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タイトルStructures of human γδ T cell receptor-CD3 complex.
ジャーナル・号・ページNature, Year 2024
掲載日2024年4月24日
著者Weizhi Xin / Bangdong Huang / Ximin Chi / Yuehua Liu / Mengjiao Xu / Yuanyuan Zhang / Xu Li / Qiang Su / Qiang Zhou /
PubMed 要旨Gamma delta (γδ) T cells, a unique T cell subgroup, are crucial in various immune responses and immunopathology. The γδ T cell receptor (TCR), generated by γδ T cells, recognizes a diverse ...Gamma delta (γδ) T cells, a unique T cell subgroup, are crucial in various immune responses and immunopathology. The γδ T cell receptor (TCR), generated by γδ T cells, recognizes a diverse range of antigens independently of the major histocompatibility complex. The γδ TCR associates with CD3 subunits, initiating T cell activation and holding great potential in immunotherapy. Here, we report the structures of two prototypical human Vγ9Vδ2 and Vγ5Vδ1 TCR-CD3 complexes, unveiling two distinct assembly mechanisms that depend on Vγ usage. The Vγ9Vδ2 TCR-CD3 complex is monomeric, with considerable conformational flexibility in the TCRγ/TCRδ extracellular domain (ECD) and connecting peptides (CPs). The length of CPs regulates the ligand association and T cell activation. Additionally, a cholesterol-like molecule wedges into the transmembrane region, exerting an inhibitory role in TCR signaling. The Vγ5Vδ1 TCR-CD3 complex displays a dimeric architecture, where two protomers nestle back-to-back via their Vγ5 domains of TCR ECDs. Our biochemical and biophysical assays further corroborate the dimeric structure. Importantly, the dimeric form of the Vγ5Vδ1 TCR is essential for T cell activation. These findings reveal organizing principles of the γδ TCR-CD3 complex, providing insights into the γδ TCR unique properties and facilitating immunotherapeutic interventions.
リンクNature / PubMed:38657677
手法EM (単粒子)
解像度3.0 - 9.5 Å
構造データ

EMDB-36147, PDB-8jbv:
Extracellular domain of gamma delta TCR
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.02 Å

EMDB-36149, PDB-8jc0:
V gamma9 V delta2 TCR and CD3 complex in LMNG
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-36152: Vgamma5 Vdelta1 TCR complex (MPDI/TMDI)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-36153: Vgamma5 Vdelta1 TCR complex (MPDII/TMDII)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-36155: Vgamma5 Vdelta1 TCR complex (MPD/TMD)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.7 Å

EMDB-36156, PDB-8jcb:
Vgamma5 Vdelta1 T cell receptor complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.5 Å

EMDB-37904, PDB-8wxe:
Vgamma5Vdelta1 EH TCR-CD3 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-37914, PDB-8wy0:
T cell receptor delta 2 gamma 9 with F283A, F290A, and F291A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-37929, PDB-8wyi:
T cell receptor delta 2 gamma 9 with TCRD TM domain chimera of TRAC
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-39128, PDB-8yc0:
T cell receptor V delta2 V gamma9 in GDN
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.12 Å

EMDB-39359: T cell receptor V delta2 V gamma9 in GDN (DeepEMhancer)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-39361: Vgamma5 Vdelta1 TCR complex (MPDI/TMDI, DeepEMhancer)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-39362: Vgamma5 Vdelta1 TCR complex (MPDII/TMDII, DeepEMhancer)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-39363: V gamma9 V delta2 TCR and CD3 complex in LMNG (DeepEMhancer)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-39367: Vgamma5 Vdelta1 TCR-CD3 complex (EH mutant, DeepEMhancer)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-39368: Extracellular domain of Vgamma5 Vdelta1 TCR (DeepEMhancer)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

化合物

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル / コレステロール

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / Receptor / immunity / immune

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EMN文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2021年10月5日: 温度感受性及び、機械刺激依存性イオンチャネルに関するノーベル賞

温度感受性及び、機械刺激依存性イオンチャネルに関するノーベル賞

  • 2021年のノーベル医学・生理学賞は、温度と触覚の受容体を発見したデビッド・ジュリアスとアーデム・パタポウティアンに共同で授与されました
  • EM Navigatorでは、両先駆者によるクライオEM構造データを見つけることができます

外部リンク:The Nobel Prize in Physiology or Medicine 2021 - NobelPrize.org / Structure data by Ardem Patapoutian / Structure data by David Julius

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年7月5日: テキストデータのダウンロード

テキストデータのダウンロード

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ページデータフォーマット
EM Navigator 検索検索結果CSV, TSV, JSON
EM Navigator 統計情報表データCSV, TSV

関連情報:EMN検索 / EMN統計情報

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3DEM構造データから引用されている文献のデータベース

  • EMDDBとPDBの3次元電子顕微鏡エントリから引用されている文献のデータベースです。
  • PubMedのデータを利用しています。

関連情報:EMDB / PDB / Q: EM Navigatorの情報源は? / EM Navigator / 万見文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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