PDB-8y19: Closed conformation of HKU1-B S protein after incubation of the r...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8y19

タイトル

Closed conformation of HKU1-B S protein after incubation of the receptor

要素

Spike glycoprotein

スパイクタンパク質

キーワード

VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / HCoV-HKU1

機能・相同性

機能・相同性情報

endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane /

エンベロープ (ウイルス) / host cell plasma membrane / virion membrane /

生体膜
類似検索 - 分子機能

Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, HKU1-like / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, murine hepatitis virus-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. /

Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. /

Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Human coronavirus HKU1 (ヒトコロナウイルスHKU1)

手法

電子顕微鏡法 /

単粒子再構成法 /

クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Xia, L.Y. / Zhang, Y.Y. / Zhou, Q.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Cell Res / 年: 2024
タイトル: Structural basis for the recognition of HCoV-HKU1 by human TMPRSS2.
著者: Lingyun Xia / Yuanyuan Zhang / Qiang Zhou /

履歴

登録	2024年1月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年5月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8y19.cif.gz	655.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8y19.ent.gz	538.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8y19.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/8y19 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/8y19	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	38828MC 38829C 38830C 38831C 38832C 38833C 38834C 38835C 38836C 8y1aC 8y1bC 8y1cC 8y1dC 8y1eC 8y1fC 8y1gC 8y1hC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Spike glycoprotein

B: Spike glycoprotein

C: Spike glycoprotein

ヘテロ分子

450 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質

Spike glycoprotein /

スパイクタンパク質 / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein

分子量: 143475.344 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human coronavirus HKU1 (isolate N2) (ウイルス)
遺伝子: S, 3 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q14EB0

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D- ...

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖 / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-3DManpa1-6[DManpa1-3]DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-2-2-2/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 糖

...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン /

N-アセチルグルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Closed conformation of HKU1-B S protein after incubation of the receptor タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Human coronavirus HKU1 (isolate N2) (ウイルス)
由来(組換発現)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液	pH: 8
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1200 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア	名称: cryoSPARC / バージョン: 4 / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成	解像度: 2.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 622548 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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