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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-19563 | |||||||||
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タイトル | Vimentin intermediate filament structure (delta tail) | |||||||||
マップデータ | Vimentin intermediate filament structure / delta tail | |||||||||
試料 |
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キーワード | vimentin (ビメンチン) / intermediate filament (中間径フィラメント) / cytoskeleton (細胞骨格) / STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 keratin filament binding / lens fiber cell development / intermediate filament organization / cellular response to muramyl dipeptide / structural constituent of eye lens / astrocyte development / Striated Muscle Contraction / RHOBTB1 GTPase cycle / 中間径フィラメント / 微小管形成中心 ...keratin filament binding / lens fiber cell development / intermediate filament organization / cellular response to muramyl dipeptide / structural constituent of eye lens / astrocyte development / Striated Muscle Contraction / RHOBTB1 GTPase cycle / 中間径フィラメント / 微小管形成中心 / intermediate filament cytoskeleton / cell leading edge / Bergmann glial cell differentiation / positive regulation of collagen biosynthetic process / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / phagocytic vesicle / regulation of mRNA stability / Late endosomal microautophagy / structural constituent of cytoskeleton / nuclear matrix / Aggrephagy / ペルオキシソーム / cellular response to type II interferon / Chaperone Mediated Autophagy / neuron projection development / double-stranded RNA binding / negative regulation of neuron projection development / scaffold protein binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / cellular response to lipopolysaccharide / molecular adaptor activity / 細胞骨格 / protein domain specific binding / 神経繊維 / focal adhesion / positive regulation of gene expression / extracellular exosome / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 14.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Eibauer M / Medalia O | |||||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024 タイトル: Vimentin filaments integrate low-complexity domains in a complex helical structure. 著者: Matthias Eibauer / Miriam S Weber / Rafael Kronenberg-Tenga / Charlie T Beales / Rajaa Boujemaa-Paterski / Yagmur Turgay / Suganya Sivagurunathan / Julia Kraxner / Sarah Köster / Robert D ...著者: Matthias Eibauer / Miriam S Weber / Rafael Kronenberg-Tenga / Charlie T Beales / Rajaa Boujemaa-Paterski / Yagmur Turgay / Suganya Sivagurunathan / Julia Kraxner / Sarah Köster / Robert D Goldman / Ohad Medalia / 要旨: Intermediate filaments (IFs) are integral components of the cytoskeleton. They provide cells with tissue-specific mechanical properties and are involved in numerous cellular processes. Due to their ...Intermediate filaments (IFs) are integral components of the cytoskeleton. They provide cells with tissue-specific mechanical properties and are involved in numerous cellular processes. Due to their intricate architecture, a 3D structure of IFs has remained elusive. Here we use cryo-focused ion-beam milling, cryo-electron microscopy and tomography to obtain a 3D structure of vimentin IFs (VIFs). VIFs assemble into a modular, intertwined and flexible helical structure of 40 α-helices in cross-section, organized into five protofibrils. Surprisingly, the intrinsically disordered head domains form a fiber in the lumen of VIFs, while the intrinsically disordered tails form lateral connections between the protofibrils. Our findings demonstrate how protein domains of low sequence complexity can complement well-folded protein domains to construct a biopolymer with striking mechanical strength and stretchability. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_19563.map.gz | 196.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-19563-v30.xml emd-19563.xml | 15 KB 15 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_19563_fsc.xml | 13.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_19563.png | 55 KB | ||
マスクデータ | emd_19563_msk_1.map | 209.3 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-19563.cif.gz | 5.1 KB | ||
その他 | emd_19563_half_map_1.map.gz emd_19563_half_map_2.map.gz | 164.9 MB 164.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19563 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19563 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8rveC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_19563.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 209.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Vimentin intermediate filament structure / delta tail | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0021 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_19563_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Vimentin intermediate filament structure / delta tail / half map 1
ファイル | emd_19563_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Vimentin intermediate filament structure / delta tail / half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Vimentin intermediate filament structure / delta tail / half map 2
ファイル | emd_19563_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Vimentin intermediate filament structure / delta tail / half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Vimentin intermediate filament (delta tail)
全体 | 名称: Vimentin intermediate filament (delta tail) |
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要素 |
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-超分子 #1: Vimentin intermediate filament (delta tail)
超分子 | 名称: Vimentin intermediate filament (delta tail) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Vimentin (delta tail)
分子 | 名称: Vimentin (delta tail) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MSTRSVSSSS YRRMFGGPGT ASRPSSSRSY VTTSTRTYSL GSALRPSTSR SLYASSPGGV YATRSSAVRL RSSVPGVRLL QDSVDFSLAD AINTEFKNTR TNEKVELQEL NDRFANYIDK VRFLEQQNKI LLAELEQLKG QGKSRLGDLY EEEMRELRRQ VDQLTNDKAR ...文字列: MSTRSVSSSS YRRMFGGPGT ASRPSSSRSY VTTSTRTYSL GSALRPSTSR SLYASSPGGV YATRSSAVRL RSSVPGVRLL QDSVDFSLAD AINTEFKNTR TNEKVELQEL NDRFANYIDK VRFLEQQNKI LLAELEQLKG QGKSRLGDLY EEEMRELRRQ VDQLTNDKAR VEVERDNLAE DIMRLREKLQ EEMLQREEAE NTLQSFRQDV DNASLARLDL ERKVESLQEE IAFLKKLHEE EIQELQAQIQ EQHVQIDVDV SKPDLTAALR DVRQQYESVA AKNLQEAEEW YKSKFADLSE AANRNNDALR QAKQESTEYR RQVQSLTCEV DALKGTNESL ERQMREMEEN FAVEAANYQD TIGRLQDEIQ NMKEEMARHL REYQDLLNVK MALDIEIATY RKLLEGEES UniProtKB: ビメンチン |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy 最大 デフォーカス(公称値): 2.8000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 62.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |