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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rtr | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of S. Aureus Farnesyl Pyrophosphate Synthase | ||||||
要素 | geranyltranstransferase(2E,6E)-ファルネシル二リン酸シンターゼ | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Hosfield, D.J. / Zhang, Y. / Dougan, D.R. / Brooun, A. / Tari, L.W. / Swanson, R.V. / Finn, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004 タイトル: Structural basis for bisphosphonate-mediated inhibition of isoprenoid biosynthesis 著者: Hosfield, D.J. / Zhang, Y. / Dougan, D.R. / Brooun, A. / Tari, L.W. / Swanson, R.V. / Finn, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1rtr.cif.gz | 118.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1rtr.ent.gz | 93.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1rtr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rt/1rtr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rt/1rtr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33861.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NWD6, UniProt: A0A0H3JWH0*PLUS #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.64 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: nanoliter sitting drop vapor diffusion / pH: 5 詳細: PEG 1000, Phosphate, pH 5, Nanoliter Sitting Drop Vapour Diffusion, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 97 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 39253 / Num. obs: 38076 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.9 % / Rsym value: 0.042 / Net I/σ(I): 16 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.65 Å / % possible all: 0.93 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 8.4 / SU ML: 0.182 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.301 / ESU R Free: 0.249 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 61.818 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20 /
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