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Structure paper

タイトルStructural basis of α-adrenergic receptor activation and recognition by an extracellular nanobody.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 14, Issue 1, Page 3655, Year 2023
掲載日2023年6月20日
著者Yosuke Toyoda / Angqi Zhu / Fang Kong / Sisi Shan / Jiawei Zhao / Nan Wang / Xiaoou Sun / Linqi Zhang / Chuangye Yan / Brian K Kobilka / Xiangyu Liu /
PubMed 要旨The αadrenergic receptor (αAR) belongs to the family of G protein-coupled receptors that respond to adrenaline and noradrenaline. αAR is involved in smooth muscle contraction and cognitive ...The αadrenergic receptor (αAR) belongs to the family of G protein-coupled receptors that respond to adrenaline and noradrenaline. αAR is involved in smooth muscle contraction and cognitive function. Here, we present three cryo-electron microscopy structures of human αAR bound to the endogenous agonist noradrenaline, its selective agonist oxymetazoline, and the antagonist tamsulosin, with resolutions range from 2.9 Å to 3.5 Å. Our active and inactive αAR structures reveal the activation mechanism and distinct ligand binding modes for noradrenaline compared with other adrenergic receptor subtypes. In addition, we identified a nanobody that preferentially binds to the extracellular vestibule of αAR when bound to the selective agonist oxymetazoline. These results should facilitate the design of more selective therapeutic drugs targeting both orthosteric and allosteric sites in this receptor family.
リンクNat Commun / PubMed:37339967 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.92 - 3.52 Å
構造データ

33924

7ym8

EMDB-33924, PDB-7ym8:
Cryo-EM structure of Nb29-alpha1AAR-miniGsq complex bound to oxymetazoline
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.92 Å

33928

7ymh

EMDB-33928, PDB-7ymh:
Cryo-EM structure of Nb29-alpha1AAR-miniGsq complex bound to noradrenaline
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.52 Å

33930

7ymj

EMDB-33930, PDB-7ymj:
Cryo-EM structure of alpha1AAR-Nb6 complex bound to tamsulosin
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.35 Å

化合物

ChemComp-J5C:
Oxymetazoline / オキシメタゾリン / 薬剤*YM / オキシメタゾリン

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

ChemComp-E5E:
Noradrenaline / (R)-2-(3,4-ジヒドロキシフェニル)-2-ヒドロキシエタンアミニウム / 神経伝達物質, ホルモン*YM / ノルアドレナリン

ChemComp-JGX:
Tamsulosin / タムスロシン

由来
  • synthetic construct (人工物)
  • homo sapiens (ヒト)
  • lama glama (ラマ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / GPCR (Gタンパク質共役受容体) / Nanobody (ナノボディ) / Agonist (アゴニスト) / Complex / Antagonist (受容体拮抗薬)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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