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- EMDB-11576: Outer Dynein Arm-Shulin complex - overall structure (Tetrahymena ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11576
タイトルOuter Dynein Arm-Shulin complex - overall structure (Tetrahymena thermophila)
マップデータMain map of overall ODA-Shulin structure (resampled on a full-length ODA-Shulin structure from a smaller subset of particles using EMDA). Unsharpened map.
試料
  • 複合体: Tetrahymena thermophila ODA Dyh4 motor
    • 複合体: Tetrahymena thermophila ODA Dyh4 motor
      • タンパク質・ペプチド: x 16種
    • 複合体: Shulin樹林区
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
  • リガンド: x 3種
キーワードCilia (繊毛) / dynein (ダイニン) / microtubules (微小管) / motor (機関 (機械)) / MOTOR PROTEIN (モータータンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


glycerol ether metabolic process / dynein complex / minus-end-directed microtubule motor activity / dynein light intermediate chain binding / 繊毛 / dynein intermediate chain binding / microtubule-based movement / cytoskeletal motor activity / protein-disulfide reductase activity / microtubule-based process ...glycerol ether metabolic process / dynein complex / minus-end-directed microtubule motor activity / dynein light intermediate chain binding / 繊毛 / dynein intermediate chain binding / microtubule-based movement / cytoskeletal motor activity / protein-disulfide reductase activity / microtubule-based process / cell redox homeostasis / 微小管 / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Uncharacterized protein C20orf194-like / Kelch motif / Galactose oxidase, central domain / Dynein light chain Tctex-1 like / Tctex-1-like superfamily / Tctex-1 family / Dynein light chain type 1 / Dynein light chain, type 1/2 / Dynein light chain superfamily / Dynein light chain type 1 ...Uncharacterized protein C20orf194-like / Kelch motif / Galactose oxidase, central domain / Dynein light chain Tctex-1 like / Tctex-1-like superfamily / Tctex-1 family / Dynein light chain type 1 / Dynein light chain, type 1/2 / Dynein light chain superfamily / Dynein light chain type 1 / Dynein heavy chain, AAA 5 extension domain / Dynein heavy chain AAA lid domain / Roadblock/LAMTOR2 domain / Roadblock/LC7 domain / Roadblock/LC7 domain / Dynein heavy chain 3, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / Dynein heavy chain, C-terminal domain / Dynein heavy chain, C-terminal domain, barrel region / Dynein heavy chain C-terminal domain / Filamin/ABP280 repeat / Filamin/ABP280 repeat profile. / Filamin/ABP280 repeat-like / P-loop containing dynein motor region / Dynein heavy chain, tail / Dynein heavy chain, N-terminal region 1 / Dynein heavy chain / Dynein heavy chain region D6 P-loop domain / Dynein heavy chain, linker / Dynein heavy chain, AAA module D4 / Dynein heavy chain, coiled coil stalk / Dynein heavy chain, hydrolytic ATP-binding dynein motor region / Dynein heavy chain, ATP-binding dynein motor region / Dynein heavy chain AAA lid domain / Dynein heavy chain AAA lid domain superfamily / Dynein heavy chain, domain 2, N-terminal / Dynein heavy chain, linker, subdomain 3 / Dynein heavy chain, AAA1 domain, small subdomain / Dynein heavy chain region D6 P-loop domain / Dynein heavy chain, N-terminal region 2 / Hydrolytic ATP binding site of dynein motor region / Microtubule-binding stalk of dynein motor / P-loop containing dynein motor region D4 / ATP-binding dynein motor region / Dynein heavy chain AAA lid domain / チオレドキシン / IPT/TIG domain / Kelch-type beta propeller / ig-like, plexins, transcription factors / チオレドキシン / IPT domain / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Immunoglobulin E-set / Thioredoxin-like superfamily / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Immunoglobulin-like fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Dynein light chain / Dynein light chain tctex-type 1 protein / Dynein intermediate chain 2 / Dynein-1-alpha heavy chain, flagellar inner arm I1 complex protein, putative / Outer arm dynein beta heavy chain / Dynein light chain / Dynein light chain roadblock-type 2 protein / Dynein light chain 2A / Dynein heavy chain, outer arm protein / Dynein light chain roadblock-type 2 protein ...Dynein light chain / Dynein light chain tctex-type 1 protein / Dynein intermediate chain 2 / Dynein-1-alpha heavy chain, flagellar inner arm I1 complex protein, putative / Outer arm dynein beta heavy chain / Dynein light chain / Dynein light chain roadblock-type 2 protein / Dynein light chain 2A / Dynein heavy chain, outer arm protein / Dynein light chain roadblock-type 2 protein / Dynein light chain / Uncharacterized protein / Flagellar outer dynein arm intermediate protein, putative / チオレドキシン / Dynein light chain / Dynein light chain / Dynein light chain
類似検索 - 構成要素
生物種Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物) / Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.78 Å
データ登録者Mali GR / Abid Ali F / Lau CK / Carter AP
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom) 英国
引用ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: Shulin packages axonemal outer dynein arms for ciliary targeting.
著者: Girish R Mali / Ferdos Abid Ali / Clinton K Lau / Farida Begum / Jérôme Boulanger / Jonathan D Howe / Zhuo A Chen / Juri Rappsilber / Mark Skehel / Andrew P Carter /
要旨: The main force generators in eukaryotic cilia and flagella are axonemal outer dynein arms (ODAs). During ciliogenesis, these ~1.8-megadalton complexes are assembled in the cytoplasm and targeted to ...The main force generators in eukaryotic cilia and flagella are axonemal outer dynein arms (ODAs). During ciliogenesis, these ~1.8-megadalton complexes are assembled in the cytoplasm and targeted to cilia by an unknown mechanism. Here, we used the ciliate to identify two factors (Q22YU3 and Q22MS1) that bind ODAs in the cytoplasm and are required for ODA delivery to cilia. Q22YU3, which we named Shulin, locked the ODA motor domains into a closed conformation and inhibited motor activity. Cryo-electron microscopy revealed how Shulin stabilized this compact form of ODAs by binding to the dynein tails. Our findings provide a molecular explanation for how newly assembled dyneins are packaged for delivery to the cilia.
履歴
登録2020年8月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年1月20日-
マップ公開2021年1月20日-
更新2024年5月1日-
現状2024年5月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0008
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0008
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6zyw
  • 表面レベル: 0.0008
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11576.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11576.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Main map of overall ODA-Shulin structure (resampled on a full-length ODA-Shulin structure from a smaller subset of particles using EMDA). Unsharpened map.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.11 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0008 / ムービー #1: 0.0008
最小 - 最大-0.008270102 - 0.010488807
平均 (標準偏差)0.0000029479495 (±0.00054623256)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ450450450
Spacing450450450
セルA=B=C: 499.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.111.111.11
M x/y/z450450450
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z499.500499.500499.500
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS450450450
D min/max/mean-0.0080.0100.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_11576_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2 of overall ODA-Shulin structure (Z-flipped, non-resampled)

ファイルemd_11576_half_map_1.map
注釈Half map 2 of overall ODA-Shulin structure (Z-flipped, non-resampled)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1 of overall ODA-Shulin structure (Z-flipped, non-resampled)

ファイルemd_11576_half_map_2.map
注釈Half map 1 of overall ODA-Shulin structure (Z-flipped, non-resampled)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Tetrahymena thermophila ODA Dyh4 motor

全体名称: Tetrahymena thermophila ODA Dyh4 motor
要素
  • 複合体: Tetrahymena thermophila ODA Dyh4 motor
    • 複合体: Tetrahymena thermophila ODA Dyh4 motor
      • タンパク質・ペプチド: Dynein-1-alpha heavy chain, flagellar inner arm I1 complex protein, putative
      • タンパク質・ペプチド: Dynein light chainダイニン
      • タンパク質・ペプチド: Dynein light chainダイニン
      • タンパク質・ペプチド: Dynein light chainダイニン
      • タンパク質・ペプチド: Dynein light chainダイニン
      • タンパク質・ペプチド: Dynein light chain 2A
      • タンパク質・ペプチド: Dynein light chain tctex-type 1 protein
      • タンパク質・ペプチド: Thioredoxinチオレドキシン
      • タンパク質・ペプチド: Outer arm dynein beta heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Dynein heavy chain, outer arm protein
      • タンパク質・ペプチド: Dynein intermediate chain 2
      • タンパク質・ペプチド: Flagellar outer dynein arm intermediate protein, putative
      • タンパク質・ペプチド: Dynein light chain roadblock-type 2 protein
      • タンパク質・ペプチド: Dynein light chain roadblock-type 2 protein
      • タンパク質・ペプチド: Dynein light chainダイニン
      • タンパク質・ペプチド: Dynein light chainダイニン
    • 複合体: Shulin樹林区
      • タンパク質・ペプチド: Shulin樹林区
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATEグアノシン三リン酸

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超分子 #1: Tetrahymena thermophila ODA Dyh4 motor

超分子名称: Tetrahymena thermophila ODA Dyh4 motor / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1, #10-#17, #2-#9
分子量理論値: 1.8 MDa

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超分子 #2: Tetrahymena thermophila ODA Dyh4 motor

超分子名称: Tetrahymena thermophila ODA Dyh4 motor / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1, #10-#16, #2-#9
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)

+
超分子 #3: Shulin

超分子名称: Shulin / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #17
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)

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分子 #1: Dynein-1-alpha heavy chain, flagellar inner arm I1 complex protei...

分子名称: Dynein-1-alpha heavy chain, flagellar inner arm I1 complex protein, putative
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物) / 株: SB210
分子量理論値: 475.554406 KDa
配列文字列: MPQPLVWTQL KQTGTTQPTA RSGHTIITVG KTHIMFGGLD NDKNNYKDGK IAPNNQVFTL KLTQNNCEWR QIACQGDVPL PRCYHASCA ISADKMLVFG GSYTSNLRFN DTYILKTTSY QWSKPANQIS GGEPKNAESK IGAPQPRYGH SATFFEGKVY I FGGHGGIN ...文字列:
MPQPLVWTQL KQTGTTQPTA RSGHTIITVG KTHIMFGGLD NDKNNYKDGK IAPNNQVFTL KLTQNNCEWR QIACQGDVPL PRCYHASCA ISADKMLVFG GSYTSNLRFN DTYILKTTSY QWSKPANQIS GGEPKNAESK IGAPQPRYGH SATFFEGKVY I FGGHGGIN YQRLAFNDLY VLETENFEWT RLEPKGNPPD PRGGHSAAMM ANKPQLMIFG GWSFTSQYSN IMIYDIEKDE WV DPEIAHE IPKWNLSGIM APSIPSWKYF IFGGSVGSFE EGGNRTNSRF VDDSFVLDID TLSWSSINLE ADETSKAVCK PRP RESASI FYDSGESRAI VFGGWANNWL NDLWALNVST ITGPPYAIFS IKPALGPLTG KTKVLIEGDG FKDTQNISVK FSGG KLEKE VNGTFVNEKE ISCETPTFDY PRSVEVTVCM NKGDYTITKS AFTYYLNTKA DKTIAYGPGL LTENLIGVQT TIVIQ ARNK NDQNRESGSD EFVVTIRNPA KIKKEEEVKE GDKANTKNTI KEDEEEEGED EEENKKKKEA EKAAAEKAAA EKAAEE EQG EAVDPSLVPF NIVDNDDGSY FIQFTSEEEA VLEIDIKFKD ENNELHSIRG NPFRCGFVKG SKPNNNDLTG SAVMNYI SK QLKDIQEFIE NTKENIEIRN KNIRENVSEL INVMINLEKV RVKNDDDVLT LDTVEEMLNF LKKKDFGKDS DIKKCKKL Q EEWKNLAKMA QAVKKDIQNP VKTESDKTKE NIKKFEEITL KEYANSLKKE SFFIYKTGVS ESFKRIGEVK QKVDEFEVQ LNQYEDFARM FEFPDAVIGS KKLMEQIRTD VSSVEKLWVR IEISEKTMDE YKKMKWGSIN SMDMEDEIKK LRKALTDLRG IDKRSNAFI GITEELKKWA TFLPLLGELK DPSMNSEDGR HWKKLKDLVK KEFDVSQELM LEIIWDLKLF DYKDGIEEIT D QAKQELKM EKALKKIIDF WRDIEFELVQ HKNTDIHTLK MSEENFETLE DHQLQINNML LSKYVAYFEK EVEKWKYDLG SV YDVVQLL LEVQKTWSFL ENLFIQSEEV KRELPNESAQ FVGIDKDMKE IMQKGCDIKN CLKFCTIEGM LKRLENIQAQ LKV CEKALN EFLDSKRRAF PRFYFVSVND LLDILSNGNS PAKINRHMSK IFQAIDNLQL KEDSSGGRPT ALKMISCVGT EEVD FSSPR LLQGKVESYL KDVIDTMIGT LKSVANSSFK NFQSMTRKEW LKSDPSQITL LVNNIIWSKA VEDCFLKLQS GDINA MKLF LDESIKQLTE LIGMVQGDLS KPLRQKIMCL ITIDTHSRDV VHRLINEHVR KAEEFQWQSQ LKFYWVDNDA KIKIAD ARF VYNYEYLGNG PRLVITPLTD RIYVTATQAL HLKMGCAPAG PAGTGKTETT KDLANALAKA CYVFNCSSEM NYESMGN IY KGLASSGCWG CFDEFNRLLP EVLSVCSVQF KAVTDAIKQN VERFIIEGDE ISLDPTCGVF ITMNPGYLGR AELPEGLK A LFRPITVVVP DLELICENML MAEGFIEAKI LAKKFVTLYM LCRDLLSKQL HYDWGLRAIK SVLVVAGGFK RSEPEIAEQ ALLMRALRDF NIPKIAFQDL YVFHGLLGDL FPGINIKPKK DLDFEKIITD VCIENKLDPD PEFVLKVVQL SELLAIRHCV FVMGPPGAG KSTTWKILAK AQDKTNKKTT LIDIDPKVVS TKDFYGYNLP SKEWKDGLFS KMLRSLAEQP DTNPKWICLD G DLDANWIE SMNSVMDDNK ILTLANNERI PLKPHMRALF EIRDLRFATP ATVSRAGILY ISDEVGYQWR SYVKSWIKQE FS QDQEMSK NLDTLFGKYV PDTLDHIKKH CRFLVPVSPI SQVISICKSL QTLLKGDVKN LEYLFVYALI WAIGGALAEK DSI DYRKDF STWWKGAWKT AVKFPSKGTI FDYYVDQSGD SSKFVEWSKR LENKEFDPQV ETMGNITVNT IETLATTEFI KSYL MVKHP SLLIGNSGCG KTQLAKGILK EIVQAKPENY AYQLINFNYY TDSTYLQGQI EQTLEKKAGR QYGPPGKVQL IYFID DLNM PQLDAYDTQT AIALLRQLAD YGHFYDVSKL ALKDIINTQV LAAMNPSAGS FFVNPRYQRH FWTISIPFPD NESLSL IYI TFLNGHLKRF KSTIQEYSNI IVRASLMLHQ AVTQNFRKTA INFHYEFNLR HMSNVFQGLL LSDPNKFTEP DKLIKLW IH ECERTYGDRL VSTDNLKTYK ENIFDIVKKS FSKFNFSRYF GNNPENLIYC NFIAGINSDR FYDQMPNNEM EKHISEAL K EYNDNNAFMG LVLFEDAMKH VCRICRIVLP SSGHALLVGV GGSGKQSLSK LASFIMGYTT FSITISATYS MVDLRNDLQ QLYFKCGPKE EGILFLFTEG QITNERFLVY INDLLSSGEI AELYTLDEKE AMINQVRAKV KGEGKPDTRE NCWNWFIDQV KKNLHMAIC FSPVGDMRRR ARQFPALVNC TVIDWFQPWP YEALFNVAKS FLEPVDLGDD KVREAVVKFM PFSFTLVNDL G LKLLEQER RYAYTTPKSF LELISLFTNM LAQKRESLER NKERYETGLV KLKETAEQVA IIEVEVKEKQ VEAEAKKKEA DA FAEVVGR EKDKVEKENS KATIEADKCG LIKQNVEAQK SSTQQDLDAA QPLVEQAKSA LNSISKKDFQ QAKSFASPPA GVP EVFAAT IYLLAGYFNE AIEIDKNKKP KDVSWKSSLK LMKSPEEFME KLLNFKDVVD ANQVPAANVN IVKNQYLNMP SFTP EQMAS KSAAAKGICS WVVNIVKYYD VIQDVEPKRK ALKEATEQLE EATVKLNEVE EVVRKLNEEL NKLKAENDKA IAERN AAIS EAERCARRLN LAQRLVTALS SENERWGKSI IQLEDQLKLM VGDVLVASSF VSYSGPFNKK FRNIMINQNF MKFMKE HTI PMSPDPNPIK ILTDESTIAL WNKQKLPSDS VSIENGTILT NSARYPLMID PQLQGITWIR EKEKANNLKI LRLGSKN IN RDLELSIENG YSAIIENMNE RIDAILMPII ARSFIKRGKN KIIKFAGKDL ILHPNFKLFL HTKLSNPHYP PEIQAEAA L INFTVTEAGL GDQLLSLVVA RERPDLAKMK IELITQQNDF KIKLKDLEDE LLYKLANAKG DILDDIELIE NLEYSKKLS VEIAEKVAAA KITEAKINET SENYRPAASR GALFYFLLSD LSKVHSFYKY SLESFIVVIN RAIDAISENK IYGKTTMVPY GDETYASNQ HEKEEEEEEE EHQQAQQQQN QEEQQEQKDE ENKGPVEEEQ PEGENKGPVE EEGAEGQNEG PVEEENAENQ E GEGEEEGE KQQKAKDSDE PMSPRSLKKR VDELIESLTY TAYQTTRRGL FESHKLIVAA MLCLRVLLRS EELNSDEVDH LI IGKVDVN PTPMPDALKS FLNDNIWAAC KALETIHQFQ GFCQSLETDV LQWKKWYSEE KAETADLPKA FKELSKFHRL LLL RALRPD RLPSALSQFV HDKMGERYIE QPPFNIFETF QETSKTVPIF FVLFPGVDPT PDVERVAATF DVSANNGRFI NISM GQGQE DRAKKALFDC AQKGHWIMLQ NVHLMQSWLY GLNGLEGFLE SVFASPKTHP NFRVFISSEP PNVLLPLMQI IPESI LQGS LKIANEAPQY LKANLRRAYN KFDQEFLDKC DKKPTEFKSC LFALCFFHSL MLGRKKFGTQ GWSRVYNFND GDLTIC ADV LYNYLSKYDQ VPWDDLRYIF GEIMYGGHIT DDWDRRTNRT YLKVLIRSEL LQQNFNLAPQ FKSPDPSKFD YEAYRKY IE EKLPIESPQM FGMHPNAEIG YLTQTCDQVF NTILEVQGGS SGGGASKKDD GVMVTLTDFK TRCPHDFNML LIEEKVKE K TPYIVVCLQE CERMNGLLKE IKTSLEDLRL GLTGALNMTD AMESLQQSLS FNKVPDTWEK KAYFSKKPLS SWFADLIER NIQLQEWCKE LVTPTSLCIS YLFNPMSYLT AIMQFTARAQ GLPLDGITIQ TNVTAMKGPE DVVNPAENGA YIHGLFLEGA AWEIGGQGQ DGYLIEQKPK ELHPKMPVIN AVAVPLDKKK KNGQYDCPTY VTSARGQTFV FTANLNMESD DSDPNKWILS G TCMLMSDD

UniProtKB: Dynein-1-alpha heavy chain, flagellar inner arm I1 complex protein, putative

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分子 #2: Outer arm dynein beta heavy chain

分子名称: Outer arm dynein beta heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物) / 株: SB210
分子量理論値: 530.182375 KDa
配列文字列: MGDHSQKDSP EDFIINRLSQ ALGIQKEKIK KSLETQQDDK GEVTNKDEFQ GFIQQDNSTN ILWVSGQSEK CTFYYGQLPP IDKFKKKGI AVIKLGLHKL TNENVAKDVV VVEITNNLLE HLNSVFNEIM SPVMQNPLNQ QGWTDLVAKD LMEKFNNYVA Q VYVLLGQI ...文字列:
MGDHSQKDSP EDFIINRLSQ ALGIQKEKIK KSLETQQDDK GEVTNKDEFQ GFIQQDNSTN ILWVSGQSEK CTFYYGQLPP IDKFKKKGI AVIKLGLHKL TNENVAKDVV VVEITNNLLE HLNSVFNEIM SPVMQNPLNQ QGWTDLVAKD LMEKFNNYVA Q VYVLLGQI KGKTMLPLPS HKLTSSDTTP DKDKAHVFEG SIITWTKQIK NVLKLEPEQL LKYGNDPGPL AEIEFWQNKR DN LNLIDSQ LKSVEVQNIL HFLDNNKSTY TTPFTKLQAE VKKARLEANE NYRYLFTLKD LFSKLQESQP SDFPTLYELF IPI MHTILL IYNKSKTYNQ PPRLVVLIRE ICNAIISNAQ AFVDKDTIFS LIDSKETTEA CDKLQVTLDV CSKFKDAYFE YKAK AGGNW KLTSNALFVR LDSFLERCQD ILHLTNTIVQ FNKLEKIELG GTKGKTLTES IAQIFKEFEE AVQAFTSVSY DIMNI AEKK FDDDFYEFRS KIKELERRLA SVITQGFDDY DTIYGRFKLL DNFEGLLTRP IIADELEKKH IVLLEMYKQD LKQVQS IFL EGKQFVDSMH ENAPLFLNMP PIAGALTWCK SLRDRIQEPI EKLAQLGQGI TEREEYKDVQ KLYTSITKSI KDYEDQK IL SWEKEVEDSS QDKLKQTLLC KDENDLIKVN FDPSLVRLLK EVKYFLLLRL EVPTTAKDIY TKAETYRTQI VALDMIVD N YNHIKTCLLP VEEPLVKKKI QDMEEEVKPG IEEIRWKSTN IDQFISKSKS IVDQLFETVN KMKDSLQKIH KSLANFNVK IIERKNRPMS PDDYDQFLKA IFSNKLTIVK DNGNQIQKLV KEVLDAVKAD KKQNSWKNYN DYVNVIVIEG ISTAIQTALL HLNEQINPV FIKRNDISPL FDIRLELGQS GIQFDPEIGE SSNQLTVRNT IRNWINDFFN IAGTIQRLDT TMPGDFLQEI R SFFEIKQC LAMITQNLEW IENECNQFRA RFDTYSYLWT EDEQISFNRF LDENEPKDED GKGGDDDEGE NTEKQNPLLK GC RAKIPNL DLFDEKITHL KAIQQEISRI KTPEDISWLR INLQPMKTAL DARVTRWIRV YTDFLVNQFR TTQKNLLDFI EKT KDGIKK NPADHENLHD KKLLMSVMKV ISDVKDVEPR REGIITRMKE MVTKLKKHNV PITEKGTDDP LQQIDNANSN FIEI YGRVF KVKADIIPLQ AEETQNIKRD LDIFMKEVES FRKEFMQKLP FDYTESMGYE NINNAYDTIM VYYHKLTAIE GRALE YNNL EKLFELQKSN YKQLKDCMND LKNLKTMWDA IALIHFQYND WKTKPWRQIK ADILLDTNKT LGTQIKNLPK EIRNFK GYN VIVEKVKNMG TVLPLVSALH SEFMEDRHWS QLKQITGTVF DHNSLSFYFE DILALNLYKY ENTVNEIVDV AQKEAKI EK KLKNIEQWWS KQVFEFTEYK ETKTFASLDN MMEVLDQHSL DLMGMKSQGK YVEFFYDRVE DWREKLGRVD VVVNEWLK V QKNWKILYNI FLLSEDIRMQ LPEDTKVFEG VDKEFKDMMS EVSANPSVVE ACTIERRDVL VGWSQAIKKC EKALNDYLE QKKKSFPRFY FLSNQSLLTI LSNGQNAPKV CEYLGDCFDG LKTLTFEPPA NPAETSKVGI GMISKDDEKV PFSSKFICEG AVEHWLLNL EFRMRETLQE ILEGAKNTAD LWDSGDKPRE EWVEGYNAQI ALLTTTIVWT EDVGRAFEDL AGGSETAMKE C QKLIEVRL ENLIKKVRGD LHILERWKII NIITIDVHSR DVVEKFVIQK VSEAESFAWL SQLKFYWENK PDSDMHLRQT LR FPWEKDK NKNKCIIRIV DWFRFYSYEY IGNAIRLVIT PLTDRCYITL TQALNLTMGG APAGPAGTGK TETTKDLGRA IGI PVMVFN CSDQMNKDSM AQIFMGLSQS GAWGCFDEFN RISIEVLSVV STQVKCVLDA LKEKKTKFSF VEEGEIQLQD TVGF FITMN PGYAGRTELP ENLKALFRSC AMVVPDLALI CENMLMSEGF TMARVLSRKF VSLYMLSREL LSKQKHYDWG LRAVK SVLR QAGKLKRGDP DMPEDPLLMR ALRDFNMPKI VTDDKVIFRR LIGDLFPKLD PPTKQNPELK KIVQDTTKKD MGLVAE ELF VTKVVQLAEI LEVRHCCFVI GPPGSGKTCV WKTLIKSYIN SGEDAEYDTL NPKAVTSDEL FGAYTKTKEW KNGVIAV IM KNQVKNEEKY KATHMHKWSV LDGDIDPEWI ESLNTVMDDN KVLTLVSNDR IFLTPQMRLI FEISNLRNAT PATVSRAG V LFINETDIGW MPYMNSWLER SQINILKQQK EMANMPEYPV IDDVAKSVFY RCFQSYFEQN IDVHDKNRVR HICPMVDIA MIQTICTILD ALLIQHLPKL KQMKEEDEKQ ALEAFFIFAG LWAIGGPVGG GQDDSKDMKE FNTVWKGAAK VKFPEQGLCY DYYYDINEN KWNTWKVEDY LPNDQPLFSK IYVATIHTTR LRYMIDIHLQ RRKPILFIGS AGTGKTAVVR DYLNSTRPEQ V SHKTINFS SFTDSLALQK NIESMVEKKN GRNYGSATNK VLICFIDDFN MPYVDKYGTQ SPIQLLRLIL DYGSIFNREQ LE ERKFLQD LLFFGCLNQK SGSFTVDLRL QRNFSVFSMY TPSSDVIKTI FGSILNAHLS 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AVKK NGNQL QLEIGGDPID YDPNFKLFLM TKLINPHFRP EIAAQCTIIN FIVTESGLEE QFIAMVVNIE KNELEMAKQD LVKKQ NEYA VTLDKLESDL LQSLSEADPA TILDNTELIQ NLDKTKKTTI EITEQQQKAK VTEAEINIQR EHYRVVAAEG SMLYFL VIS LSVMDHMYQY SLESFITFFF KAINRTTVRD ENRIPTLILN IRQTIYQWIS RGLFEKHKLI FLTLIVFRLM QKKIIDV AY EVAEMDFLIK CPARPGVENT LDWLPNISWD QIQGLINLEE FRNFAHQLEK EAPNRFKDWY NELQPEDQKL PLDWKRLD S MPFKKLLVLR CLRPDRMTIS LNNFIRAVLP QGDAFVEMDQ KLAFSEILES VINEDSESTI PIFFILSPGS DPVKEVEKI AKKKRIEPGK NFFNIALGQG QDEIARRRIE EGNKEGHWVM LQNIHLMPTW LIELEKILDS YSGEAGGGNS EFRLFLSAEP STGIPIGIL DRSIKLTNEP PAGLKANMKR AWTYFSKEEI EDKDPKIKSI LFALCFFHST LIERRRFGPK GWNMSYPFNM G DLRDSYLV MNRYMEQNQG GKVPFNDLIY IFGEIMYGGH IVDDWDRRLC NSYLFNTMHE QLFDELELFP YIEGKGLSFK VP GQNPYEK YIEHIETSLK QETPLAYGLH PNAEIGFRTD QCKTLFNTLL ELMPKEQSRD EKSSDIKSSN EMASDLIKQL LED SELKNK IFNMEEIKNK IDAENKGPYQ NVFLQEIEYM NALLSEIVKD LEEIGQGLSG LLTVSENMEM IIESIALSRV PASW QKLAY PSKRGLQSWL ANLFQRIEQL NIFRDDPYSI PRVVMISRFF NPQSFLTAIM QVISRAKAYE LNKLYIQTEI TKRSI EEIE GAAKEGAYVY GFILEGARWD YQLGQLEESK PKEMFSVLPV TYCKAIPLPP EGKEDKSLYQ CPVYKTEDRG NTYVFT AQL KTRFPPRKWI LAGVAIIMDV EGVSDEVKKD KK

UniProtKB: Outer arm dynein beta heavy chain

+
分子 #3: Dynein heavy chain, outer arm protein

分子名称: Dynein heavy chain, outer arm protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物) / 株: SB210
分子量理論値: 534.328812 KDa
配列文字列: MLSSKYSKRI AWMKTTICDS LQLKDMIVEE SFQYEKNKNL LEQFLSGEGL NKIFAYYQVQ EQAQNDDIKD TGAQDPVLFF TTGDLEKIQ DKAVWFLRIT NPADDKKKAS QQDGNDNDII FGEITPNTVP MLNALMESVY SRQIDHIITE KIQFWGVAEE E QVLEFQQH ...文字列:
MLSSKYSKRI AWMKTTICDS LQLKDMIVEE SFQYEKNKNL LEQFLSGEGL NKIFAYYQVQ EQAQNDDIKD TGAQDPVLFF TTGDLEKIQ DKAVWFLRIT NPADDKKKAS QQDGNDNDII FGEITPNTVP MLNALMESVY SRQIDHIITE KIQFWGVAEE E QVLEFQQH SNKFSSEVRE AINLMSPGTE HFKLDYEAIS GLSESEKMQH YEMKFNEWIN LISSQLNDDS EVRKDEKDAG PA TELIYWR SRMQKITNWS EQLKSKDFQI VKASLQRHKN HDNQRPRGDE SLSKLMMEYN RLDLLLTDKL NEAKDNVKYL TTL EKFIEP LYNGTPQQII DTLPALMNAI KMIHTIARFY NTTDKMTGLF IKITNQMIKN CKDRILNKKD NGDNPSLYKM IWEQ DPAEL IEVLGSCIKL YCEYKKCYND TKEKVADMPK GKTFDFSDAQ IFGKFDTFVR RLQKLIEIFS NIQQFNALAK HNLEG MDVL TNKFKKIIDD FKKKGHNLLD TANNKFDRDW VEFNVEISHL DGELQNFIDN NFNRFRNIEY SLKLLHKFQS TIKRDS LKH NLTSRYNAIL HNYATELDTI QRVFQDQKSN PPLVRNMPPE AGKIIWARHL FQKITGPINI FPENVINSTE IRRYYGS YN TLGKQLTIYE MWFYQDWVNK IEQSKAALQA TLIVRHDENK KLYVNFDLEI MQLIREAKCL DRQGIEIPES ARIILLQE D KFKTYYNELL YALKEYERIN SKIKPICKNL LLPHIEDLDL KLRPGMVTLT WTSMNIESYL YYVHQGLKKL EQLIINVND IIENRIENNL KTVSKVVLVH LPQDTKPLSL DSFVQLQEEY INSKTDFLTS KNVEVERAVD DLLQTIMLYP LDPHVDPVLP EETKRIKRY YFWYFYQALL NSTQNSLNAM KYRVCGKKIP GANTLQNLKP FFQVEVQLNG DKVTLNPSLQ EIQKSINRAA T AVLRCSKH LYNWDQQNKD STDKATFYDM IACDKEIVKV ILLLTGSIQG TKNKVNEFLS GFTKFEWLCK ESIQESIKKF SK NGPTLQN YEDQLKKFSQ IEEEIEKIVP TYKIGAMELM THNICTSLST WAKEWKLQYS QDLHKRARQL LDSLTEQTKM LST KLSKPV KDIDSLGYVM ETLEQIRKEQ AEIDMKFNPV QEMYSLLDNY LPGGITDKDE MDARSLLRRN WDILIQQAEI KGKE YQHKQ AIYLKELKQS IKDFTNQVSI FRRDYEKNGP MVEGISPAEA MERLRRFEDE YDVKYQMYKI NARGENLFGL QNQKY PELE KTDAEIKNLN KLYNLYDSVI KNIQQFKEKS WQDVSKDDLA KMEEDAGKYG EQCSRLPKDL KEWQAYRDLK NYIDSL REQ LPLIISLKKP SIMPRHWEKI KEITNTKLNY ENPDQFYIEE IMGAKLLDFR EDIEDITESA DKQLKIRTGL DEINLYW ND MQFQFGIWGK RDVPCMLNGL IVGTILERLE EDQLQLSTFN SQRHVTPFKA EVENLIRTFS DVNDTLDMWV KVQKLWTS L EPVFTGGDIA RQMPLQAKQF QGIDKNWMKI MEKAVETKKV IPCCQNDMLK DFLPDLNRKL EDCQKMLEAY LEGKRKKFP RFYFVSNPTL LKILSQGSEP TSIQEDFEKL FDAITKVTFE SAKDKKNPAL KQITQIQQVI GRNEENISLT GYYVKCEGNI EDWLKKLEQ NMQQTLKDIA SAAAQQVFQV GLKEFVSSQA SQIALLGLQI LWTSKVNEGL ERLSRNERNA MDIKRNEIKE H MNILSSMC LEDLNGAVER TKVETLVTIQ VHQKDISMDL KCKDVNDFEW QKQTRIAWKT DIDECIISIT DWDSPYSYEF LG AKERLCI TPLTDRCYIT LAQAMSMYYG GAPAGPAGTG KTETVKDLGR TLGVFVVVTN CSDQHRYRDM AKIFKGLVQS GLW GCFDEF NRIDLEVLSV VAMQVESITT ARKQHMKKFM FPEEEIEIEL IPTVSYFITM NPGYAGRQEL PENLKVLFRG VSMM VPDRE IIIKVKLASV GYLQIDLLAK KFNVLYRLCE EQLSKQRHYD FGLRNILSVL RTAGNTKRQE IKSDEEMLLM RSLRD MNLS KLVADDIPLF NGLLADIFPK LKEVPKKLYP DVEKKIPEEI NAESYLINTP SFQLKIIQLY ETCLVRHGFM LVGPTG SGK STIMKILTEV LTKLGSPHKI VIMNPKAITA EQMYGVKSEI SDDWIPGVFS TIWAKSNNRA LKHTTWITCD GPVDAIW IE NLNTVLDDNK ILTLANGERI AMTENCKVVF EVENLNNASP ATVSRCGQVY VSPTDLGYEA VIEGWIRNRK ASGRAEES D KLGNILRKYL INMRFIELQS KECKEPMMDT SPVISVINIL NLLTGCLQYF VQTQRTLSEQ EYEKFIVYSM AWAIGGIYE AQDRVRFHEL LLAKNAPIPQ KGKENETVFD YYVSQDYLDW KICSPEEWVP PQSLQFSQLL LPTLDSFRAE MLLNFILTQP KSHTCSNSA LLIGGSGTAK TSSVLLYCNK FDPQKMLFKR TNFSSATSPF MFQSTIEAEC DFKVGKEFAP PGNKMMTIFI D DMSMPFVN KWGDQITLEL VRQLIETGGF YMLDKTQRGN QRKMKNLQYI GAMNHPGGGR NDIPNRLKRQ FFIFNMILPL SI EGIYGPI IKHMFKQKYF SDSTYKVIES LTSATIALWN KVKSTMLPTP AKFHYVFNMR ELSRIFKGIL TCKKDTINDA PKS MKIKPE LFLVGLWRHE AERVLADKLV NNKDKDTVMG YIQEVSLESF SQIENEILEK YSSEKTFLFC DFLRPDVINE DGII EEEAP KIYEAIDSLT ELRKRCNFLL SFYNDRNPSK KMPLVLFDDA LKHLLRISRI IRQPRSSGLL VGVGGSGKQS LTRLA GFIG KNLIQQIIVT KTYSDKDLKE DIKKGFDDAG HLGKQVTFLM TDSEVKKEEF LEYINMVLST GEIPNLLAKD EREVWL GDI SQAYCKEKNL GNIDPPQSEL WTYFVDRVRD NFHIMLCFSP VGQKFRERAR KFPALFNECT IDWFLPWPEE ALVSVAE TF IKNFDKLDTK EETKQELMKH MGNVHLMVNE ICDEYYQKMR RQVYVTPKSF LSYLNSYKTL YIEKYDELDQ QEESFKIG L NKIQEATITI NQMEISLKEE EIQLNEATEK TNQLLANLDK ESKKANQKGE EVAATNKQCE IQAEQISKEK EEAERELEA ALPALRRAQE AVDSIESKDI VELKANKKPL DIIKYIMDAV LVFFKARLIP IQIEERVFNK KEGKAVLFLK ESYDESGIQT LGDMNFMKK LKEFEKDSIN EETIELLEPY LNQSEDWFND TFATKASKAA AGILKWAFAI YEYHQKSKIV KPKRIQVAIA E GRQAIALK ELEKAREDLA QIQAYIKNLK DVYTKQMEEK NELEMKAAKT KKKINTARTL ITSLSGEKDR WGKGAQDISD QK RKLVGNV SLSTAFISYC GPFNAEYRNK LAQQRFVVDM KKRGVPVTPG LELTSFLIDD ATIGEWNLQG LPKDDLSIQN GIM VTNSAR YPLFIDPQGQ GQNWIRNKLS ASIIPERCIT TLSHPKFKDM FLKYCMESGL TLIVENIENE VDPMMDPVLE RQII VKGKT QFVNVAGTEM ELSKEFKLFM TCRLANPSFS PELSAKTTII DFTVTQSGLE QQLLGKVISK EQKALEDSLN QLLAD VNQN QKDLQRLDKN LLERLINSQG NLLDDTELMD VLNNTKTQAK EVAAKLIDAE IKTKEINEKR EQYRPVAIRG SAIYFT MIE VSLVNWMYNS SLEQFLKLFI ESIDLSEKAQ LPSNRVKNII SFLTFHVYRY VNRGLFEKDK ITFILMMAFK ILTTAGT IS SGDVSLFLKS GDALDIKSER QKQISYLEDN QWLNILALSK HTFSGQTLPF FKELPDLISR SENQWRNWID KNDPENFP I PDFAESINQE KEIGSFISLC LVRSLRNDRT LIATQNFISN VLGKEFTDPI SYPIEGIWQE SSNMDPVLFL LSAGADPTS SIDELAKKKK KFPCEKVSMG EGQERVARQV IMKGFVEGGW VILQNCHLGL KFMEEIETLV SPINQIHEDF RLWITCEQHP KFPLGLLQK TLKVTNEPPK GLKAGLYKTF TTIITQEFID KVDHSNWRSL IFTICFLHSI VIERKKFGPL GWCVPYEYNY S DLEASLLY IEKYLTNLMS TPQPNSHNLP ISMNVVRYMI CEVQYGGRIT DDLDRELFIT YGETYLKDGI FGNDYFFYDI MV DGSGQKF KYRIPQNPSA ELIKYQEYIA KVPTVDNPEV FGLHSNADLT FRLKESKEMI NTVMETRPKD SSVGGGKTRE EIV QDKAKD MLKNLPPDYN DVEVRELVSK LGGPNPKTST ERGMTVPLNI FLYQEVTRMQ RVIGLVRKTL QDTILAIDGQ IIMT PEILE AINAIYDAKV PNSWLYDPSG AEISWLLPNL GSWSTSLSDR NKQLNDWLRS GQRPILFWLT GFFNPQGFLT GMKQE VTRN HKKGDGKGGE AWSLDDVVYS TTVKEREKEK DIEQPPAEGV YIKGLYLEGC KWSKNGLDDS DPKKIFADLP ILHVSA INK KKTNEQDRMS NTYLCPVYKY PKRTDKYLIF RVGLPCEGSN NPSHWKLRGV ALLCSTE

UniProtKB: Dynein heavy chain, outer arm protein

+
分子 #4: Dynein intermediate chain 2

分子名称: Dynein intermediate chain 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物) / 株: SB210
分子量理論値: 77.888219 KDa
配列文字列: MPPKQTKVVA SRKTVMPISR AGRAQIRRKD SNTQNNMNDQ GMEDEEIDQQ REGMKNQYEQ LTAQELNEDM PSKMLEPKNP QAPKNITVY DYYTRKFKTD ELVDQMIVHF SMDGDYIWKE SNEYKTQEEI RDTKKALIKE AMRKQESEEP GANHDEEAIK Q TLRNKFNY ...文字列:
MPPKQTKVVA SRKTVMPISR AGRAQIRRKD SNTQNNMNDQ GMEDEEIDQQ REGMKNQYEQ LTAQELNEDM PSKMLEPKNP QAPKNITVY DYYTRKFKTD ELVDQMIVHF SMDGDYIWKE SNEYKTQEEI RDTKKALIKE AMRKQESEEP GANHDEEAIK Q TLRNKFNY NTRECQTINP SIRERGVSTE PPPSDTICGN ITQWEIFDAY YAEIMKDHQI ENKKKKEVDQ DKKQDQSMYS TS FKRCCKI MERMVVQNDQ EDKYHDYRYY WSQGDNLEAG KNEGHLLPIW RFSNEKQRKK NVTSICWNPL YPDLFAVSLG SYD FTKQRM GLICLYSLKN TTHPEYAFNC EAGVMCLDFH PKSAALLAVG LYDGTVLVYD IRNKHKKPIY QSTVRNQKHT DPVW QVKWN PDTSKNYNFY SISSDGRVMN WILMKNKLEP EEVILLRLVG KNEEESTLIG LACGLCFDFN KFEPHIFLVG TEEGK IHKC SRAYSGQYQE TYNGHLLAVY KVKWNNFHPR TFISASADWT VRIWDSKYTS QIICFDLSMM VVDAVWAPYS STVFAC ATM DKVQVYDLNV DKLNKLAEQK IVKQPKLTNL SFNYKDPILL VGDSHGGVTL VKLSPNLCKS GPEIKQTEDK KAMEEFK NV KIEDYEREKM ENLLAVVSKW EREDA

UniProtKB: Dynein intermediate chain 2

+
分子 #5: Flagellar outer dynein arm intermediate protein, putative

分子名称: Flagellar outer dynein arm intermediate protein, putative
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物) / 株: SB210
分子量理論値: 77.178062 KDa
配列文字列: MAEYFTYSKK RKEFNNPINF QDTETRYGGI QNQVVNINQY VQRNPNFIDL DNIAELSEHS VNTERVKTGD RGMSHKEGGW PGNVDPNEA QETGRFKKRI EKDTSFPQAV KDLKEGVEKC IYQNNQIDLL EEYFEGETSE HVVENLSSKT LMLFKDEKEI C KRSVSEIS ...文字列:
MAEYFTYSKK RKEFNNPINF QDTETRYGGI QNQVVNINQY VQRNPNFIDL DNIAELSEHS VNTERVKTGD RGMSHKEGGW PGNVDPNEA QETGRFKKRI EKDTSFPQAV KDLKEGVEKC IYQNNQIDLL EEYFEGETSE HVVENLSSKT LMLFKDEKEI C KRSVSEIS WHPEGPTKVA VSYAIMRFQQ MPEKMPTQAY VWDLLNPNSP EIKLMSPSAV TNISYNQKIP DQIGGGCYNG LL AVWDGRK GENPIMISPV ENSHYEPVTH FHWLMSKTGS ECVTTSTDGK VMWWDTRKFE AGPVEKLNII EGLGENEEII GGT ALEYNV EAGPSKFLIG TESGSILTAN KKLKKPVEIT TRYGLDQGRH LGPVYSINRS NQNPKYFLSV GDWSCKIWVE DLKT PIIRT KYHGSYLSDG CWSPTRSGAF FLVRRDGWMD VWDYYYRQNE IAFSHKVSDS PLTCIKINQT GGAYHNSGKL CAIGD QDGT VTILELCDSL YTMQPKEKDI INEMFEREYR KEKNLETIKK QQELAKRQVQ KDMGSQKEKW EKKKLEMIET AEASFH ENL AKNPVNEEEF NELDSPSEKR KKTNQNQGRE QEEQSREEQE ASGNFNQQQQ QQQEEEQQQE GEQQHHQNQE HQNGQGH EN GQEEGEENGE EGNQQENEGQ EENEQQQE

UniProtKB: Flagellar outer dynein arm intermediate protein, putative

+
分子 #6: Dynein light chain roadblock-type 2 protein

分子名称: Dynein light chain roadblock-type 2 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物) / 株: SB210
分子量理論値: 14.751817 KDa
配列文字列:
MAQDINADDQ LKQLSALEGA NGYVIFNESG IPLKRHEKSI SHEKAVHIAA LVSDLWNVSK KVIQRDLKTP ENDIEVIRLR TKHSYEYII TQSGDFTMLA IQLCGKAIEE AKKAAAAAAA AAVVQEENKE KEKK

UniProtKB: Dynein light chain roadblock-type 2 protein

+
分子 #7: Dynein light chain roadblock-type 2 protein

分子名称: Dynein light chain roadblock-type 2 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物) / 株: SB210
分子量理論値: 11.630188 KDa
配列文字列:
MSEVEDTLNR IKTHKTVLGY LIVNSEGGVV RGAFKDEEES KNIANSIPLL TKKARSVVRD LDPTNDLVFL RIQTKLNEIM VAPDDEFSL IVIQTKGEKR DEND

UniProtKB: Dynein light chain roadblock-type 2 protein

+
分子 #8: Dynein light chain

分子名称: Dynein light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物) / 株: SB210
分子量理論値: 10.780357 KDa
配列文字列:
MSHLDKVQPV IKNSDMSVEM QKEVEEVAKK AIDYCNTDKE IATFIKDDFR SRYHGTWHCI VGRNFGSFVT FERSYYIYLY VGQLAILLF KTG

UniProtKB: Dynein light chain

+
分子 #9: Dynein light chain

分子名称: Dynein light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物) / 株: SB210
分子量理論値: 12.348086 KDa
配列文字列:
MEQEKAVTDM DINELRKLMI GKAIINSSDM QGDLLQEAQD VIQSGIENNS APVLNIEAAC KYIKENLDKK FGPTWQCIIG EGYAYDVTV QNNTLLFMFY NGNLAVLIFK S

UniProtKB: Dynein light chain

+
分子 #10: Dynein light chain

分子名称: Dynein light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物) / 株: SB210
分子量理論値: 10.973408 KDa
配列文字列:
MGDHANEQII DMPENSEMKS MKNDAFSQAK FAVENYKFEN KISSHIKKFF DEKYGPNWHC VVGKHFNAYV SYDSKNFIFF YEGQLAILL YRKG

UniProtKB: Dynein light chain

+
分子 #11: Dynein light chain

分子名称: Dynein light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物) / 株: SB210
分子量理論値: 13.336089 KDa
配列文字列:
MASNQQQKED PKEQQQQYKT FMGARVLWPP ECADDILEGA IRETQDALKK FEIAREGQKI AEHLKKYMDD HFDPYWHVFF GKNFGCQAV HNKNRFIYFY IEKTAFLMYQ TQ

UniProtKB: Dynein light chain

+
分子 #12: Dynein light chain

分子名称: Dynein light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物) / 株: SB210
分子量理論値: 12.516457 KDa
配列文字列:
MSDSDSDEGR VVEEPLPPHI IRFNDMAQHL LKKVIRQADV LIKENPQGLE KDIALNLVKF VKSQPEFKIG DGEWQCIIGK NFGCSLTFD ANVLAFFDLL PSRKSILLFK SG

UniProtKB: Dynein light chain

+
分子 #13: Dynein light chain

分子名称: Dynein light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物) / 株: SB210
分子量理論値: 10.453167 KDa
配列文字列:
MNHEPEVKAT DMEEDMIKRV KEIAINAVKE YKQEKQIAHY IKYEFDKIDG YGWNCIVGRN FGSHIIHQTK KYIFFKINEL CLLLWKA

UniProtKB: Dynein light chain

+
分子 #14: Dynein light chain 2A

分子名称: Dynein light chain 2A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物) / 株: SB210
分子量理論値: 15.60812 KDa
配列文字列:
MKGTYLYLNI YKRKREASLI TLNYIKNRFY PSKIQKIIKE LFEDRLKGVE YDPNNANQLS ERLVLELREK IKRGKVPRYK IGVQVVFGE IKGQGLRIAS KCLWDVQNDN YASYTYTSEK VYCTGIVFGC YFE

UniProtKB: Dynein light chain 2A

+
分子 #15: Dynein light chain tctex-type 1 protein

分子名称: Dynein light chain tctex-type 1 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物) / 株: SB210
分子量理論値: 13.202817 KDa
配列文字列:
MGDTDKEYIS EEVQKAIDDS VKQVFGIKDD SSQVTITYNK DKVNLWTQQI IDYTIRGLNK LGKHFKYCVT AILQQTNHAG ISVQITAYQ DTNTDGSLIQ CYEINDIYAI VSVFAMAV

UniProtKB: Dynein light chain tctex-type 1 protein

+
分子 #16: Thioredoxin

分子名称: Thioredoxin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物) / 株: SB210
分子量理論値: 12.855699 KDa
配列文字列:
MSHPYIEITS TKQFEDILEK NEYVLVDFFA SWCGPCKILA EQFEPIKKDH KNLTIVKVNI DEEDLESIVE SHNVSSLPHV FLYHKKTVV KQFIGNQKDQ LWEMAKLSDA K

UniProtKB: チオレドキシン

+
分子 #17: Shulin

分子名称: Shulin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / 詳細: Shulin / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物) / 株: SB210
分子量理論値: 139.935781 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MFNFFSSANI NQNIPKYSVN DFVFRLKKIE KIVVKEGLDG FLLINGVDSR ENTEYVKLTN WLFLGNSGLE IEENEYLNQI YSDMIVLIK KGTTHIFIDP EALNSLQTLI YSIPNVDVFC PTEKQYEDKD EMELLKMAFF LRVMKPTKKV GILLGQKDKG K INSIEKWP ...文字列:
MFNFFSSANI NQNIPKYSVN DFVFRLKKIE KIVVKEGLDG FLLINGVDSR ENTEYVKLTN WLFLGNSGLE IEENEYLNQI YSDMIVLIK KGTTHIFIDP EALNSLQTLI YSIPNVDVFC PTEKQYEDKD EMELLKMAFF LRVMKPTKKV GILLGQKDKG K INSIEKWP LIQSYGLEEL GVGFFSMNHE VVDLTLRLNA VYKNYDKFFV SKLIYVVAKR LTGHFNSAAG QLGDMKMHKR NL ATESQLT EIFRDTYEIE EISKWVQIRG VNAALPKPRV LFGKNTSADC SKEPSVAPLK DLKYSETFHS FHATFETFDL RTC LRAART YFLAKGVKEE RNLITLNDDE GVPQGYELNI DENQQYKDQD FLANLYLSII IGFNEVMQLI TKDYKNMTEE FIQD YIFQK VSKVYAGFQI PESEITLDKI QIILKAYNSF GEEVKIDFKD TISFKLTPYF FMVRIEQKNI KSQILNNTVL GSLVF AESF ILQEGCYLLL TKEIPYFDLW NCQNDYSEKI EKMKKRILWE PLGKQISDEL PKNRIFVQTG RKSNYGFDIP IMQASY YMH ELGLRIETQR LGWFILFFKE MKEIQITQKM NHTWLIFKVD SNITFNSISK DTIALEFTGD ALEQSFFKIK NYFEENQ IK YEYQVDIPAI FQESQIAKKQ ILNQQSQGQK LITMNSIQNE QFFISYIESK QLMILNQMKD LKLSAYKNLY EQMQISQA I TPVENHIGVI LVNGSYCSGK RKFAENLIRF GSDNNLRLHL YKFDLNEMSE LTEKSYLSGL LKFASEKKIQ NTDVIVASV PHFINTKILI DYFSKSEKIS NAFYIRTIAT KININNIYSN FNKNPVNNVF TYGVEGYSQF LLLDTYNNYD ADVNALNKTL SGVLPGAKI YKIMNNILNP ALAKDILTSI TFISEQNNLN RLKYSVQYDL LTSNGPSSVV FIPFKLPILR EKIRDLIYKK I LQNGNQTL VDTIEAEQKI AEFKELNKNS KDPLMIEIIK LKEKIEIQNA QTSDQAIKID YVKGILRYDS KLKEGLEEIT IT PNYFIER TVKGVDAKEF TEELNGVSFK NVKYTGITNS IINDMGFVFA GKNLNKEKLL ELLYKLVKPL NKQKLRQRKD LTE EEIVDI QFRNRGEGLE NGEFYDGQFW RNIQGLILPH HPKKDEFIEE YLKQEEVRIN QINEQLQQEW ETWKQVYDKI HLDK

UniProtKB: Uncharacterized protein

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分子 #18: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 3 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン二リン酸

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分子 #19: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 1 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン三リン酸

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分子 #20: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 1 / 式: GTP
分子量理論値: 523.18 Da
Chemical component information

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM / グアノシン三リン酸

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 52.0 e/Å2

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.78 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 131142
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6zyw:
Outer Dynein Arm-Shulin complex - overall structure (Tetrahymena thermophila)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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