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タイトルStructure and replication cycle of a virus infecting climate-modulating alga .
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 10, Issue 15, Page eadk1954, Year 2024
掲載日2024年4月12日
著者Miroslav Homola / Carina R Büttner / Tibor Füzik / Pavel Křepelka / Radka Holbová / Jiří Nováček / Marten L Chaillet / Jakub Žák / Danyil Grybchuk / Friedrich Förster / William H Wilson / Declan C Schroeder / Pavel Plevka /
PubMed 要旨The globally distributed marine alga has cooling effect on the Earth's climate. The population density of is restricted by viruses, including virus 201 (EhV-201). Despite the impact of viruses ...The globally distributed marine alga has cooling effect on the Earth's climate. The population density of is restricted by viruses, including virus 201 (EhV-201). Despite the impact of viruses on the climate, there is limited information about their structure and replication. Here, we show that the dsDNA genome inside the EhV-201 virion is protected by an inner membrane, capsid, and outer membrane. EhV-201 virions infect by using fivefold vertices to bind to and fuse the virus' inner membrane with the cell plasma membrane. Progeny virions assemble in the cytoplasm at the surface of endoplasmic reticulum-derived membrane segments. Genome packaging initiates synchronously with the capsid assembly and completes through an aperture in the forming capsid. The genome-filled capsids acquire an outer membrane by budding into intracellular vesicles. EhV-201 infection induces a loss of surface protective layers from cells, which enables the continuous release of virions by exocytosis.
リンクSci Adv / PubMed:38598627 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均) / EM (単粒子)
解像度12.0 - 25.0 Å
構造データ

EMDB-17649: Cryo-EM structure of the Emiliania huxleyi virus 201 (EhV-201) virion vertex with a diameter of 50 nm.
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 13.0 Å

EMDB-17650: Cryo-EM structure of the Emiliania huxleyi virus 201 (EhV-201) virion vertex with a diameter of 50 nm.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-17651: Cryo-EM structure of the Emiliania huxleyi virus 201 (EhV-201) virion vertex with a diameter of 120 nm.
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 18.0 Å

EMDB-19035: Composite map of the Emiliania huxleyi virus 201 (EhV-201) symmetry expanded from cryo-EM structure of virion vertex 120 nm in diameter.
PDB-8rbs: Emiliania huxleyi virus 201 (EhV-201) asymmetrical unit of capsid proteins predicted by AlphaFold2 fitted into the cryo-EM density of EhV-201 virion composite map.
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 18.0 Å

EMDB-19036: Cryo-EM structure of the Emiliania huxleyi virus 201 (EhV-201) virion vertex with a diameter of 50 nm and a mask applied on the capsid layer.
PDB-8rbt: Emiliania huxleyi virus 201 (EhV-201) capsid proteins predicted by AlphaFold2 fitted into a cryo-EM density map of the EhV-201 virion capsid.
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 12.0 Å

由来
  • emiliania huxleyi virus 201 (ウイルス)
キーワードVIRUS (ウイルス) / cryo-EM (低温電子顕微鏡法) / subtomogram averaging / EhV-201 / enveloped virus (エンベロープ (ウイルス)) / capsid (カプシド) / major capsid protein / composite map

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EMN文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2021年10月5日: 温度感受性及び、機械刺激依存性イオンチャネルに関するノーベル賞

温度感受性及び、機械刺激依存性イオンチャネルに関するノーベル賞

  • 2021年のノーベル医学・生理学賞は、温度と触覚の受容体を発見したデビッド・ジュリアスとアーデム・パタポウティアンに共同で授与されました
  • EM Navigatorでは、両先駆者によるクライオEM構造データを見つけることができます

外部リンク:The Nobel Prize in Physiology or Medicine 2021 - NobelPrize.org / Structure data by Ardem Patapoutian / Structure data by David Julius

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年7月5日: テキストデータのダウンロード

テキストデータのダウンロード

EM Navigatorの以下のサービスのデータが、テキスト形式でダウンロードできるようになりました。ダウンロードしたデータをExcelなどで読み込むことができます。

ページデータフォーマット
EM Navigator 検索検索結果CSV, TSV, JSON
EM Navigator 統計情報表データCSV, TSV

関連情報:EMN検索 / EMN統計情報

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EMN文献

3DEM構造データから引用されている文献のデータベース

  • EMDDBとPDBの3次元電子顕微鏡エントリから引用されている文献のデータベースです。
  • PubMedのデータを利用しています。

関連情報:EMDB / PDB / Q: EM Navigatorの情報源は? / EM Navigator / 万見文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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