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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22840 | |||||||||
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タイトル | Structure of the free outer-arm dynein in pre-parallel state | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 dynein complex / minus-end-directed microtubule motor activity / dynein light intermediate chain binding / 繊毛 / dynein intermediate chain binding / microtubule-based movement / microtubule-based process / 微小管 / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Tetrahymena thermophila (真核生物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Rao Q / Zhang K | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2021 タイトル: Structures of outer-arm dynein array on microtubule doublet reveal a motor coordination mechanism. 著者: Qinhui Rao / Long Han / Yue Wang / Pengxin Chai / Yin-Wei Kuo / Renbin Yang / Fangheng Hu / Yuchen Yang / Jonathon Howard / Kai Zhang / 要旨: Thousands of outer-arm dyneins (OADs) are arrayed in the axoneme to drive a rhythmic ciliary beat. Coordination among multiple OADs is essential for generating mechanical forces to bend microtubule ...Thousands of outer-arm dyneins (OADs) are arrayed in the axoneme to drive a rhythmic ciliary beat. Coordination among multiple OADs is essential for generating mechanical forces to bend microtubule doublets (MTDs). Using electron microscopy, we determined high-resolution structures of Tetrahymena thermophila OAD arrays bound to MTDs in two different states. OAD preferentially binds to MTD protofilaments with a pattern resembling the native tracks for its distinct microtubule-binding domains. Upon MTD binding, free OADs are induced to adopt a stable parallel conformation, primed for array formation. Extensive tail-to-head (TTH) interactions between OADs are observed, which need to be broken for ATP turnover by the dynein motor. We propose that OADs in an array sequentially hydrolyze ATP to slide the MTDs. ATP hydrolysis in turn relaxes the TTH interfaces to effect free nucleotide cycles of downstream OADs. These findings lead to a model explaining how conformational changes in the axoneme produce coordinated action of dyneins. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22840.map.gz | 105.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22840-v30.xml emd-22840.xml | 38.4 KB 38.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_22840.png | 35 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22840 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22840 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22840.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 210.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.666 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Free outer-arm dynein
+超分子 #1: Free outer-arm dynein
+分子 #1: Dynein alpha heavy chain
+分子 #2: Dynein gamma heavy chain
+分子 #3: Dynein light chain 1
+分子 #4: Dynein beta heavy chain
+分子 #5: Dynein light chain LC8_1a (LC10)
+分子 #6: Dynein light chain LC8_1b (DLC82)
+分子 #7: Dynein light chain roadblock LC7B
+分子 #8: Dynein light chain roadblock LC7A
+分子 #9: Dynein light chain Tctex_b
+分子 #10: Dynein light chain Tctex_a (LC2A)
+分子 #11: Dynein intermediate chain DIC3
+分子 #12: Dynein intermediate chain DIC2
+分子 #13: Thioredoxin LC3BL
+分子 #14: Dynein light chain LC8_3b
+分子 #15: Dynein light chain LC8_2a (LC8E)
+分子 #16: Dynein light chain LC8_2b
+分子 #17: Dynein light chain LC8_3a
+分子 #18: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
+分子 #19: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
+分子 #20: MAGNESIUM ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 平均電子線量: 53.3 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
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最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 209656 |