wl2 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure Of Octaprenyl Pyrophosphate Synthase From Hyperthermophilic Thermotoga Maritima R90A mutant | ||||||
要素 | octoprenyl-diphosphate synthase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / trans-type prenyltransferase / thermophilic (好熱菌) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Guo, R.T. / Kuo, C.J. / Cheng, Y.S. / Cheng, Y.L. / Liang, P.H. / Wang, A.H.-J. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Biochemical and Structural Basis for Octaprenyl Pyrophosphate Synthase 著者: Guo, R.T. / Kuo, C.J. / Cheng, Y.S. / Cheng, Y.L. / Liang, P.H. / Wang, A.H.-J. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003 タイトル: Preliminary X-ray diffraction analysis of octaprenyl pyrophosphate synthase crystals from Thermotoga maritima and Escherichia coli 著者: Guo, R.T. / Ko, T.P. / Chou, C.C. / Shr, H.L. / Chu, H.M. / Tsai, Y.H. / Liang, P.H. / Wang, A.H.-J. #2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004 タイトル: Crystal Structure of Octaprenyl Pyrophosphate Synthase from Hyperthermophilic Thermotoga maritima and Mechanism of Product Chain Length Determination 著者: Guo, R.T. / Kuo, C.J. / Chou, C.C. / Ko, T.P. / Shr, H.L. / Liang, P.H. / Wang, A.H.-J. #3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004 タイトル: A Molecular Ruler for Chain Elongation Catalyzed by Octaprenyl Pyrophosphate Synthase and Its Structure-Based Engineering to Produce Unprecedented Long-Chain Trans-Prenyl Products 著者: Guo, R.T. / Kuo, C.J. / Ko, T.P. / Chou, C.C. / Liang, P.H. / Wang, A.H.-J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1wl2.cif.gz | 74.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1wl2.ent.gz | 55.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1wl2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/1wl2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/1wl2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33814.223 Da / 分子数: 1 / 変異: R90A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ) 株: MSB8 / プラスミド: PET32XA-LIC / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9X1M1, EC: 2.5.1.11 | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Tris-HCl, NaCl, HEPES, Lithium Sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年2月10日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 9507 / Num. obs: 9426 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 7.94 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 24.92 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.504 / Mean I/σ(I) obs: 3.78 / Num. unique all: 917 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1V4E 解像度: 2.8→50 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 46.36 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.32 Å / Luzzati sigma a obs: 0.34 Å | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å
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