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- EMDB-43498: Mechanistic Insights Revealed by YbtPQ in the Occluded State -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43498
タイトルMechanistic Insights Revealed by YbtPQ in the Occluded State
マップデータ
試料
  • 複合体: YbtPQ
    • タンパク質・ペプチド: ABC transporter ATP-binding protein
    • タンパク質・ペプチド: Permease and ATP-binding protein of yersiniabactin-iron ABC transporter YbtQ
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADP ORTHOVANADATE
キーワードABC importer / siderophore (シデロホア) / occluded / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する / ABC-type transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. ...Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ABC transporter ATP-binding protein / Permease and ATP-binding protein of yersiniabactin-iron ABC transporter YbtQ
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Hu W / Parkinson C / Zheng H
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI175646 米国
引用ジャーナル: Biomolecules / 年: 2024
タイトル: Mechanistic Insights Revealed by YbtPQ in the Occluded State.
著者: Wenxin Hu / Chance Parkinson / Hongjin Zheng /
要旨: Recently, several ATP-binding cassette (ABC) importers have been found to adopt the typical fold of type IV ABC exporters. Presumably, these importers would function under the transport scheme of ...Recently, several ATP-binding cassette (ABC) importers have been found to adopt the typical fold of type IV ABC exporters. Presumably, these importers would function under the transport scheme of "alternating access" like those exporters, cycling through inward-open, occluded, and outward-open conformations. Understanding how the exporter-like importers move substrates in the opposite direction requires structural studies on all the major conformations. To shed light on this, here we report the structure of yersiniabactin importer YbtPQ from uropathogenic in the occluded conformation trapped by ADP-vanadate (ADP-Vi) at a 3.1 Å resolution determined by cryo-electron microscopy. The structure shows unusual local rearrangements in multiple helices and loops in its transmembrane domains (TMDs). In addition, the dimerization of the nucleotide-binding domains (NBDs) promoted by the vanadate trapping is highlighted by the "screwdriver" action at one of the two hinge points. These structural observations are rare and thus provide valuable information to understand the structural plasticity of the exporter-like ABC importers.
履歴
登録2024年1月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年4月10日-
マップ公開2024年4月10日-
更新2024年4月10日-
現状2024年4月10日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43498.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43498.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 5.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.86
最小 - 最大-2.3799148 - 5.07191
平均 (標準偏差)-0.000000000006479 (±0.37703192)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin10871120
サイズ10216187
Spacing87102161
セルA: 72.21 Å / B: 84.659996 Å / C: 133.63 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_43498_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_43498_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : YbtPQ

全体名称: YbtPQ
要素
  • 複合体: YbtPQ
    • タンパク質・ペプチド: ABC transporter ATP-binding protein
    • タンパク質・ペプチド: Permease and ATP-binding protein of yersiniabactin-iron ABC transporter YbtQ
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADP ORTHOVANADATE

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超分子 #1: YbtPQ

超分子名称: YbtPQ / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: ABC transporter ATP-binding protein

分子名称: ABC transporter ATP-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 66.348664 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSSQSSNTES LSRFPLWQVI TPVRRKVILA MALAGLAALT SLGALLFLAW SLRDIRATPD AIPAWPLGGV IGCVVLTFVL RLQAFNTSH YAAFHLENIL RSRLARKALQ LPPGVLQQMG SGSVAKVMLD DVKSLHIFVA DSTPLYARAI IMPLATIVIL F WLDWRLAI ...文字列:
MSSQSSNTES LSRFPLWQVI TPVRRKVILA MALAGLAALT SLGALLFLAW SLRDIRATPD AIPAWPLGGV IGCVVLTFVL RLQAFNTSH YAAFHLENIL RSRLARKALQ LPPGVLQQMG SGSVAKVMLD DVKSLHIFVA DSTPLYARAI IMPLATIVIL F WLDWRLAI ATLGVLAFGS VVLVLARQRS ENMAQRYHKA REQVSAAVIE FVQAMPVVRT FDSGSTSFLR YQRALEEWVD VL KTWYRKA GFSARFSFSI LNPLPTLFVL IWSGYGLLHY GSFDFIAWVA VLLLGSGMAE AVMPMMMLNN LVAQTRLSIQ RIY QVLAMP ELSLPQSDQQ PQEASITFEQ VSFHYPQART GAALQEVSFH VPAGQIVALV GPSGAGKSTV ARLLLRYADP DKGH IRIGG VDLRDMQTDT LMKQLSFVFQ DNFLFADTIA NNIRLGAPDT PLEAVIAAAR VAQAHDFISA LPEGYNTRVG ERGVF LSGG QRQRITIARA LLQDRPILVL DEATAFADPE NEAALIKALA AAMRGRTVIM VAHRLSMVTQ ADVILLFSDG QLREMG NHT QLLAQGGLYQ RLWQHYQQAQ HWVPGGTQEE VVENERQ

UniProtKB: ABC transporter ATP-binding protein

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分子 #2: Permease and ATP-binding protein of yersiniabactin-iron ABC trans...

分子名称: Permease and ATP-binding protein of yersiniabactin-iron ABC transporter YbtQ
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 66.526086 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKDNNPADNL AWRVIWRQLI SSVGSQARML RRSMLALLLA AFMQGIAFAC LYPIIDALLR GDAPQLLNWA MAFSVAAIVT LVLRWYGLG FEYRGHLAQA THELRLRLGE QLRRVPLEKL QRGRAGEMNA LLLGSVDENL NYVIAIANIL LLTIVTPLTA S LATLWIDW ...文字列:
MKDNNPADNL AWRVIWRQLI SSVGSQARML RRSMLALLLA AFMQGIAFAC LYPIIDALLR GDAPQLLNWA MAFSVAAIVT LVLRWYGLG FEYRGHLAQA THELRLRLGE QLRRVPLEKL QRGRAGEMNA LLLGSVDENL NYVIAIANIL LLTIVTPLTA S LATLWIDW RLGLVMLLIF PLLVPFYYWR RPAMRRQMQT LGEAHQRLSG DIVEFAQGMM VLRTCGSDAD KSRALLAHFN AL ENLQTRT HRQGAGATML IASVVELGLQ VVVLSGIVWV VTGTLNLAFL IAAVAMIMRF AEPMAMFISY TSVVELIASA LQR IEQFMA IAPLPVAEQS EMPERYDIRF DNVSYRYEEG DGYALNHVSL TFPAASMSAL VGASGAGKTT VTKLLMRYAD PQQG QISIG GVDIRRLTPE QLNSLISVVF QDVWLFDDTL LANIRIARPQ ATRQEVEEAA RAAQCLEFIS RLPQGWLTPM GEMGG QLSG GERQRISIAR ALLKNAPVVI LDEPTAALDI ESELAVQKAI DNLVHNRTVI IIAHRLSTIA GAGNILVMEE GQVVEQ GTH AQLLSHHGRY QALWQAQMAA RVWRDDGVSA SGEWVHE

UniProtKB: Permease and ATP-binding protein of yersiniabactin-iron ABC transporter YbtQ

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分子 #3: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #4: ADP ORTHOVANADATE

分子名称: ADP ORTHOVANADATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: AOV
分子量理論値: 544.156 Da
Chemical component information

ChemComp-AOV:
ADP ORTHOVANADATE / エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 340080

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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