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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8r8r | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the human mPSF with PAPOA C-terminus peptide (PAPOAc) | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / 3-end processing / polyadenylation (ポリアデニル化) / PAPOA / pre-mRNA (一次転写産物) / cleavage and polyadenylation | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 co-transcriptional RNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / Inhibition of Host mRNA Processing and RNA Silencing / RNA 3'-end processing / Processing of Intronless Pre-mRNAs / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / collagen trimer / mRNA 3'-end processing / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / postreplication repair ...co-transcriptional RNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / Inhibition of Host mRNA Processing and RNA Silencing / RNA 3'-end processing / Processing of Intronless Pre-mRNAs / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / collagen trimer / mRNA 3'-end processing / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / postreplication repair / tRNA processing in the nucleus / RNA Polymerase II Transcription Termination / : / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / nucleotidyltransferase activity / 転写後修飾 / 核小体 / sequence-specific double-stranded DNA binding / 精子形成 / intracellular membrane-bounded organelle / enzyme binding / RNA binding / zinc ion binding / 核質 / ATP binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.79 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Todesca, S. / Sandmeir, F. / Keidel, A. / Conti, E. | |||||||||||||||
資金援助 | ドイツ, European Union, デンマーク, 4件
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引用 | ジャーナル: RNA / 年: 2024 タイトル: Molecular basis of human polyA polymerase recruitment by mPSF. 著者: Sofia Todesca / Felix Sandmeir / Achim Keidel / Elena Conti 要旨: 3' end processing of most eukaryotic pre-mRNAs is a crucial co-transcriptional process that generally involves the cleavage and polyadenylation of the precursor transcripts. Within the human 3' end ...3' end processing of most eukaryotic pre-mRNAs is a crucial co-transcriptional process that generally involves the cleavage and polyadenylation of the precursor transcripts. Within the human 3' end processing machinery, the 4-subunit mammalian polyadenylation specificity factor (mPSF) recognizes the polyadenylation signal (PAS) in the pre-mRNA and recruits the polyA polymerase α (PAPOA) to it. To shed light on the molecular mechanisms of PAPOA recruitment to mPSF, we used a combination of cryogenic-electron microscopy (cryo-EM) single-particle analysis, computational structure prediction and biochemistry to reveal an intricate interaction network. A short linear motif in the mPSF subunit FIP1 interacts with the structured core of human PAPOA, with a binding mode that is evolutionary conserved from yeast to human. In higher eukaryotes, however, PAPOA contains a conserved C-terminal motif that can interact intramolecularly with the same residues of the PAPOA structured core used to bind FIP1. Interestingly, using biochemical assay and cryo-EM structural analysis, we found that the PAPOA C-terminal motif can also directly interact with mPSF at the subunit CPSF160. These results show that PAPOA recruitment to mPSF is mediated by two distinct intermolecular connections and further suggest the presence of mutually exclusive interactions in the regulation of 3' end processing. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8r8r.cif.gz | 352.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8r8r.ent.gz | 266.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8r8r.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/8r8r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/8r8r | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 19008MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit ... , 2種, 2分子 AC
#1: タンパク質 | 分子量: 161074.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CPSF1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q10570 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 31733.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CPSF4 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O95639 |
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド / RNA鎖 / 非ポリマー , 4種, 6分子 BDE
#2: タンパク質 | 分子量: 47580.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR33 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9C0J8 |
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#4: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2872.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: B4DZL2 |
#5: RNA鎖 | 分子量: 1907.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
#6: 化合物 |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: mPSF with PAPOA C-terminus peptide (PAPOAc) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.9 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 600 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60.6 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 2.79 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 186241 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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