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- EMDB-42088: DpHF19 filament -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42088
タイトルDpHF19 filament
マップデータDpHF19 filament
試料
  • 複合体: DpHF19
    • タンパク質・ペプチド: DpHF19,Green fluorescent protein (Fragment)
キーワードFilament / pH / designed (デザイン) / DE NOVO PROTEIN (De novo)
機能・相同性Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / 緑色蛍光タンパク質 / 緑色蛍光タンパク質 / 生物発光 / generation of precursor metabolites and energy / 緑色蛍光タンパク質
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物) / Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Lynch EM / Shen H / Kollman JM / Baker D
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM149542 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM118396 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD032290 米国
引用ジャーナル: Nat Nanotechnol / 年: 2024
タイトル: De novo design of pH-responsive self-assembling helical protein filaments.
著者: Hao Shen / Eric M Lynch / Susrut Akkineni / Joseph L Watson / Justin Decarreau / Neville P Bethel / Issa Benna / William Sheffler / Daniel Farrell / Frank DiMaio / Emmanuel Derivery / James J ...著者: Hao Shen / Eric M Lynch / Susrut Akkineni / Joseph L Watson / Justin Decarreau / Neville P Bethel / Issa Benna / William Sheffler / Daniel Farrell / Frank DiMaio / Emmanuel Derivery / James J De Yoreo / Justin Kollman / David Baker /
要旨: Biological evolution has led to precise and dynamic nanostructures that reconfigure in response to pH and other environmental conditions. However, designing micrometre-scale protein nanostructures ...Biological evolution has led to precise and dynamic nanostructures that reconfigure in response to pH and other environmental conditions. However, designing micrometre-scale protein nanostructures that are environmentally responsive remains a challenge. Here we describe the de novo design of pH-responsive protein filaments built from subunits containing six or nine buried histidine residues that assemble into micrometre-scale, well-ordered fibres at neutral pH. The cryogenic electron microscopy structure of an optimized design is nearly identical to the computational design model for both the subunit internal geometry and the subunit packing into the fibre. Electron, fluorescent and atomic force microscopy characterization reveal a sharp and reversible transition from assembled to disassembled fibres over 0.3 pH units, and rapid fibre disassembly in less than 1 s following a drop in pH. The midpoint of the transition can be tuned by modulating buried histidine-containing hydrogen bond networks. Computational protein design thus provides a route to creating unbound nanomaterials that rapidly respond to small pH changes.
履歴
登録2023年9月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年4月10日-
マップ公開2024年4月10日-
更新2024年4月10日-
現状2024年4月10日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42088.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42088.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈DpHF19 filament
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.16 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.2
最小 - 最大-9.646986 - 16.662372999999999
平均 (標準偏差)0.00007683134 (±0.38877887)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 371.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_42088_half_map_1.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_42088_half_map_2.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : DpHF19

全体名称: DpHF19
要素
  • 複合体: DpHF19
    • タンパク質・ペプチド: DpHF19,Green fluorescent protein (Fragment)

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超分子 #1: DpHF19

超分子名称: DpHF19 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

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分子 #1: DpHF19,Green fluorescent protein (Fragment)

分子名称: DpHF19,Green fluorescent protein (Fragment) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 20 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Aequorea victoria (オワンクラゲ)
分子量理論値: 54.425699 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSEEEIAKA LEELVASLAE LKRATLKLLD ITDKLKKNPS ESALVSHNKA IVEHNAIIVE NNRIIAAVLE LIVRAVGMTD EIDLALLKL KASTARLKVA TALLRMITEE LKKNPSEDAL VEHNRAIVNH NAIIVENNRI IAAVLELIVR ALNLTDEEVR K ALEELKAS ...文字列:
MGSEEEIAKA LEELVASLAE LKRATLKLLD ITDKLKKNPS ESALVSHNKA IVEHNAIIVE NNRIIAAVLE LIVRAVGMTD EIDLALLKL KASTARLKVA TALLRMITEE LKKNPSEDAL VEHNRAIVNH NAIIVENNRI IAAVLELIVR ALNLTDEEVR K ALEELKAS TAELKRATAS LRAITEELKK NPSEDALVEH NRAIVEHNAI IVENNRIIAL VLLLIVLAIG GSGGSGGSGG SG GSGGSGG SGSSKGEELF TGVVPILVEL DGDVNGHKFS VRGEGEGDAT NGKLTLKFIC TTGKLPVPWP TLVTTLTYGV QCF ARYPDH MKQHDFFKSA MPEGYVQERT ISFKDDGTYK TRAEVKFEGD TLVNRIELKG IDFKEDGNIL GHKLEYNFNS HNVY ITADK QKNGIKANFK IRHNVEDGSV QLADHYQQNT PIGDGPVLLP DNHYLSTQSV LSKDPNEKRD HMVLLEFVTA AGITH GMDE LYKGSLEHHH HHH

UniProtKB: 緑色蛍光タンパク質

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 65.0 e/Å2

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 8.4 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -148.9 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 406281
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8ubg:
DpHF19 filament

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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