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万見
- EMDB-50022: Influenza virus neuraminidase N1 NC13 ectodomain with a tetrabrac... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50022
タイトルInfluenza virus neuraminidase N1 NC13 ectodomain with a tetrabrachio-domain stalk
マップデータ
試料
  • 複合体: Influenza N1 NC13 with part of stalk replaced by tetrabrachion tetramerization domain
    • タンパク質・ペプチド: Neuraminidaseノイラミニダーゼ
キーワードNeuraminidase (ノイラミニダーゼ) / Tetrabrachion / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / ノイラミニダーゼ / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Sialidase, Influenza viruses A/B / Glycoside hydrolase, family 34 / ノイラミニダーゼ / Sialidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ノイラミニダーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A/North Carolina/07/2013(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス) / Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Roelofs MC / Zeev-Ben-Mordehai T
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Nanoparticle display of neuraminidase elicits enhanced antibody responses and protection against influenza A virus challenge in mice
著者: Pascha MN / Ballegeer M / Roelofs MC / Meuris L / Albulescu IC / van Kuppeveld FJM / Hurdiss DL / Bosch BJ / Zeev-Ben-Mordehai T / Saelens X / de Haan CAM
履歴
登録2024年4月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年4月24日-
マップ公開2024年4月24日-
更新2024年4月24日-
現状2024年4月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50022.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50022.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.041 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-1.7877257 - 2.9744463
平均 (標準偏差)0.00010716364 (±0.058595154)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 399.74402 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_50022_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_50022_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Influenza N1 NC13 with part of stalk replaced by tetrabrachion te...

全体名称: Influenza N1 NC13 with part of stalk replaced by tetrabrachion tetramerization domain
要素
  • 複合体: Influenza N1 NC13 with part of stalk replaced by tetrabrachion tetramerization domain
    • タンパク質・ペプチド: Neuraminidaseノイラミニダーゼ

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超分子 #1: Influenza N1 NC13 with part of stalk replaced by tetrabrachion te...

超分子名称: Influenza N1 NC13 with part of stalk replaced by tetrabrachion tetramerization domain
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/North Carolina/07/2013(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)

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分子 #1: Neuraminidase

分子名称: Neuraminidase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ノイラミニダーゼ
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 42.385258 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: VKLAGNSSLC PVSGWAIYSK DNSVRIGSKG DVFVIREPFI SCSPLECRTF FLTQGALLND KHSNGTIKDR SPYRTLMSCP IGEVPSPYN SRFESVAWSA SACHDGINWL TIGISGPDSG AVAVLKYNGI ITDTIKSWRN NILRTQESEC ACVNGSCFTI M TDGPSDGQ ...文字列:
VKLAGNSSLC PVSGWAIYSK DNSVRIGSKG DVFVIREPFI SCSPLECRTF FLTQGALLND KHSNGTIKDR SPYRTLMSCP IGEVPSPYN SRFESVAWSA SACHDGINWL TIGISGPDSG AVAVLKYNGI ITDTIKSWRN NILRTQESEC ACVNGSCFTI M TDGPSDGQ ASYKIFRIEK GKIVKSVEMN APNYHYEECS CYPDSSEITC VCRDNWHGSN RPWVSFNQNL EYQIGYICSG VF GDNPRPN DKTGSCGPVS SNGANGVKGF SFKYGNGVWI GRTKSISSRK GFEMIWDPNG WTGTDNNFSI KQDIVGINEW SGY SGSFVQ HPELTGLDCI RPCFWVELIR GRPEENTIWT SGSSISFCGV NSDTVGWSWP DGAELPFTI

UniProtKB: ノイラミニダーゼ

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均露光時間: 0.2 sec. / 平均電子線量: 48.1 e/Å2
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 199724
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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