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- PDB-9b4h: Chlamydomonas reinhardtii mastigoneme filament -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9b4h
タイトルChlamydomonas reinhardtii mastigoneme filament
要素
  • C-type lectin domain-containing protein
  • Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like domain-containing protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / Mastigoneme / Glycosylated hydroxyproline
機能・相同性
機能・相同性情報


Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like / Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like / Putative ephrin-receptor like / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / alpha-D-galactopyranose / C-type lectin domain-containing protein / Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Dai, J. / Ma, M. / Zhang, R. / Brown, A.
資金援助 米国, 7件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM141109 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM143183 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM138854 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R01HL128370 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM131909 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM139856 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM152057 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: Mastigoneme structure reveals insights into the O-linked glycosylation code of native hydroxyproline-rich helices.
著者: Jin Dai / Meisheng Ma / Qingwei Niu / Robyn J Eisert / Xiangli Wang / Poulomi Das / Karl F Lechtreck / Susan K Dutcher / Rui Zhang / Alan Brown /
要旨: Hydroxyproline-rich glycoproteins (HRGPs) are a ubiquitous class of protein in the extracellular matrices and cell walls of plants and algae, yet little is known of their native structures or ...Hydroxyproline-rich glycoproteins (HRGPs) are a ubiquitous class of protein in the extracellular matrices and cell walls of plants and algae, yet little is known of their native structures or interactions. Here, we used electron cryomicroscopy (cryo-EM) to determine the structure of the hydroxyproline-rich mastigoneme, an extracellular filament isolated from the cilia of the alga Chlamydomonas reinhardtii. The structure demonstrates that mastigonemes are formed from two HRGPs (a filament of MST1 wrapped around a single copy of MST3) that both have hyperglycosylated poly(hydroxyproline) helices. Within the helices, O-linked glycosylation of the hydroxyproline residues and O-galactosylation of interspersed serine residues create a carbohydrate casing. Analysis of the associated glycans reveals how the pattern of hydroxyproline repetition determines the type and extent of glycosylation. MST3 possesses a PKD2-like transmembrane domain that forms a heteromeric polycystin-like cation channel with PKD2 and SIP, explaining how mastigonemes are tethered to ciliary membranes.
履歴
登録2024年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like domain-containing protein
X: C-type lectin domain-containing protein
B: Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,340,328248
ポリマ－1,280,6543
非ポリマー59,674245
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 2種, 3分子 ABX

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like domain-containing protein / MST1


分子量: 206316.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株: CC-4402 / 参照: UniProt: A8J9H7
#2: タンパク質 C-type lectin domain-containing protein / MST3


分子量: 868021.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株: CC-4402 / 参照: UniProt: A0A2K3DRP3

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糖 , 8種, 245分子

#3: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖...
beta-L-arabinofuranose-(1-2)-beta-L-arabinofuranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 282.245 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LArafb1-2LArafb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
[][L-1-deoxy-Araf]{[(2+1)][b-L-Araf]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖
beta-L-arabinofuranose-(1-2)-beta-L-arabinofuranose-(5-5)-beta-L-arabinofuranose-(1-2)-beta-L-arabinofuranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 546.474 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LArafb1-2LArafb5-5LArafb1-2LArafb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
#6: 多糖 beta-L-arabinofuranose-(1-2)-beta-L-arabinofuranose-(5-5)-beta-L-arabinofuranose-(1-2)-beta-L- ...beta-L-arabinofuranose-(1-2)-beta-L-arabinofuranose-(5-5)-beta-L-arabinofuranose-(1-2)-beta-L-arabinofuranose-(5-5)-beta-L-arabinofuranose-(1-2)-beta-L-arabinofuranose-(5-5)-beta-L-arabinofuranose-(1-2)-beta-L-arabinofuranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 1074.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LArafb1-2LArafb5-5LArafb1-2LArafb5-5LArafb1-2LArafb5-5LArafb1-2LArafb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
#7: 多糖 beta-L-arabinofuranose-(1-4)-beta-L-ribulofuranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 282.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LArafb1-4LRulfb2-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
[][L-1-deoxy-Araf]{[(2+1)][b-L-Araf]{}}LINUCSPDB-CARE
#8: 多糖 beta-L-arabinofuranose-(1-2)-beta-L-arabinofuranose-(5-5)-beta-L-arabinofuranose-(1-2)-beta-L- ...beta-L-arabinofuranose-(1-2)-beta-L-arabinofuranose-(5-5)-beta-L-arabinofuranose-(1-2)-beta-L-arabinofuranose-(5-5)-beta-L-arabinofuranose-(1-2)-beta-L-arabinofuranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 810.704 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LArafb1-2LArafb5-5LArafb1-2LArafb5-5LArafb1-2LArafb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
#9: 糖...
ChemComp-A1AIO / beta-L-glucofuranose


タイプ: L-saccharide / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 糖...
ChemComp-GLA / alpha-D-galactopyranose / alpha-D-galactose / D-galactose / galactose / ALPHA D-GALACTOSE / α-D-ガラクトピラノ-ス / ガラクトース


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGalpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-galactopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GalpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Mastigoneme filament / タイプ: COMPLEX
詳細: Mastigoneme filaments copurified with doublet microtubules isolated from C. reinhardtii cilia
Entity ID: #1-#2 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株: CC-4402
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: Buffer contained protease inhibitors
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
130 mMHEPES1
25 mMmagnesium sulfateMgSO41
31 mMDTT1
40.5 mMEGTA1
525 mMpotassium chlorideKCl1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Unknown concentration. Copurified with doublet microtubules.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 39 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21_5207: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 735338
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 687452 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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