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万見
- PDB-8ub3: DpHF7 filament -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ub3
タイトルDpHF7 filament
要素DpHF7 filament
キーワードDE NOVO PROTEIN (De novo) / Filament / pH / designed (デザイン)
生物種synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Lynch, E.M. / Farrell, D. / Shen, H. / Kollman, J.M. / DiMaio, F. / Baker, D.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM149542 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM118396 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD032290 米国
引用ジャーナル: Nat Nanotechnol / 年: 2024
タイトル: De novo design of pH-responsive self-assembling helical protein filaments.
著者: Hao Shen / Eric M Lynch / Susrut Akkineni / Joseph L Watson / Justin Decarreau / Neville P Bethel / Issa Benna / William Sheffler / Daniel Farrell / Frank DiMaio / Emmanuel Derivery / James J ...著者: Hao Shen / Eric M Lynch / Susrut Akkineni / Joseph L Watson / Justin Decarreau / Neville P Bethel / Issa Benna / William Sheffler / Daniel Farrell / Frank DiMaio / Emmanuel Derivery / James J De Yoreo / Justin Kollman / David Baker /
要旨: Biological evolution has led to precise and dynamic nanostructures that reconfigure in response to pH and other environmental conditions. However, designing micrometre-scale protein nanostructures ...Biological evolution has led to precise and dynamic nanostructures that reconfigure in response to pH and other environmental conditions. However, designing micrometre-scale protein nanostructures that are environmentally responsive remains a challenge. Here we describe the de novo design of pH-responsive protein filaments built from subunits containing six or nine buried histidine residues that assemble into micrometre-scale, well-ordered fibres at neutral pH. The cryogenic electron microscopy structure of an optimized design is nearly identical to the computational design model for both the subunit internal geometry and the subunit packing into the fibre. Electron, fluorescent and atomic force microscopy characterization reveal a sharp and reversible transition from assembled to disassembled fibres over 0.3 pH units, and rapid fibre disassembly in less than 1 s following a drop in pH. The midpoint of the transition can be tuned by modulating buried histidine-containing hydrogen bond networks. Computational protein design thus provides a route to creating unbound nanomaterials that rapidly respond to small pH changes.
履歴
登録2023年9月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DpHF7 filament
B: DpHF7 filament
C: DpHF7 filament
D: DpHF7 filament
E: DpHF7 filament
F: DpHF7 filament
G: DpHF7 filament
H: DpHF7 filament
J: DpHF7 filament
K: DpHF7 filament
L: DpHF7 filament
M: DpHF7 filament
Q: DpHF7 filament
U: DpHF7 filament
c: DpHF7 filament
k: DpHF7 filament
s: DpHF7 filament
w: DpHF7 filament
4: DpHF7 filament
Z: DpHF7 filament


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)532,81320
ポリマ－532,81320
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
DpHF7 filament


分子量: 26640.637 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: DpHF7 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 90 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
画像スキャン動画フレーム数/画像: 50

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2Leginon画像取得
4cryoSPARCCTF補正
9cryoSPARC初期オイラー角割当
10cryoSPARC最終オイラー角割当
11cryoSPARC分類
12cryoSPARC３次元再構成
13Rosettaモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: -43.1 ° / 軸方向距離/サブユニット: 24 Å / らせん対称軸の対称性: D2
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 56749 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築タイプ: in silico model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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